Cytobacillus
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Cytobacillus | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Cytobacillus Patel i Gupta 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Cytobacillus to rodzaj bakterii w kształcie pałeczek, które barwią Gram-dodatnie lub Gram-zmienne w rodzinie Bacillaceae w rzędzie Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Cytobacillus firmus .
Członkowie tego rodzaju zostali przeniesieni z rodzaju Bacillus po porównawczych badaniach genomicznych, które wykazały, że są wystarczająco różni się za pomocą pomiarów filogenetycznych od Bacillus subtilis , gatunku typowego z rodzaju Bacillus . Rodzaj Bacillus od dawna jest uważnie obserwowany przez społeczność naukową ze względu na jego polifiletyczny charakter, wykazujący wiele odrębnych grup monofiletycznych w różnych drzewach filogenetycznych w obrębie rodzaju. Ponadto, chociaż Bacillus mają zróżnicowany zakres cech biochemicznych, nie ma unikalnej cechy, która mogłaby być wykorzystana do wiarygodnego odróżnienia wszystkich gatunków Bacillus od innych bakterii. W wielu badaniach wykorzystano analizy filogenetyczne i porównawcze analizy genomiczne jako sposób na wyjaśnienie skomplikowanych relacji taksonomicznych w obrębie Bacillus , co doprowadziło do przeniesienia wielu gatunków do nowych rodzajów, takich jak Alkalihalobacillus , Virigibacillus , Brevibacillus , Solibacillus i Evansella . Ponadto rodzaj Bacillus został ograniczony do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwę Cytobacillus można podzielić na przedrostek „cyto-” (od greckiego rzeczownika kytos , odnoszący się w biologii do wydrążenia, naczynia, słoika lub komórki) i przyrostek „-bacillus” (od łacińskiego rzeczownika bacillus , odnoszący się do mała laska lub pałeczka i Bacillus, rodzaj bakterii). Razem Cytobacillus odnosi się do komórki w kształcie pręta.
Charakterystyka biochemiczna i sygnatury molekularne
Członkowie Cytobacillus mogą być tlenowymi lub fakultatywnie beztlenowymi . Zaobserwowano, że wszystkie badane gatunki tego rodzaju wytwarzają przetrwalniki w niesprzyjających warunkach środowiskowych lub żywieniowych. Cytobacillus można wyizolować i znaleźć w różnych lokalizacjach, począwszy od miejsc naturalnych (gleba, osady morskie), żywych organizmów (jelita ludzkie, dżdżownice) po miejsca produkcji farmaceutycznej. Większość gatunków jest ruchliwa, a niektóre są w stanie tolerować umiarkowane warunki zasolone i środowiska o wysokiej zasadowości. Podczas gdy Cytobacillus mogą rosnąć w temperaturach w zakresie 10-45°C, optymalny wzrost występuje w zakresie 25-37°C.
Trzy konserwatywne indele sygnaturowe (CSI) zostały zidentyfikowane jako wspólne dla większości / wszystkich członków Cytobacillus w następujących białkach: białko zawierające domenę PDZ, dehydrogenazę histydynolu i czynnik sprzęgający naprawę transkrypcji . Te CSI zostały zidentyfikowane poprzez analizę sekwencji genomu z Cytobacillus i zapewniają nowe sposoby molekularne do odróżnienia tego rodzaju od innych rodzajów Bacillaceae .
Taksonomia
Cytobacillus występuje łącznie 13 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . Zaobserwowano, że członkowie Cytobacillus grupują się w klad monofiletyczny w drzewach filogenetycznych utworzonych na podstawie różnych zestawów danych konserwowanych białek, a także sekwencji genomu 16S rRNA. Ten wzór rozgałęzień obserwuje się również w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Oprócz tych gatunków o opublikowanych nazwach zaobserwowano, że kilka nieważnie opublikowanych gatunków („Bacillus dabaoshanensis”, „Bacillus dafuensis”, „Bacillus massiliogabonensis” i „Bacillus mesophilum”) rozgałęzia się z innymi gatunkami Cytobacillus i ma wspólne markery molekularne ( w postaci zachowanych indeli sygnaturowych ) wyłącznie unikalnych dla tego rodzaju. Jednak brak informacji o szczepie kultury uniemożliwił przeniesienie tych gatunków do rodzaju. Należy zauważyć, że w miarę udostępniania informacji o genomie i szczepie konieczne jest przeprowadzenie dodatkowych analiz tych klasyfikacji w celu uwzględnienia wszelkich wymaganych poprawek.