Baza danych autofagii

Bazy danych autofagii
Treść
Opis Bazy danych do kategoryzacji genów i białek związanych z autofagią
Kontakt
Centrum Badań Centrum Biologii Informacyjnej; Bank Danych DNA Japonii, Luksemburski Instytut Zdrowia
Cytowanie podstawowe Homma i in., Luksemburski Instytut Zdrowia
Data wydania 2010
Dostęp
Strona internetowa www.tanpaku.org/autofagia/ _ _ _ _
Narzędzia
Sieć autofagia .lu /index .html

Bazy danych autofagii mają na celu dostarczenie obszernej listy genów i białek związanych z autofagią , niezależnie od tego, czy są one zidentyfikowane jako ortologi , czy homologi innych, potencjalnie spokrewnionych białek. Można przechowywać wiele rodzajów informacji, w tym sekwencje, funkcje i struktury 3D, dzięki czemu są one dostępne w formacie umożliwiającym wyszukiwanie. Informacje dostępne w jednym źródle, w formacie umożliwiającym przeszukiwanie, ułatwiłyby pracę przyszłym naukowcom. Źródła te pomogłyby następnie osiągnąć ten cel, dostarczając niedawno opublikowane odniesienia na temat autofagii wraz z kategoriami, takimi jak oceny użytkowników, lista pouczających recenzji i wyniki oryginalnej analizy. Ponieważ autofagia może odgrywać rolę w wielu ludzkich chorobach, takich jak choroby serca, wątroby i nerek, niezbędne jest dalsze zrozumienie jej mechanizmów. Uproszczenie procesu badawczego za pomocą jakiejś bazy danych zapewniłoby wtedy naukowe dobrodziejstwo.

autofagia

Autofagia, proces, w którym komórki degradują własne komponenty, odbywa się poprzez pakowanie komponentów w lizosom. Zdegradowane składniki można następnie wykorzystać w innych procesach komórkowych.

[Aby uzyskać pełne tło, zapoznaj się z Autofagią ].

Autofagia to proces, w którym komórki w organizmie niszczą niefunkcjonalne lub niepotrzebne elementy własne. W szczególności autofagia jest procesem katabolicznym obejmującym degradację własnych składników komórki przez maszynerię lizosomalną . Autofagia ma również kluczowe znaczenie w przypadkach głodu i usuwania potencjalnie niebezpiecznych materiałów komórkowych, co wskazuje na jej konieczność w utrzymaniu życia. Jak widać na powiązanym rysunku Autofagia , produkty komórkowe są rozkładane przez destrukcyjne składniki komórkowe, takie jak lizosomy, w celu wytworzenia nowych materiałów do wykorzystania przez komórkę. Badania nad autofagią i związanymi z nią procesami eksplodowały w ostatnich latach, jednak wiele z tych procesów nie jest w pełni poznanych, a homologi nie zostały znalezione u różnych gatunków dla wielu z tych białek. Jego mechanizmy molekularne nie zostały w pełni wyjaśnione, pomimo dramatycznych postępów w tej dziedzinie, o czym świadczą setki zgłoszonych genów i białek związanych z autofagią. W związku z tym wykazano potrzebę stworzenia bazy danych do charakteryzowania ludzkich białek i składników autofagii i/lub ich homologów, a także ortologów u innych gatunków.

Baza danych autofagii

Baza danych autofagii jest produktem Narodowego Instytutu Genetyki (NIG). NIG została założona w czerwcu 1949 roku przez Ministerstwo Edukacji, Nauki, Sportu i Kultury, a jej pierwszym dyrektorem został prof. Kan Oguma. Z biegiem czasu dodano wiele działów zajmujących się różnymi zastosowaniami, takimi jak genetyka , genomika , badania DNA , a przede wszystkim dla naszych celów Bank danych DNA. NIG jest oddziałem Japońskiej Organizacji Badawczej Informacji i Systemów i jest obecnie pod nadzorem jej dziewiątego dyrektora. NIG ma na celu prowadzenie badań na najwyższym poziomie w dążeniu do usprawnienia informacji, a także rozpowszechniania informacji z badań do zastosowań społecznych. Narzędziem stworzonym w tym celu przez tę organizację jest baza danych Autophagy .

