Mitochondrialna syntaza ATP katalizuje syntezę ATP, wykorzystując elektrochemiczny gradient protonów przez wewnętrzną błonę podczas fosforylacji oksydacyjnej. Składa się z dwóch połączonych kompleksów składających się z wielu podjednostek: rozpuszczalnego rdzenia katalitycznego F 1 i składnika obejmującego błonę F O , który obejmuje kanał protonowy. Kompleks F 1 składa się z 5 różnych podjednostek (alfa, beta, gamma, delta i epsilon) połączonych w stosunku 3 alfa, 3 beta i jednego przedstawiciela pozostałych 3. Wydaje się, że F O ma dziewięć podjednostek ( a, b, c, d, e, f, g, F6 i 8). Gen ten koduje podjednostkę F6 kompleksu F O , wymaganą do interakcji F 1 i F O. Dla tego genu zidentyfikowano warianty transkryptu po splicingu, kodujące różne izoformy.
Podjednostka F6 jest częścią obwodowej łodygi, która łączy ze sobą kompleksy F1 i FO i która działa jak stojan zapobiegający obracaniu się pewnych podjednostek z centralnym elementem obrotowym. Łodyga obwodowa różni się składem podjednostek między F-ATPazami mitochondrialnymi , chloroplastowymi i bakteryjnymi . W mitochondriach łodyga obwodowa składa się z jednej kopii każdej z podjednostek OSCP ( białko nadające wrażliwość na oligomycynę ), F6, b i d. Nie ma homologu podjednostki F6 w bakteryjnej lub chloroplastowej F-ATPazie, której łodygi obwodowe składają się z jednej kopii podjednostki delta (homologicznej dla OSCP) i dwóch kopii podjednostki b u bakterii lub po jednej kopii podjednostki b i b' w chloroplastach i bakteriach fotosyntetyzujących .
