Bazy danych mikromacierzy

Baza danych mikromacierzy to repozytorium zawierające dane dotyczące ekspresji genów z mikromacierzy . Kluczowe zastosowania bazy danych mikromacierzy to przechowywanie danych pomiarowych, zarządzanie przeszukiwalnym indeksem oraz udostępnianie danych innym aplikacjom do analizy i interpretacji (bezpośrednio lub poprzez pobranie przez użytkownika).

Bazy danych mikromacierzy można podzielić na dwie odrębne klasy:

  1. Recenzowane, publiczne repozytorium, które jest zgodne ze standardami akademickimi lub branżowymi i jest przeznaczone do użytku przez wiele aplikacji i grup analitycznych. Dobrym tego przykładem jest Gene Expression Omnibus (GEO) z NCBI lub ArrayExpress z EBI .
  2. Specjalistyczne repozytorium związane przede wszystkim z marką konkretnego podmiotu (laboratorium, firmy, uniwersytetu, konsorcjum, grupy), pakietem aplikacji, tematem lub metodą analizy, niezależnie od tego, czy jest ona komercyjna, non-profit czy akademicka. Te bazy danych mogą mieć jedną lub więcej z następujących cech:
    • Aby uzyskać pełny dostęp, może być potrzebna subskrypcja lub licencja,
    • Treść może pochodzić przede wszystkim z określonej grupy (np. SMD lub UPSC-BASE), Immunological Genome Project
    • Mogą istnieć ograniczenia dotyczące tego, kto może wykorzystywać dane lub w jakim celu dane mogą być wykorzystywane,
    • Przesłanie nowych danych może wymagać specjalnego zezwolenia lub w ogóle nie może istnieć żaden oczywisty proces,
    • Tylko niektóre aplikacje mogą być przystosowane do korzystania z danych, często również powiązane z tym samym podmiotem (na przykład caArray w NCI specjalizuje się w caBIG ) ,
    • Dalsze przetwarzanie lub przeformatowanie danych może być wymagane w przypadku standardowych zastosowań lub analiz,
    • Twierdzą, że zaspokajają „pilną potrzebę” posiadania standardowego, scentralizowanego repozytorium danych z mikromacierzy. (Patrz na przykład YMD, ostatnia aktualizacja w 2003 r.),
    • Istnieje roszczenie do stopniowej poprawy w stosunku do jednego z publicznych repozytoriów,
    • Aplikacja do metaanalizy , która obejmuje badania z jednej lub więcej publicznych baz danych (np. Gemma korzysta głównie z badań GEO ; NextBio korzysta z różnych źródeł)

Niektóre z najbardziej znanych publicznych, wyselekcjonowanych baz danych mikromacierzy to:


Baza danych Zakres Zestawy eksperymentalne z mikromacierzami Przykładowe profile Na dzień dzisiejszy
ArrayTrack ArrayTrack obsługuje zarówno dane publiczne, jak i prywatne, w tym dane porównawcze MAQC, ze zintegrowanymi narzędziami analitycznymi 1622 50 093 luty 2012
NCI mAdb Hostuje dane NCI ze zintegrowanymi narzędziami analitycznymi i statystycznymi ? 105 000 marzec 2012 r
Baza danych ImmGen Otwarty dostęp do wszystkich komórek układu odpornościowego; dane ekspresyjne, ekspresja różniczkowa, klastry współregulowane, regulacja 267 1059 styczeń 2012 r
Genewestygator Wyszukiwarka ekspresji genów oparta na ręcznie dobranych, dobrze opisanych publicznych i zastrzeżonych mikromacierzach i zestawach danych RNA-seq 3228 232 855 październik 2016 r
Omnibus ekspresji genów - NCBI dowolne wybrane badanie obfitości molekularnej zgodne z MIAME 25859 641770 28 października 2011 r
ArrayExpress w EBI Wszelkie wyselekcjonowane dane transkryptomiczne zgodne z MIAME lub MINSEQE 24838 708914 28 października 2011 r
Baza danych mikromacierzy Stanforda prywatna i opublikowana baza danych obfitości mikromacierzy i cząsteczek (obecnie nieistniejąca) 82542 ? 23 października 2011 r
Atlas genomu raka (TCGA) zbieranie danych dotyczących ekspresji dla różnych nowotworów 21229 ? 30 sierpnia 2013 r
systemu GeneNetwork Standardowe macierze o otwartym dostępie, macierze egzonów i dane RNA-seq do analizy genetycznej (badania eQTL) z pakietem analitycznym ~100 ~10000 lipiec 2010 r
Baza danych mikromacierzy UNC modENCODE Klient Nimblegen 2,1 miliona macierzy ~6 180 17 lipca 2009
BAZA UPSC dane wygenerowane przez analizę mikromacierzy w Umeå Plant Science Center (UPSC). ~100 ? 15 listopada 2007
Baza danych UPenn RAD MIAME , powiązane z ArrayExpress ~100 ~2500 1 września 2007
Baza danych mikromacierzy UNC świadczy usługi przechowywania, wyszukiwania, analizy i wizualizacji danych z mikromacierzy ~31 2093 1 kwietnia 2007 r
Baza danych MUS Baza danych jest repozytorium danych z mikromacierzy DNA generowanych przez badaczy MUSC, a także badaczy z globalnej społeczności badawczej. ~45 555 1 kwietnia 2007 r
caArray w NCI Dane dotyczące raka, przygotowane do analizy na caBIG 41 1741 15 listopada 2006

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microarray_databases&oldid=1138002911 ”