Baza danych Autophagy jest bazą danych białek biorących udział w autofagii . Baza danych Autophagy ma na celu zebranie wszystkich istotnych informacji, uporządkowanie ich i upublicznienie, aby jej użytkownicy mogli łatwo uzyskać aktualną wiedzę. W szczególności baza danych Autophagy oferuje narzędzie „bezpłatne dla wszystkich” dla osób, które interesują się autofagią, prowadzą badania i nie tylko. Aby lepiej osiągnąć ten cel, dostępna baza danych Autophagy firmy NIG wzywa użytkowników bazy danych do rozpowszechniania i udostępniania informacji, tak aby dane związane z autofagią były dostępne bezpłatnie dla wszystkich, którzy ich potrzebują. Dla zainteresowanej społeczności naukowej ten model rozpowszechniania wyników badań jest obiecujący. Od kwietnia 2018 r .; 4 lata temu ( 2018-04 ) w tej bazie danych było dostępnych 582 sprawdzonych białek. Łącznie z białkami autofagicznymi dostępnymi w HomoloGene , NCBI , istnieje ponad 52 000 białek całkowitych. Baza danych autofagii oferuje porównanie białek homologicznych między 41 różnymi gatunkami w celu wyszukiwania nowych i starych białek związanych z autofagią, dzięki czemu można usprawnić bieżące badania nad autofagią. Baza danych została udostępniona publicznie w marcu 2010 roku i obecnie zawiera 7444 genów/białek u 82 eukariontów.

Baza danych autofagii człowieka

Baza danych dotyczących autofagii ludzi jest produktem Luksemburskiego Instytutu Zdrowia (LIH). LIH ma kilka oddziałów w całym Luksemburgu, które zajmują się biomonitoringiem , infekcjami i odpornością , administracją zdrowia , onkologią , medycyną sportową i biobankami . Każdy z tych działów ma na celu wspieranie misji LIH, którą jest „generowanie i przekładanie wiedzy badawczej na zastosowania kliniczne, mające wpływ na przyszłe wyzwania związane z opieką zdrowotną i medycyną spersonalizowaną”. Oferował narzędzia. Laboratorium Eksperymentalnych Badań nad Nowotworami LIH pomogło w stworzeniu jednego z tych narzędzi, którym jest baza danych znana jako Baza danych autofagii człowieka .

Baza danych autofagii człowieka (HADb) to kolejne dostępne źródło autofagii. W przeciwieństwie do bazy danych autofagii , baza danych autofagii ludzi porównuje tylko białka znalezione u ludzi. HADb to pierwsza baza danych autofagii przeznaczona wyłącznie dla ludzi, w której naukowcy mogą znaleźć zaktualizowaną listę bezpośrednio i pośrednio powiązanych białek autofagicznych, biorąc pod uwagę brak spójnej bazy danych dostępnej wcześniej, aby zrekompensować ogromną ekspansję badań nad autofagią. HADb nie tylko dostarcza informacji na temat genu będącego przedmiotem zainteresowania, ale ma również na celu przekształcenie go w bazę danych, której można użyć do analizy genu będącego przedmiotem zainteresowania. W tym celu HADb został maksymalnie uzupełniony pod względem białek związanych z autofagią, chociaż nowo odkryte białka i geny mogą być przesyłane przez różnych użytkowników do sekcji Zgłoszenie . Informacje dostarczane przez bazę danych autofagii człowieka mogą być dalej wykorzystywane w zastosowaniach bioinformatycznych.

Zastosowanie w bioinformatyce

Biorąc pod uwagę, że te bazy danych są dużym magazynem informacji biologicznych, można je wykorzystać w zastosowaniach bioinformatycznych, aby uprościć gromadzenie i analizę informacji. Bioinformatyka stara się łączyć odkrycia biologiczne z dużymi danymi, aby pomóc w ulepszonych odkryciach naukowych. Każdą bazę danych można wykorzystać do badania białka autofagicznego lub genu będącego przedmiotem zainteresowania, przy czym te bazy danych są utrzymywane przez zgłoszenia użytkowników. Informacje dla każdego genu mogą być użyte do uzyskania dostępu do Entrez , Ensembl i PubMed . Sekwencja FASTA jest również dostępna do analizy sekwencji przy użyciu miejsc takich jak BLAST . Konkretne zastosowania dostępne dla bazy danych autofagii i bazy danych autofagii ludzi przedstawiono poniżej.

Baza danych autofagii ma kilka dostępnych funkcji do wyszukiwania białek związanych z autofagią u różnych gatunków.

