Fidżi (oprogramowanie)
_Logo.svg){kind=logo} | |
| Deweloperzy | Johannes Schindelin, Ignacio Arganda-Carreras, Albert Cardona, Mark Longair, Benjamin Schmid i inni |
|---|---|
| Wersja stabilna | 2.9.0 / 14 września 2022 r
|
| Magazyn | |
| Napisane w | Jawa |
| System operacyjny | dowolny z obsługą języka Java |
| Typ | Przetwarzanie obrazu i analiza obrazu |
| Licencja | GPL v3 (niektóre wtyczki mają różne licencje) |
| Strona internetowa | |
_-_Wikipedia.png)
Fiji ( Fiji Is Just ImageJ ) to pakiet do przetwarzania obrazu typu open source oparty na ImageJ2 .
Głównym celem Fidżi jest zapewnienie dystrybucji ImageJ2 z wieloma dołączonymi wtyczkami . Fiji posiada zintegrowany system aktualizacji i ma na celu zapewnienie użytkownikom spójnej struktury menu, obszernej dokumentacji w postaci szczegółowych opisów algorytmów i samouczków oraz możliwości uniknięcia konieczności instalowania wielu komponentów z różnych źródeł.
Fidżi jest również skierowany do programistów, poprzez wykorzystanie systemu kontroli wersji , narzędzia do śledzenia problemów, dedykowanych kanałów programistycznych oraz infrastruktury szybkiego prototypowania w postaci edytora skryptów obsługującego BeanShell , Jython , JRuby , Clojure , Groovy , JavaScript i innych języków skryptowych, a także programowanie w języku Java just-in-time .
Wtyczki
Istnieje wiele wtyczek do ImageJ, które mają szeroki zakres zastosowań, ale także szeroki zakres jakości.
Ponadto niektóre wtyczki wymagają określonych wersji ImageJ, określonych wersji bibliotek innych firm lub dodatkowych komponentów Java, takich jak kompilator Java lub Java 3D .
Jednym z głównych celów Fidżi jest maksymalne ułatwienie instalacji ImageJ, Java, Java 3D, wtyczek i innych wygodnych komponentów. W konsekwencji Fidżi cieszy się coraz większą liczbą aktywnych użytkowników.
Publiczność
Chociaż Fidżi był pierwotnie przeznaczony dla neuronaukowców (i nadal nim jest), zgromadził wystarczającą funkcjonalność, aby przyciągnąć naukowców z różnych dziedzin, takich jak biologia komórki, parazytologia, genetyka, ogólnie nauki przyrodnicze, materiałoznawstwo itp. Jak stwierdzono na oficjalnej stronie internetowej, główny nacisk kładziony jest na „nauki przyrodnicze”, chociaż Fidżi zapewnia wiele narzędzi pomagających ogólnie w naukowej analizie obrazu.
Fidżi jest najbardziej popularny w społeczności nauk przyrodniczych , gdzie przeglądarka 3D pomaga w wizualizacji danych uzyskanych za pomocą mikroskopii świetlnej i dla której Fidżi zapewnia rejestrację , segmentację i inne zaawansowane algorytmy przetwarzania obrazu.
Składnik Fidżi TrakEM2 został z powodzeniem wykorzystany i udoskonalony do analizy linii neuronalnych w mózgach larw Drosophila .
Fidżi zostało wyróżnione w suplemencie przeglądowym Nature Methods dotyczącym wizualizacji.
Rozwój
Fidżi jest w pełni open source . Jego źródła znajdują się w publicznym Git .
Fidżi zostało przyjęte jako organizacja do Google Summer of Code 2009 i zrealizowało dwa projekty.
Framework skryptowy, który obsługuje JavaScript , Jython , JRuby , Clojure , BeanShell i inne języki, jest integralną częścią rozwoju Fidżi; wielu programistów tworzy prototypy swoich wtyczek w jednym z wymienionych języków skryptowych i stopniowo przekształca prototypy w odpowiedni Java . W tym celu, jako jeden ze wspomnianych wcześniej projektów Google Summer of Code, dodano edytor skryptów z podświetlaniem składni i wykonywaniem kodu w miejscu.
Struktura skryptów jest zawarta w wydaniach Fidżi, dzięki czemu zaawansowani użytkownicy mogą używać takich skryptów w swoim wspólnym przepływie pracy.
Rozwój czerpie korzyści z okazjonalnych hackathonów , podczas których spotykają się naukowcy z doświadczeniem obliczeniowym i ulepszają swoje odpowiednie wtyczki.
Edytor skryptów
Edytor skryptów na Fidżi obsługuje szybkie prototypowanie skryptów i wtyczek ImageJ, dzięki czemu Fidżi jest potężnym narzędziem do opracowywania nowych algorytmów przetwarzania obrazu i odkrywania nowych technik przetwarzania obrazu za pomocą ImageJ.
Obsługiwane platformy
Fidżi działa w systemach Windows, Linux i Mac OS X, 32-bitowych lub 64-bitowych Intel, z ograniczoną obsługą MacOSX/PPC.
Linki zewnętrzne
- Oficjalna strona internetowa
- Fidżi na GitHubie
- ImageJ2 , wersja ImageJ , na której zbudowano Fidżi