Baza danych metabolomu drożdży

Baza danych metabolomu drożdży
Treść
Opis Baza danych Metabolomiki
Przechwycone typy danych
struktury metabolitów drożdży, opisy metabolitów, reakcje metabolitów, enzymy i transportery metabolitów, sekwencje enzymów i transporterów drożdży, właściwości chemiczne, nomenklatura, synonimy, taksonomia chemiczna, widma NMR metabolitów, widma GC-MS metabolitów, widma LC-MS metabolitów
Kontakt
Centrum Badań University of Alberta i Centrum Innowacji Metabolomiki
Laboratorium Davida S. Wisharta
Cytowanie podstawowe Baza danych metabolomu drożdży.
Dostęp
Strona internetowa http://www.ymdb.ca
Pobierz URL http://www.ymdb.ca/downloads
Różnorodny
Częstotliwość udostępniania danych
Co 2-3 lata z okresowymi poprawkami i aktualizacjami
Polityka kuracji Ręcznie wyselekcjonowane

Baza danych metabolomu drożdży ( YMDB ) to obszerna, wysokiej jakości, ogólnodostępna baza danych online zawierająca małocząsteczkowe metabolity występujące w lub wytwarzane przez Saccharomyces cerevisiae ( drożdże piekarskie ). YMDB został zaprojektowany w celu ułatwienia metabolomicznych drożdży , w szczególności w obszarach ogólnej fermentacji , a także analizy wina, piwa i sfermentowanej żywności. YMDB wspiera identyfikację i charakterystykę metabolitów drożdży za pomocą spektroskopii NMR , GC-MS spektrometria i chromatografia cieczowa – spektrometria mas (spektrometria LC-MS). YMDB zawiera dwa rodzaje danych: 1) dane chemiczne i 2) biologii molekularnej / biochemii . Dane chemiczne obejmują 2027 struktur metabolitów ze szczegółowymi opisami metabolitów wraz z prawie 4000 widmami NMR , GC-MS i LC/MS .

Dane biochemiczne obejmują 1104 sekwencji białek (i DNA ) oraz ponad 900 reakcji biochemicznych (ryc. 1), które są powiązane z tymi wpisami metabolitów. Każdy wpis dotyczący metabolitów w YMDB zawiera ponad 80 pól danych, z których 2/3 dotyczy danych chemicznych, a 1/3 danych enzymatycznych lub biochemicznych. Wiele pól danych zawiera hiperłącza do innych baz danych ( KEGG , PubChem , MetaCyc , ChEBI , Protein Data Bank , UniProt i GenBank ) oraz różne aplety do przeglądania struktur i ścieżek. Baza danych YMDB obsługuje obszerne przeszukiwanie tekstu, sekwencji, widm, struktury chemicznej i relacyjnych zapytań.

Zakres i dostęp

Wszystkie dane w YMDB są niezastrzeżone lub pochodzą z niezastrzeżonego źródła. Jest ogólnodostępny i dostępny dla każdego. Ponadto prawie każdy element danych jest w pełni identyfikowalny i ma wyraźne odniesienie do oryginalnego źródła. Dane YMDB są dostępne za pośrednictwem publicznego interfejsu internetowego i do pobrania.

Użytkownicy mogą przeszukiwać YMDB za pomocą różnych narzędzi specyficznych dla bazy danych. Prosta kwerenda tekstowa obsługuje ogólne kwerendy tekstowe komponentu tekstowego bazy danych. Wybierając metabolity lub białka w polu „szukaj”, można ograniczyć wyszukiwanie i zwracane wyniki tylko do danych związanych z metabolitami lub białkami. Narzędzie do przeglądania YMDB generuje tabelaryczne streszczenie zawartości YMDB (ryc. 2). Ten widok przeglądarki umożliwia użytkownikom swobodne przewijanie bazy danych lub ponowne sortowanie jej zawartości. Kliknięcie na dany przycisk MetaboCard powoduje wyświetlenie pełnej zawartości danych dla odpowiedniego metabolitu (rys. 3). Pod linkiem Szukaj użytkownicy znajdą szereg opcji wyszukiwania wymienionych w menu rozwijanym. Opcja Chem Query umożliwia użytkownikom rysowanie (za pomocą apletu MarvinSketch lub apletu ChemSketch) lub wpisywanie ( SMILES ) związek chemiczny i przeszukać YMDB w poszukiwaniu związków chemicznych podobnych lub identycznych do związku, którego dotyczy zapytanie. Opcja Wyszukiwanie zaawansowane obsługuje bardziej zaawansowane wyszukiwanie tekstowe części tekstowej YMDB. Przycisk Wyszukiwanie sekwencji umożliwia użytkownikom wyszukiwanie BLAST ( białek ) wszystkich sekwencji zawartych w YMDB. Zarówno pojedyncza, jak i wielokrotna sekwencja (tj. cały proteom ) BLAST zapytania są obsługiwane. YMDB obsługuje również opcję Data Extractor, która umożliwia wyszukiwanie i/lub wyodrębnianie określonych pól danych lub kombinacji pól danych. NMR i MS związku referencyjnego YMDB jest również obsługiwane przez łącza MS, MS/MS , GC-MS i NMR Spectra Search. Użytkownicy mogą pobrać pełne dane tekstowe YMDB, struktury chemiczne i dane sekwencyjne, klikając przycisk Pobierz.

Zobacz też

Linki zewnętrzne