BitterDB
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Gorzkie związki. |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Hebrajski w Jerozolimie Rehovot, Izrael. |
| Laboratorium | Wydział Rolniczy Roberta H. Smitha |
| Autorski | Ayana Wiener |
| Cytowanie podstawowe | Wiener & al. (2012) |
| Data wydania | 2011 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://bitterdb.agri.huji.ac.il |
| Narzędzia | |
| Sieć | podmuch |
BitterDB to baza danych związków, które według doniesień mają gorzki smak dla ludzi . Celem bazy danych BitterDB jest gromadzenie informacji o gorzkich związkach naturalnych i syntetycznych oraz ich pokrewnych receptorach gorzkiego smaku (T2R lub TAS2R ).
Streszczenie
BitterDB zawiera ponad 670 związków, które według doniesień mają gorzki smak dla ludzi. Związki można wyszukiwać według nazwy, budowy chemicznej , podobieństwa do innych gorzkich związków, powiązania z określonym ludzkim receptorem smaku gorzkiego, a także według innych właściwości. Baza danych zawiera również informacje o mutacjach w receptorach smaku gorzkiego, które, jak wykazano, wpływają na aktywację receptorów przez związki gorzkie.
Przegląd bazy danych
Gorzkie związki
BitterDB zawiera obecnie ponad 670 związków, które były cytowane w literaturze jako gorzkie. Dla każdego związku baza danych zawiera informacje dotyczące jego właściwości molekularnych, odniesienia do goryczy związku, w tym dodatkowe informacje o kategorii goryczy związku (np . , numer rejestracyjny CAS , nazwa systematyczna IUPAC ), wskazanie, czy związek pochodzi ze źródła naturalnego, czy jest syntetyczny, link do wpisu związku w PubChem i różne formaty plików do pobrania (sdf, obraz, uśmiechy). Ponad 200 gorzkich związków zostało eksperymentalnie połączonych z odpowiadającymi im ludzkimi receptorami gorzkiego smaku. W przypadku tych związków BitterDB zapewnia dodatkowe informacje, w tym linki do publikacji wskazujących te interakcje ligand-receptor, skuteczne stężenie do aktywacji receptora i/lub wartość EC50 oraz linki do powiązanych wpisów dotyczących receptorów gorzkiego smaku w BitterDB.
Wyszukiwanie i przeglądanie
Gorzkie związki można wyszukiwać i przeglądać na różne sposoby. Na przykład opcja „wyszukiwania zaawansowanego” umożliwia użytkownikowi wyszukanie związków spełniających różne kryteria, takie jak połączenie określonych właściwości fizycznych lub połączenie powiązanych ludzkich receptorów smaku gorzkiego. Oprócz opcji zapytań, użytkownik może przeglądać sortowalną tabelę ze wszystkimi związkami BitterDB.
Receptory gorzkiego smaku
BitterDB zawiera dane o 25 znanych ludzkich receptorach gorzkiego smaku. Dla każdego receptora wyświetlanych jest kilka właściwości. Receptory smaku gorzkiego można wyszukiwać według różnych kryteriów: nazwy, znanych ligandów oraz numeru dostępu UniProt . Korzystając z tabeli, która przedstawia wszystkie receptory gorzkiego smaku i niektóre informacje o nich, użytkownik może przeglądać i sortować według różnych opcji, takich jak liczba gorzkich ligandów związanych z receptorem.
Lokalna usługa BLAST i globalne wyrównanie
BitterDB oferuje dwie dodatkowe funkcje: lokalną usługę BLAST do określania lokalnego podobieństwa między sekwencją zapytania a różnymi ludzkimi receptorami gorzkiego smaku oraz globalne dopasowanie 25 ludzkich receptorów gorzkiego smaku. Dopasowanie zostało wygenerowane przy użyciu ClustalW2 i wyświetla drugorzędową strukturę każdego receptora, zgodnie z przewidywaniami serwera TOPCONS.
Przesyłanie związków
BitterDB oferuje opcję „prześlij”, w której użytkownicy są zachęcani do przesyłania informacji o gorzkich związkach. Dane te zostaną przejrzane przez autorów i odpowiednio przesłane do bazy danych. Użytkownicy mogą dołączyć do listy mailingowej w celu otrzymywania aktualizacji bazy danych.
Przykłady
Zobacz też
- ^ ab Wiener , Ayana; Przystań Shudlera; Lewit Anat; Niv Masza Y (styczeń 2012). „BitterDB: baza danych gorzkich związków” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 40 (problem z bazą danych): D413–9. doi : 10.1093/nar/gkr755 . PMC 3245057 . PMID 21940398 .
- Bibliografia _ _ BitterDB . Źródło 14 lutego 2022 r .