APOBEC3B

APOBEC3B
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologów:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, apolipoproteina B enzym edytujący mRNA podjednostka katalityczna 3B
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Komponent komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
Ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

Prawdopodobny enzym edytujący DNA dC->dU APOBEC-3B jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen APOBEC3B .

Gen ten należy do rodziny genów deaminazy cytydynowej . Jest to jeden z siedmiu pokrewnych genów lub pseudogenów znajdujących się w klastrze , prawdopodobnie powstałym w wyniku duplikacji genów , na chromosomie 22 . Członkowie klastra kodują białka, które są strukturalnie i funkcjonalnie spokrewnione z deaminazą cytydyny APOBEC1 edytującą C do U RNA . Uważa się, że białka te mogą być enzymami edytującymi RNA i odgrywają rolę w kontroli wzrostu lub cyklu komórkowego . Ten gen wraz z APOBEC3A został w ostatnich latach powiązany z mutagenezą kilku nowotworów. Białka APOBEC3A i APOBEC3B mogą powodować określone mutacje w genomach nowotworowych, zwane mutagenezą APOBEC, a kilka czynników, w tym genetycznych i środowiskowych, wpływa na ten wzór mutacji u pacjentów, szczególnie z rakiem pęcherza moczowego i piersi. Ten gen jest również nadeksprymowany w szpiczaku mnogim , prawdopodobnie pomagając w jego powstawaniu.

Linki zewnętrzne

Lokalizacja ludzkiego genomu APOBEC3B i strona szczegółów genu APOBEC3B w przeglądarce genomu UCSC .

Dalsza lektura

Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP, Smith HC (2003). „Edycja RNA posłańca u ssaków: nowi członkowie rodziny APOBEC poszukujący ról w firmie rodzinnej”. Trendy Genet . 19 (4): 207–16. doi : 10.1016/S0168-9525(03)00054-4 . PMID 12683974 .
Dunham I, Shimizu N, Roe BA i in. (1999). „Sekwencja DNA ludzkiego chromosomu 22” . Natura . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999Natur.402..489D . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Mariani R, Chen D, Schröfelbauer B i in. (2003). „Specyficzne dla gatunku wykluczenie APOBEC3G z wirionów HIV-1 przez Vif” . komórka . 114 (1): 21–31. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00515-4 . PMID 12859895 .
Sawyer SL, Emerman M, Malik HS (2006). „Starożytna adaptacyjna ewolucja przeciwwirusowego enzymu edytującego DNA naczelnych APOBEC3G” . PLOS Biol . 2 (9): E275. doi : 10.1371/journal.pbio.0020275 . PMC 479043 . PMID 15269786 .
Yu Q, Chen D, König R i in. (2005). „APOBEC3B i APOBEC3C są silnymi inhibitorami replikacji małpiego wirusa niedoboru odporności” . J. Biol. chemia . 279 (51): 53379–86. doi : 10.1074/jbc.M408802200 . PMID 15466872 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA i in. (2004). „Stan, jakość i ekspansja projektu cDNA pełnej długości NIH: kolekcja genów ssaków (MGC)” . Genom Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Rose KM, Marin M, Kozak SL, Kabat D (2005). „Regulowana produkcja i aktywność anty-HIV typu 1 deaminaz cytydyny APOBEC3B, 3F i 3G”. AIDS Res. Szum. Retrowirusy . 21 (7): 611–9. doi : 10.1089/aid.2005.21.611 . PMID 16060832 .
Bogerd HP, Wiegand HL, Doehle BP i in. (2006). „APOBEC3A i APOBEC3B są silnymi inhibitorami funkcji retrotranspozonu LTR w komórkach ludzkich” . Kwasy nukleinowe Res . 34 (1): 89–95. doi : 10.1093/nar/gkj416 . PMC 1326241 . PMID 16407327 .
Stenglein MD, Harris RS (2006). „APOBEC3B i APOBEC3F hamują retrotranspozycję L1 przez mechanizm niezależny od deaminacji DNA” . J. Biol. chemia . 281 (25): 16837–41. doi : 10.1074/jbc.M602367200 . PMID 16648136 .
Hakata Y, Landau NR (2007). „Odwrócona funkcjonalna organizacja mysich i ludzkich domen deaminazy cytydyny APOBEC3” . J. Biol. chemia . 281 (48): 36624–31. doi : 10.1074/jbc.M604980200 . PMID 17020885 .
Kidd JM, Newman TL, Tuzun E i in. (2007). „Stratyfikacja populacji wspólnego polimorfizmu delecji genów APOBEC” . PLOS Genet . 3 (4): e63. doi : 10.1371/journal.pgen.0030063 . PMC 1853121 . PMID 17447845 .

Wzór mutagenezy deaminazy cytydyny APOBEC jest szeroko rozpowszechniony w ludzkich nowotworach

Steven A Roberts, Michael S Lawrence, Leszek J Klimczak, Sara A Grimm, David Fargo, Petar Stojanov, Adam Kiezun, Gregory V Kryukov, Scott L Carter, Gordon Saksena, Shawn Harris, Ruchir R Shah, Michael A Resnick, Gad Getz & Dmitrij Gordenin

Candace D Middlebrooks, A Rouf Bandaya, Konichi Matsuda i in. Związek wariantów linii zarodkowej w regionie APOBEC3 z ryzykiem raka i wzbogacenie o mutacje sygnatur APOBEC w nowotworach Exit Disclaimer. Natura Genetyka 2016.