C14orf93
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| C14orf93 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , chromosom 14 otwarta ramka odczytu 93, | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatory zewnętrzne RTFC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C14orf93 to białko kodowane u ludzi przez gen C14orf93 . Jest to globularne białko z konserwowanym C-końcem , które jest zlokalizowane w jądrze . Chociaż jest stosunkowo silnie wyrażany we wszystkich tkankach z wyjątkiem tkanki nerwowej , jest szczególnie silnie wyrażany w komórkach T i innych tkankach odpornościowych .
Gen
c14orf93 znajduje się na krótkim ramieniu chromosomu 14 (14q11.2). Numer dostępu c14orf93 to 021944, a jego aliasy to FLJ12154 i LOC60686. Gen ma 2430 pz i 7 eksonów.
Białko
Cechy
Białko c14orf93 ma 9 izoform . Najpowszechniejsza i największa izoforma ma 538 AA, masę cząsteczkową 58,7 kdal i teoretyczny punkt izoelektryczny 5,7. Białko to jest globularne z konserwowanym C-końcem , mieszanym skupiskiem ładunków od 371 do 399 i nienaładowanym segmentem o wysokiej punktacji od 28 do 58. Konsensusowe dane SDSC PELE przewidują 15 helis alfa i 8 nici beta.
Modyfikacje potranslacyjne
Posttranslacyjne modyfikacje c14orf93 obejmują fosforylację , N-acetylację i sumoilację . Miejsca fosforylacji seryny przewiduje się przy 23 resztach, treoninie przy 6 resztach i tyrozynie przy 2 resztach. Istnieją dwa eksperymentalnie potwierdzone miejsca fosforylacji seryny przy resztach 285 i 428, które mogą służyć jako miejsca aktywacji lub dezaktywacji. N-acetylacja jest przewidywana na drugiej reszcie; ta modyfikacja wpływa na stabilność i lokalizację. Istnieje 6 motywów z dużym prawdopodobieństwem sumoilacji. SUMO (małe modyfikatory podobne do ubikwityny) to małe białka, takie jak ubikwityna , które rozpoczynają kaskadę zaangażowaną w stabilność białek, transport jądrowo-cytozolowy i regulację transkrypcji.
Lokalizacja subkomórkowa
Dane PSORTII przewidują, że c14orf93 jest zlokalizowany w jądrze . Przy resztach 298-301 występuje sygnał lokalizacji jądrowej . Istnieją również dwa sygnały kierowania peroksysomów na reszty 451-459 i 479-487.
Wyrażenie
c14orf93 jest wyrażany 2,7 razy silniej niż przeciętny gen we wszystkich tkankach. Występuje stosunkowo silnie we wszystkich tkankach z wyjątkiem tkanki nerwowej . Wyraźnie wyższą ekspresję obserwuje się w limfocytach T i nieco wyższy wzorzec ekspresji w innych tkankach odpornościowych, takich jak szpik kostny , śledziona i węzły chłonne .
Białka oddziałujące
Wykazano, że C14orf93 fizycznie oddziałuje z PTP1 , MRFAP1 , Set , APP i MOV10 ; te interakcje wymieniono w tabeli poniżej. Kolumna organizmu pokazuje, skąd pochodziło białko w eksperymencie, pokazując fizyczne interakcje.
| Białko | Organizm |
|---|---|
| PTP1 | Saccharomyces cerevisiae S288c |
| MRFAP1 | Homo sapiens |
| Ustawić | Mus musculus |
| APLIKACJA | Homo sapiens |
| MOV10 | Homo sapiens |
Spośród tych pięciu interakcji PTP1, MRFAP1 i SET przeszły największą weryfikację. PTP1, białkowa fosfataza tyrozynowa 1, jest białkiem występującym w drożdżach, ale u ludzi występuje ortolog. PTP1 może być odpowiedzialny za aktywację/dezaktywację c14orf93 ze względu na jego aktywność fosfatazy i lokalizację okołojądrową. MRFAP1, białko 1 związane z rodziną MORF4, jest ludzkim białkiem, które oddziałuje z członkami rodziny MORF4/MRG i supresorem nowotworu Rb. Białko to może być zaangażowane w starzenie się, wzrost komórek i unieśmiertelnianie. Istnieje ludzki ortolog mysiego białka Set (inhibitor fosfatazy 2A lub I2PP2A) i jest on zlokalizowany w jądrze. Set wiąże się z DNA w celu negatywnej regulacji procesów apoptozy i transkrypcji neuronów, działając jako onkogen.
Homologia
Istnieją ortologi c14orf93 u wszystkich kręgowców , od Homo sapiens po ryby kostnoszkieletowe . Nie ma paralogów dla c14orf93. C14orf93 jest częścią rodziny DUF4616; ta rodzina jest oznaczona domeną o nieznanej funkcji w domenie C-końcowej. Białka DUF4616 mają długość od 166 do 538 aminokwasów i należą do nadrodziny sI21231 . Ostatnie 200 reszt C-koniec jest wysoce konserwatywne z siedemnastoma wzorami reszt od 439-456, które są szczególnie konserwatywne we wszystkich ortologach. Region ten prawdopodobnie odgrywa główną rolę w funkcji c14orf93.