Bank danych EM
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Ujednolicone zasoby danych dla CryoEM . |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Europejski Instytut Bioinformatyki (strona w Wielkiej Brytanii) ORAZ Uniwersytet Rutgers (strona w USA) |
| Laboratorium | PDBe i RCSB PDB |
| Cytowanie podstawowe | Lawsona i in. (2011) |
| Data wydania | 2002 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | |
Bank danych EM lub Bank danych mikroskopii elektronowej ( EMDB ) gromadzi mapy 3D EM i powiązane dane eksperymentalne określone za pomocą mikroskopii elektronowej próbek biologicznych. Powstał w 2002 roku w grupie MSD/PDBe Europejskiego Instytutu Bioinformatyki (EBI) , gdzie znajduje się europejska strona konsorcjum EMDataBank.org. Od 2015 r. zasób zawierał ponad 2600 wpisów o średniej rozdzielczości 15Å.
Deponowanie danych odbywało się pierwotnie za pośrednictwem interfejsu depozycji EMdep, ale od 2016 r. deponowanie danych zostało włączone do interfejsu wwPDB OneDep.
W ramach NIH Unified Data Resource for CryoEM, Research Collaboration for Structural Biology (RCSB) działa również jako centrum gromadzenia, przetwarzania i dystrybucji danych EMDB, podczas gdy National Center for Macromolecular Imaging (NCMI) jest partnerem współpracującym w świadczeniu usług i narzędzi dotyczących EMDB.
EM Data Bank zapewnia również narzędzie do wyszukiwania EMsearch, a dane można również wyszukiwać w RCSB , EMBL-EBI i PDBj.
EMDB to archiwum trójwymiarowych map gęstości wszystkich typów zespołów biologicznych, w tym rybosomów, białek opiekuńczych, polimeraz, enzymów wielofunkcyjnych i wirusów. Viper EMDB w Scripps to osobna baza danych dla trójwymiarowych map EM wirusów.
Aby porównać i ocenić metody nowej generacji struktur o wyższej rozdzielczości (lepszej niż 5Å), EMDB zorganizowało pierwsze CryoEM Map Challenge i CryoEM Model Challenge, opisane w specjalnym wydaniu Journal of Structural Biology.
Zobacz też
- Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monika; Carazo, Jose-Maria; Henrick, Kim (2002). „Nowa baza danych i system osadzania mikroskopii elektronowej”. Trendy w naukach biochemicznych . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . PMID 12417136 .
- Fuller, Stephen D. (2003). „Deponowanie map mikroskopii elektronowej” . Struktura . 11 (1): 11–12. doi : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . PMID 12517335 .
- Henryk, K.; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). „EMDep: internetowy system do osadzania i walidacji makrocząsteczkowych informacji strukturalnych z mikroskopii elektronowej o wysokiej rozdzielczości” . Dziennik Biologii Strukturalnej . 144 (1–2): 228–237. doi : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 .
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Monica; Belnap, David M. (2005). „Wspólne konwencje wymiany i archiwizacji informacji trójwymiarowej mikroskopii elektronowej w biologii strukturalnej”. Dziennik Biologii Strukturalnej . 151 (2): 196–207. doi : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 .
- Tagari, M.; Tate, J.; Swaminathan, GJ; i in. (2006). „E-MSD: poprawa jakości osadzania danych i struktury” . Badania kwasów nukleinowych . 34 (problem z bazą danych): 287–290. doi : 10.1093/nar/gkj163 . PMC 1347525 . PMID 16381867 .