caBIG


caGrid
Deweloperzy NCI’s Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), The Ohio State University Research Foundation, The University of Chicago – Argonne National Laboratory , SemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies
Typ Przetwarzanie sieciowe , usługa sieciowa
Licencja BSD 3-klauzula
Strona internetowa cagrid.org _

Cancer Biomedical Informatics Grid ( caBIG ) był programem rządu Stanów Zjednoczonych mającym na celu opracowanie otwartej sieci informacyjnej o otwartym dostępie, zwanej caGrid , w celu bezpiecznej wymiany danych dotyczących badań nad rakiem. Inicjatywa została opracowana przez National Cancer Institute (część National Institutes of Health ) i była utrzymywana przez Centrum Informatyki Biomedycznej i Technologii Informacyjnych (CBIIT). W 2011 r. raport dotyczący caBIG wzbudził istotne wątpliwości co do skuteczności i nadzoru, a jego budżet i zakres zostały znacznie okrojone. W maju 2012 roku jako następca programu caBIG powstał Narodowy Program Informatyki Raka (NCIP).

Historia

Narodowy Instytut Raka (NCI) w Stanach Zjednoczonych sfinansował wiosną 2004 r. inicjatywę Biomedical Informatics Grid (caBIG), kierowaną przez Kennetha Buetowa. Jego celem było połączenie amerykańskich naukowców biomedycznych zajmujących się rakiem za pomocą technologii znanej jako przetwarzanie sieciowe . Program, prowadzony przez Centrum Bioinformatyki i Technologii Informacyjnych (CBIIT), rozpoczął się 3-letnią fazą pilotażową. Faza pilotażowa zakończyła się w marcu 2007 roku i ogłoszono próbę. Buetow promował program w 2008 roku.

Oprócz caGrid, podstawowej infrastruktury do wymiany danych między organizacjami, caBIG opracował narzędzia programowe, zasady udostępniania danych oraz wspólne standardy i słowniki ułatwiające udostępnianie danych .

Docelowe narzędzia programowe:

caBIG starał się zapewnić podstawową technologię dla podejścia do biomedycyny, które nazwał „uczącym się systemem opieki zdrowotnej”. Opiera się to na szybkiej wymianie informacji między wszystkimi sektorami badań i opieki, tak aby badacze i klinicyści mogli wspólnie przeglądać i dokładnie włączać najnowsze odkrycia do swojej pracy. Ostatecznym celem było przyspieszenie procesu badań biomedycznych. Był również promowany jako coś, co często nazywa się medycyną spersonalizowaną . Technologia caBIG została wykorzystana w adaptacyjnych badaniach klinicznych , takich jak Investigation of Serial studies to Predict Your Therapeutic Response with Imaging oraz Analiza molekularna 2 (I-SPY2), która została zaprojektowana w celu wykorzystania biomarkerów do określenia odpowiedniej terapii dla kobiet z zaawansowanym rakiem piersi .

Technologia informacyjna zdrowia

Promowano technologię informacji medycznej (HIT) w celu zarządzania i bezpiecznej wymiany informacji medycznych między naukowcami, pracownikami służby zdrowia i konsumentami. Inicjatywy HIT wspominające o caBIG to: NCI i Amerykańskie Towarzystwo Onkologii Klinicznej zainicjowały współpracę w celu stworzenia elektronicznego systemu dokumentacji medycznej specyficznego dla onkologii , wykorzystującego standardy caBIG w zakresie interoperacyjności, który umożliwi onkologom zarządzanie informacjami o pacjencie w formacie elektronicznym, który dokładnie oddaje specyficzne problemy interwencyjne charakterystyczne dla onkologii. Ogólnokrajowa Sieć Informacji o Zdrowiu była inicjatywą mającą na celu udostępnianie danych klinicznych pacjentów z różnych geograficznie źródeł i tworzenie połączonej elektronicznie krajowej wymiany informacji zdrowotnych. Może to być jakoś powiązane.

