Domena homologii rubikonu

Domena homologii rubikonu
Domena RH ludzkiego rubikonu (czerwony) związana z Rab7-GTP (szary) (​)
Identyfikatory
Symbol	Domena RH
Pfam	PF13901
Klan Pfam	CL0229
InterPro	IPR025258
MĄDRY	SM01175
SCOP2	6WCW / ZAKRES / SUPFAM
Dostępne struktury białek: Pfam   konstrukcje / ECOD   WPB RCSB WPB ; PDBe ; WPBj Suma WPB podsumowanie struktury

Domena homologii Rubiconu (znana również jako domena RH ) jest konserwowaną ewolucyjnie domeną białkową składającą się z około 250 aminokwasów , która pośredniczy w interakcji białko-białko. Domeny RH są obecne w kilku ludzkich białkach zaangażowanych w regulację autofagii i handlu endosomami . Chociaż nie wszystkie domeny RH zostały scharakteryzowane, domeny ludzkiego Rubiconu i PLEKHM1 pośredniczą w interakcji z małą GTPazą Rab7 , który znajduje się na późnych endosomach i autofagosomach.

Domeny RH zawierają 16 konserwatywnych reszt cysteiny i histydyny , które wiążą atomy cynku i tworzą co najmniej 4 motywy palca cynkowego . Wykazano, że reszty aminokwasowe w kierunku C-końca domeny RH Rubiconu są niezbędne do interakcji z Rab7.

Struktura

Trójwymiarowa struktura atomowa domeny Rubicon RH w kompleksie z Rab7 została określona za pomocą krystalografii rentgenowskiej . Struktura domeny RH ma kształt litery „L”, przy czym podstawa litery „L” styka się z regionami przełączającymi Rab7. Struktura jest głównie helikalna alfa , z krótkimi regionami nici beta obecnymi w pobliżu motywów palców cynkowych. N-końcowy region domeny Rubicon RH przypomina domenę FYVE , jednak nie występują podstawowe reszty wymagane do kanonicznego wiązania PI3P z domeną FYVE.

Białka zawierające domenę RH

Domeny RH znajdują się w wielu białkach, w tym (u ludzi):

• Rubicon , definiujący członek rodziny białek zawierających domenę RH i negatywny regulator autofagii
• PLEKHM1 , białko zaangażowane w osteopetrozę
• Pacer , pozytywny regulator autofagii
• DEF8, regulator obwodowej dystrybucji lizosomów
• PLEKHM3 , zaangażowany w różnicowanie mięśni szkieletowych