ATG4B

ATG4B
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie ortologów: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, APG4B, AUTL1, peptydaza cysteinowa 4B związana z autofagią,
identyfikatory zewnętrzne HsAPG4B
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS nie dotyczy
Ontologia genów Funkcje molekularne Składnik komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Proteaza cysteinowa ATG4B jest enzymem , który u ludzi jest kodowany przez gen ATG4B .

Funkcjonować

Autofagia to proces, w którym endogenne białka i uszkodzone organelle są niszczone wewnątrzkomórkowo. Postuluje się, że autofagia jest niezbędna dla homeostazy komórkowej i przebudowy komórek podczas różnicowania, metamorfozy, nieapoptotycznej śmierci komórek i starzenia. W niektórych nowotworach złośliwych opisano obniżone poziomy autofagii i zaproponowano rolę autofagii w kontrolowaniu nieuregulowanego wzrostu komórek związanego z rakiem. Ten gen koduje członka rodziny białek autofaginowych. Kodowane białko jest również oznaczone jako członek rodziny proteaz cysteinowych C-54. Scharakteryzowano alternatywne warianty składania transkrypcji, kodujące różne izoformy. Jedną z głównych funkcji Atg4 jest rozszczepianie pre-białka Atg8, co prowadzi do nielipidowanej rozpuszczalnej postaci (-I), która może być dalej przetwarzana przez Atg3, Atg7, Atg5-12 do postaci lipidowanej (-II) zakotwiczonej w błona autofagiczna.

Interakcje

Wykazano, że ATG4B oddziałuje z GABARAPL2 .

Linki zewnętrzne

• Lokalizacja ludzkiego genomu ATG4B i strona szczegółów genu ATG4B w przeglądarce genomu UCSC .

Dalsza lektura

•    Kraft LJ, Kenworthy AK (styczeń 2012). „Obrazowanie tworzenia kompleksów białkowych na szlaku autofagii: analiza interakcji LC3 i Atg4B (C74A) w żywych komórkach przy użyciu transferu energii rezonansu Förstera i odzyskiwania fluorescencji po fotowybielaniu” . Journal of Biomedical Optics . 17 (1): 011008–011008–13. Bibcode : 2012JBO....17a1008K . doi : 10.1117/1.JBO.17.1.011008 . PMC 3380812 . PMID 22352642 .
•   Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (luty 1999). „Przewidywanie sekwencji kodujących niezidentyfikowanych ludzkich genów. XIII. Kompletne sekwencje 100 nowych klonów cDNA z mózgu, które kodują duże białka in vitro” . Badania DNA . 6 (1): 63–70. doi : 10.1093/dnares/6.1.63 . PMID 10231032 .
•    Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (listopad 2000). „Klonowanie DNA przy użyciu rekombinacji specyficznej dla miejsca in vitro” . Badania genomu . 10 (11): 1788–95. doi : 10.1101/gr.143000 . PMC 310948 . PMID 11076863 .
•    Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (marzec 2001). „W kierunku katalogu ludzkich genów i białek: sekwencjonowanie i analiza 500 nowych kompletnych białek kodujących ludzkie cDNA” . Badania genomu . 11 (3): 422–35. doi : 10.1101/gr.GR1547R . PMC 311072 . PMID 11230166 .
•   Kabeya Y, Mizushima N, Yamamoto A, Oshitani-Okamoto S, Ohsumi Y, Yoshimori T (czerwiec 2004). „LC3, GABARAP i GATE16 lokalizują się w błonie autofagosomalnej w zależności od formacji formy II” . Journal of Cell Science . 117 (Pt 13): 2805-12. doi : 10.1242/jcs.01131 . PMID 15169837 .
•   Tanida I, Sou YS, Ezaki J, Minematsu-Ikeguchi N, Ueno T, Kominami E (sierpień 2004). „HsAtg4B / HsApg4B / autophagin-1 rozszczepia końce karboksylowe trzech ludzkich homologów Atg8 i usuwa lipidy związane z mikrotubulami białkowy łańcuch lekki 3- i związany z receptorem GABAA koniugaty białko-fosfolipid” . Journal of Biological Chemistry . 279 (35): 36268–76. doi : 10.1074/jbc.M401461200 . PMID 15187094 .
•   Tanida I, Ueno T, Kominami E (listopad 2004). „Ludzki łańcuch lekki 3 / MAP1LC3B jest rozszczepiany na jego końcu karboksylowym Met121, aby odsłonić Gly120 w celu lipidacji i kierowania do błon autofagosomalnych” . Journal of Biological Chemistry . 279 (46): 47704–10. doi : 10.1074/jbc.M407016200 . PMID 15355958 .
•    Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (październik 2004). „Od ORFeome do biologii: funkcjonalny rurociąg genomiczny” . Badania genomu . 14 (10B): 2136–44. doi : 10.1101/gr.2576704 . PMC 528930 . PMID 15489336 .
•    Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (wrzesień 2005). „Sieć interakcji ludzkiego białka z białkiem: zasób do opisywania proteomu”. komórka . 122 (6): 957–68. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070 . S2CID 8235923 .
•   Sugawara K, Suzuki NN, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F (grudzień 2005). „Strukturalne podstawy specyficzności i katalizy ludzkiego Atg4B odpowiedzialnego za autofagię ssaków” . Journal of Biological Chemistry . 280 (48): 40058–65. doi : 10.1074/jbc.M509158200 . PMID 16183633 .
•   Kumanomidou T, Mizushima T, Komatsu M, Suzuki A, Tanida I, Sou YS, Ueno T, Kominami E, Tanaka K, Yamane T (styczeń 2006). „Struktura krystaliczna ludzkiego Atg4b, enzymu przetwarzającego i dekonjugującego dla modyfikatorów tworzących autofagosom”. Dziennik biologii molekularnej . 355 (4): 612–8. doi : 10.1016/j.jmb.2005.11.018 . PMID 16325851 .
•    Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (styczeń 2006). „Baza danych LIFEdb w 2006 roku” . Badania kwasów nukleinowych . 34 (problem z bazą danych): D415-8. doi : 10.1093/nar/gkj139 . PMC 1347501 . PMID 16381901 .
•    Tanida I, Sou YS, Minematsu-Ikeguchi N, Ueno T, Kominami E (czerwiec 2006). „Atg8L/Apg8L jest czwartym ssaczym modyfikatorem koniugacji ssaczego Atg8, w której pośredniczą ludzkie Atg4B, Atg7 i Atg3” . Dziennik FEBS . 273 (11): 2553–62. doi : 10.1111/j.1742-4658.2006.05260.x . PMID 16704426 . S2CID 11899126 .
•    Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (listopad 2006). „Globalna, in vivo i specyficzna dla miejsca dynamika fosforylacji w sieciach sygnalizacyjnych” . komórka . 127 (3): 635–48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983 . S2CID 7827573 .
• Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapowanie na dużą skalę ludzkich interakcji białko-białko za pomocą spektrometrii mas” . Biologia systemów molekularnych . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PKW    1847948 . PMID 17353931 .