Współpraca

BIG Health Consortium powstało w 2008 roku w celu promowania medycyny spersonalizowanej, ale rozwiązało się w 2012 roku. W lipcu 2009 roku caBIG ogłosiło współpracę z Dr. Susan Love Research Foundation w celu stworzenia internetowej kohorty kobiet chętnych do udziału w badaniach klinicznych. Nazywana Armią Kobiet, miała w swojej bazie danych milion; do grudnia 2009 r. witryna została „uruchomiona”, a do 2010 r. zarejestrowało się około 30 000 kobiet i mężczyzn.

Atlas genomu raka miał na celu scharakteryzowanie ponad 10 000 guzów w co najmniej 20 nowotworach do 2015 r. caBIG zapewnił łączność, standardy danych i narzędzia do gromadzenia, organizowania, udostępniania i analizowania różnorodnych danych badawczych w swojej bazie danych. Od 2007 roku NCI współpracuje z brytyjskim Narodowym Instytutem Badań nad Rakiem (NCRI). Obie organizacje współdzieliły technologie do wspólnych badań i bezpiecznej wymiany danych badawczych za pomocą caGrid i portalu internetowego NCRI Oncology Information Exchange (ONIX) , ogłoszonego w sierpniu 2009 r. ONIX został zamknięty w marcu 2012 r. Duke Cancer Institute wykorzystał narzędzia do badań klinicznych caBIG w ich współpraca z Pekińskim Szpitalem Onkologicznym Uniwersytetu Pekińskiego.

Realizacja

Projekt miał na celu połączenie 65 wyznaczonych przez NCI ośrodków onkologicznych, aby umożliwić prowadzenie wspólnych badań. Uczestniczące instytucje mogą albo „zaadoptować” narzędzia caBIG do udostępniania danych bezpośrednio przez caGrid, albo „dostosować” komercyjne lub opracowane przez siebie oprogramowanie, aby było kompatybilne z caBIG. W ramach programu caBIG opracowano zestawy do tworzenia oprogramowania (SDK) dla interoperacyjnych narzędzi programowych oraz instrukcje dotyczące procesu dostosowywania istniejących narzędzi lub opracowywania aplikacji w celu zapewnienia kompatybilności z caBIG.

Program Enterprise Support Network obejmował specjalistyczną wiedzę specjalistyczną w danej dziedzinie oraz dostawców usług wsparcia, organizacji zewnętrznych, które zapewniają pomoc na zasadzie umowy o świadczenie usług. Portal internetowy wykorzystujący Liferay był dostępny od 2008 do 2013 roku.

Otwarte źródło

Od 2004 roku program caBIG korzystał ze społeczności open-source , zaadaptowanych z innych partnerstw publiczno-prywatnych. Program caBIG produkował oprogramowanie na zlecenie zespołów programistów, głównie w komercyjnej społeczności badawczej. [ potrzebne źródło ]

Ogólnie rzecz biorąc, oprogramowanie opracowane w ramach kontraktów rządowych USA jest własnością rządu USA i amerykańskich podatników. W zależności od warunków określonych w umowach, mogą one być dostępne tylko na żądanie zgodnie z ustawą o wolności informacji (FOIA). Terminowość odpowiedzi na takie żądania może uniemożliwić wnioskodawcy uzyskanie jakiejkolwiek dodatkowej wartości z oprogramowania wydanego na podstawie żądania FOIA.

Program caBIG umieścił całe oprogramowanie caBIG w ogólnodostępnym repozytorium oprogramowania do pobrania. Open source oznacza, że ​​każdy może modyfikować pobrane oprogramowanie; jednak licencja zastosowana do pobranego oprogramowania pozwala na większą elastyczność niż jest to typowe. Osoba fizyczna lub firma może wnieść zmodyfikowany kod z powrotem do programu caBIG, ale nie jest do tego zobowiązana. Podobnie modyfikacje mogą być udostępniane jako open source, ale nie muszą być udostępniane jako open source. Licencja caBIG pozwala nawet na wykorzystanie aplikacji i komponentów caBIG, w połączeniu z dodatkami i modyfikacjami, które mogą być wydawane jako produkty komercyjne. Te aspekty programu caBIG faktycznie zachęcają do komercjalizacji technologii caBIG.