Opcje dla ADb

Użytkownik może uzyskać dostęp do bazy danych Autophagy pod adresem http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html . Podany obraz „Opcje dla ADb” przedstawia różnorodność opcji dostępnych dla tej bazy danych. Wszystkie niewyróżnione zakładki oferują dodatkowe informacje i dane kontaktowe niezwiązane z wyszukiwaniem genów. Użytkownik może odnosić się do:

Jedno użycie bazy danych autofagii — listy białek
  • Lista białek , podświetlona na żółto, gdzie użytkownik może wybrać organizm i wyszukać wśród innych funkcji Synonimy , Identyfikator genu i Przystąpienie do białka . Te funkcje oferują użytkownikowi wiele opcji wyszukiwania informacji na temat interesujących go genów. Opcje dostępne w bazie danych Autophagy dla listy białek można zobaczyć w przykładzie podanym po prawej stronie Lista białek podana po prawej stronie. Wybranie różnych opcji, takich jak Synonimy , umożliwia użytkownikowi wyszukiwanie przy użyciu określonych zapytań.
  • dopasowania białek związanych z autofagią wśród homologów i ortologów w zakładce Homologi , podświetlone na zielono. Można tego użyć zgodnie z obrazem po prawej, Homologs , gdzie ortologi i homologi można porównać między różnymi organizmami i taksonami, zaznaczając wymagane pola.
  • szukaj konkretnych genów. Można to osiągnąć za pomocą Wyszukiwania według słów kluczowych , podświetlonego na niebiesko, a także można użyć do dopasowania znanego genu będącego przedmiotem zainteresowania do określonego gatunku. Pomaga to określić potencjalne ortologi.
Jedno zastosowanie bazy danych autofagii — homologów
  • homologów i ortologów genu będącego przedmiotem zainteresowania. Wyszukiwanie homologii , podświetlone na pomarańczowo, może być użyte do wyszukiwania FASTA lub niesformatowanej sekwencji tekstowej znanego genu. Może to pomóc w znalezieniu połączonych białek związanych z autofagią lub w znalezieniu homologów lub ortologów. Homologi i ortologi mogą być porównywane przez użytkownika w obrębie gatunku lub pomiędzy gatunkami, biorąc pod uwagę różne opcje gatunków i taksonów, jak pokazano na powiązanym rysunku.
  • analizować powiązania między jednym genem a dostępnymi w bazie genami autofagii. Oryginalne analizy , podświetlone na szaro, mogą być użyte do znalezienia potencjalnego dopasowania genu związanego z autofagią do znanego genu. Aby jak najlepiej wykorzystać te funkcje, użytkownik powinien przejść do zakładki „Pobierz”, aby pobrać wszystkie pliki genów, aby można było w pełni wykorzystać funkcję bazy danych Autophagy .

Baza danych autofagii człowieka ma dostępne funkcje wyszukiwania genów i klastrowania .

Poszukaj genu: HADb.

Podczas uzyskiwania dostępu do http://autophagy.lu/index.html można uzyskać dostęp do tych opcji. Zainteresowane strony mogą również zgłaszać do bazy danych nowe ludzkie białka autofagiczne. Użytkownik może korzystać z bazy danych według następujących opcji:

  • Użytkownik może wyszukać gen według nazwy w kategorii Wyszukaj gen . Gen można wyszukiwać za pomocą jego symbolu genu, Ensembl , lokalizacji chromosomu lub odpowiedniego słowa kluczowego. Proste instrukcje, jak uzyskać dostęp do genu będącego przedmiotem zainteresowania za pomocą tej metody, podano na rysunku „Poszukaj genu: HADb”. Krótko mówiąc, użytkownik uzyskuje dostęp do strony internetowej, wybiera podświetloną kartę i szuka interesującego go genu, korzystając z dostępnych kart podanych na powiązanym obrazie. Konkretnie, użytkownik wybiera opcję, której chce użyć w powiązanej tabeli, a następnie wypełnia informacje dla żądanej zakładki, niezależnie od tego, czy jest to Symbol lub Synonim , Chromosom , Numer dostępu lub Słowo kluczowe . Po wybraniu zakładki można wprowadzać i wyszukiwać informacje w celu określenia wszelkich powiązanych białek związanych z autofagią.
Grupowanie: HADb.
  • Użytkownik może również odnieść się do Clustering , gdzie geny mogą być przeglądane w porządku alfabetycznym. Uproszczona mapa sposobu przeprowadzenia tego wyszukiwania jest pokazana na obrazku „Clustering: HADb”. Użytkownik najpierw odniesie się do http://autophagy.lu/index.html , po czym wybierze podświetloną kartę na obrazie „Clustering”, aby uzyskać dostęp do interesującego ich genu. Użytkownik może następnie wybrać alfabetycznie interesujący go gen, aby zebrać dalsze informacje. Chociaż ta baza danych zawiera tylko ludzkie geny autofagii, użytkownik nie musi pobierać bazy danych do użytku i może znaleźć geny i białka zaangażowane w złożony proces autofagii.

