Bufor TE

Bufor TE jest powszechnie stosowanym roztworem buforowym w biologii molekularnej , zwłaszcza w procedurach z udziałem DNA , cDNA lub RNA . „TE” pochodzi od jego składników: Tris , zwykłego buforu pH i EDTA , cząsteczki, która chelatuje kationy, takie jak Mg ²⁺ . Zadaniem buforu TE jest solubilizacja DNA lub RNA, przy jednoczesnym zabezpieczeniu ich przed degradacją.

Przepis

Typowy przepis na zrobienie buforu 1X TE to:

10 mM Tris , doprowadzić do pH 8,0 za pomocą HC1
1 mM EDTA , doprowadzić do pH 8,0 za pomocą NaOH

Bufor TE jest również nazywany buforem T ₁₀ E ₁ i odczytywany jako „bufor T ten E jeden”. Aby sporządzić 100 ml roztworu buforu T ₁₀ E ₁ , należy wymieszać 1 ml 1 M zasady Tris (pH 10–11) i 0,2 ml EDTA (0,5 M) i uzupełnić wodą podwójnie destylowaną do objętości 100 ml. Dodaj mikrolitrowe ilości HCl o wysokiej molowości, aby obniżyć pH do 8.

W oparciu o badania nukleazy z lat 80., pH jest zwykle dostosowywane do 7,5 dla RNA i 8,0 dla DNA . ^{[ Potrzebne źródło ]} Odpowiednie nukleazy DNA i RNA powinny być mniej aktywne przy tych wartościach pH, ale pH 8,0 można bezpiecznie stosować do przechowywania zarówno DNA, jak i RNA ^{[ potrzebne źródło ]} .

EDTA dodatkowo inaktywuje DNazę , wiążąc się z kationami metali wymaganymi przez ten enzym.

DNA genomowe i plazmidowe można przechowywać w buforze TE Buffer w temperaturze 4°C (39,2°F) do użytku krótkotrwałego lub od -20°C (-4°F) do -80°C (-112°F) przez długi czas przechowywanie terminowe. Należy unikać powtarzających się cykli zamrażania i rozmrażania.

Niski TE lub TE Niski EDTA

Działanie buforu TE oparte jest na chelatujących kationach metali takich jak Mg ²⁺ . Problem polega na tym, że polimeraza PCR wymaga również Mg ²⁺ do działania, więc jeśli ilość EDTA jest zbyt wysoka, może to wpłynąć na PCR. Istnieje wersja bufora TE z 10-krotnie mniejszą ilością EDTA, która jest bardzo często stosowana w zestawach kryminalistycznych STR. Ze względu na stosowanie zestawów z amplifikacją multipleksową konieczne jest posiadanie mniejszej ilości EDTA w próbce, aby nie zakłócać Mg ²⁺ obecny w reakcji. Jeśli do rozcieńczenia próbki zostanie użyty zwykły bufor TE, w profilu DNA zostanie zaobserwowany brak równowagi, podczas gdy niski TE będzie miał lepszą równowagę. Bufor Low TE lub TE Low EDTA składa się z 10 mM Tris-HCl (pH 8,0) + 0,1 mM EDTA.

Zobacz też

Bufor LB , bufor boranowy litu, podobny bufor zawierający jony litu zamiast Tris
Bufor TAE i bufor TBE są często stosowane w procedurach z udziałem kwasów nukleinowych, z których najczęściej stosuje się elektroforezę.

bufor TE ph7.4=100mM/L Tris(pH7.4)+10mM/L EDTA(pH8.0) z Molecular Cloning: A Laboratory Manual

^ Yagi N, Satonaka K, Horio M, Shimogaki H, Tokuda Y, Maeda S (1996). „Rola DNazy i EDTA w degradacji DNA w tkankach utrwalonych formaldehydem”. Biotechnika i Histochemia . 71 (3): 123–129. doi : 10.3109/10520299609117148 . PMID 8724437 .
Bibliografia _ Haites, Kelly (1990). „Powtórne zamrażanie i rozmrażanie krwi obwodowej i DNA w zawiesinie: wpływ na wydajność i integralność DNA” . Dziennik genetyki medycznej . 27 (9): 569–570. doi : 10.1136/jmg.27.9.569 . PMC 1017219 . PMID 2231649 .

Linki zewnętrzne

„OpenWetWare: Bufor TE” . Źródło 2 lipca 2006 .

[1] Yagi N, Satonaka K, Horio M, Shimogaki H, Tokuda Y, Maeda S (1996). „Rola DNazy i EDTA w degradacji DNA w tkankach utrwalonych formaldehydem”. Biotechnika i Histochemia . 71 (3): 123–129. doi : 10.3109/10520299609117148 . PMID 8724437 .

[2] Bibliografia _ Haites, Kelly (1990). „Powtórne zamrażanie i rozmrażanie krwi obwodowej i DNA w zawiesinie: wpływ na wydajność i integralność DNA” . Dziennik genetyki medycznej . 27 (9): 569–570. doi : 10.1136/jmg.27.9.569 . PMC 1017219 . PMID 2231649 .