Wyniki

W 2008 roku firma GlaxoSmithKline ogłosiła, że ​​udostępni caBIG dane dotyczące genomu komórek nowotworowych. Niektóre prywatne firmy zgłosiły korzyści z technologii caBIG w 2010 roku.

Witryna internetowa społeczności caGrid została utworzona w 2007 roku. Wersja 1.x podstawowego oprogramowania została dodana do projektu GitHub w połowie 2013 roku na licencji BSD 3-Clause . Używał wersji 4.03 Globus Toolkit i systemu workbench Taverna do zarządzania przepływem pracy i Business Process Execution Language . Oprogramowanie o nazwie Introduce zostało opracowane około 2006 roku. Wśród współtwórców znaleźli się Uniwersytetu Stanowego Ohio oraz prywatne firmy Ekagra Software Technologies i Semantic Bits.

Krytyka

Do 2008 roku niektórzy kwestionowali, czy program przynosi korzyści dużym firmom farmaceutycznym. Do 2011 roku projekt wydał szacunkowo 350 milionów dolarów. Chociaż cel uznano za godny pochwały, większość oprogramowania została przyjęta nierówno po tym, jak została opracowana dużym kosztem, aby konkurować z ofertami komercyjnymi. W marcu 2011 r. Ocena grupy roboczej NCI wykazała, że ​​caBIG „… rozszerzył się daleko poza te cele, aby wdrożyć zbyt złożone i ambitne przedsiębiorstwo programistyczne narzędzi marki NCI, zwłaszcza w przestrzeni systemu zarządzania badaniami klinicznymi (CTMS). Mają one wytworzył ograniczoną trakcję w społeczności onkologicznej, konkurował z uznanymi dostawcami komercyjnymi i tworzył finansowo nie do utrzymania długoterminowe zobowiązania w zakresie konserwacji i wsparcia dla NCI”. W 2012 roku NCI ogłosiło nowy program National Cancer Informatics Program (NCIP) jako następcę caBIG.

caGrid

caGrid
Deweloperzy NCI’s Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), The Ohio State University Research Foundation, The University of Chicago – Argonne National Laboratory , SemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies
System operacyjny Międzyplatformowe
Typ Przetwarzanie sieciowe , usługa sieciowa
Licencja BSD 3-klauzula
Strona internetowa cagrid.org _

Sieć komputerowa i oprogramowanie caGrid wsparły inicjatywę Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) National Cancer Institute of the US National Institutes of Health .

caBIG to dobrowolna wirtualna infrastruktura informatyczna, która łączy dane, narzędzia badawcze, naukowców i organizacje.

W 2013 roku National Cancer Informatics Program (NCIP) ponownie wydał caGrid na licencji BSD 3-Clause i przeniósł repozytorium źródłowe do github .

caGrid używał wersji 4.03 Globus Toolkit , wyprodukowanej przez Globus Alliance .

Portal

Portal caGrid był aplikacją internetową opartą na Liferay , która umożliwia użytkownikom odkrywanie i interakcję z usługami dostępnymi w infrastrukturze caGrid. Portal służy jako podstawowe narzędzie wizualizacji oprogramowania pośredniczącego caGrid . Służył również jako źródło informacji caBIG. Za pośrednictwem portalu caGrid użytkownicy mieli dostęp do informacji o uczestnikach caBIG, punktach kontaktowych caGrid (POC) oraz aktualnościach i wydarzeniach związanych z caGrid.

Przepływ pracy

Przepływ pracy caGrid wykorzystuje:

Współtwórcy

Krytyka

W marcu 2011 roku NCI opublikowało obszerny przegląd CaBIG, programu NCI CBIIT, który sfinansował rozwój oprogramowania caGrid (patrz [1] , [2] ), który zawierał długą listę problemów z programem i zalecał, aby większość projekty rozwoju oprogramowania powinny zostać przerwane.

Dalsza lektura

Linki zewnętrzne

składniki

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CaBIG&oldid=1130941558 ”