Ograniczenia baz danych

Każda baza danych ma swoje mocne i słabe strony.

  • Baza danych autofagii : Pod względem koncepcyjnym baza danych autofagii oferuje możliwość łatwego dostępu do informacji o białkach związanych z autofagią u różnych gatunków. Jednak korzystanie z tej bazy danych wiąże się z pewnymi problemami. Użytkownik może wypróbować asortyment dostępnych opcji zakładek Opcje dla ADb , chociaż tych opcji nie można wykorzystać bez pobierania treści z bazy danych Autophagy . Chociaż użytkownik może uzyskać dostęp do Pobieranie (widocznej w „Opcjach dla ADb” w kolorze białym), oferuje ona tylko wyjście tekstowe podczas korzystania z usługi Wi-Fi z siedzibą w USA. W związku z tym użytkownik nie może uzyskać dostępu do różnych opcji wymienionych powyżej w GUI , ale musi raczej przeszukiwać dane wyjściowe. Użytkownik może pobrać bazę danych Autophagy , ale dostęp do tych plików może być utrudniony przy użyciu systemu Apple OS. To komplikuje łatwość użytkowania dla użytkowników z USA, zmniejszając użyteczność bazy danych Autophagy . Jest to potencjalna komplikacja bazy danych dostępnej na całym świecie, która komplikuje jej łatwość użytkowania.
  • Baza danych autofagii człowieka : Chociaż jest to również baza danych dostępna na całym świecie, znacznie ulepszono łatwość korzystania z bazy danych autofagii człowieka . Dostęp do wszystkich dostępnych opcji, choć ograniczonych, można uzyskać za pomocą usługi Wi-Fi z siedzibą w USA. Baza danych autofagii człowieka jest ograniczona w zakresie dostępnych opcji gromadzenia i analizy danych, ponieważ dostępnych jest mniej opcji niż te oferowane przez bazę danych Autofagy . Baza danych przechowuje również tylko ludzkie geny i białka związane z autofagią, podczas gdy baza danych Autophagy zawiera informacje o genach i białkach związanych z autofagią dostępnych dla różnych gatunków.

Korzyści z baz danych

Chociaż każda baza danych ma swoje mocne i słabe strony, każda z nich pomaga wypełnić lukę. Dalsze dodatki mogą pomóc w ulepszeniu tych baz danych w przyszłości. Chociaż mogą istnieć dostępne bazy danych, które wydają się bardziej kompletne do ogólnego wyszukiwania genów lub białek, takie jak NCBI , HADb i Autophagy oferują najbardziej kompletne informacje na temat genów i białek związanych z autofagią. GUI nie jest w pełni dopracowany dla każdego i może być trudniej dostępny, ale każda z tych baz danych koncentruje się na autofagii , podczas gdy NCBI nie stosuje tego samego skoncentrowanego podejścia do autofagii. W związku z tym baza danych HADb i Autophagy może oferować interesującą drogę do eksploracji genów i białek związanych z autofagią.

Zobacz też

  1. ^ A b c d e f g    Homma, Keiichi; Suzuki Koji; Sugawara Hideaki (styczeń 2011). „Baza danych autofagii: kompleksowe źródło informacji na temat autofagii, które zapewnia pożywienie dla badań” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 39 (Wydanie bazy danych): D986-90. doi : 10.1093/nar/gkq995 . PMC 3013813 . PMID 20972215 .
  2. ^ a b c d e f g Luksemburski Instytut Zdrowia. (nd). HADb: Baza danych autofagii człowieka. Pobrano 13 kwietnia 2018 r. z http://autophagy.lu/index.html
  3. ^ a b c d e f Homma, K., Suzuki, K. i Sugawara, H. (nd). Baza danych autofagii. Pobrano 13 kwietnia 2018 r. z http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html
  4. ^ a b c d e Narodowy Instytut Genetyki. (2018). Narodowy Instytut Genetyki. Pobrano 23 kwietnia 2018 r. z https://www.nig.ac.jp/nig/
  5. ^ a b c Luksemburski Instytut Zdrowia. (2015). Luksemburski Instytut Zdrowia. Pobrano 23 kwietnia 2018 r. z https://www.lih.lu/

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Autophagy_database&oldid=1122473456 ”