grid.org
grid.org to witryna internetowa i społeczność internetowa założona w 2001 roku dla użytkowników oprogramowania do przetwarzania klastrowego i przetwarzania sieciowego . Przez sześć lat prowadził kilka różnych projektów komputerowych wolontariuszy , które pozwoliły członkom przekazać swoje zapasowe cykle komputerowe na wartościowe cele. W 2007 roku stała się społecznością otwartego oprogramowania klastrowego i gridowego. Po około 2010 roku przekierowywał na inne strony.
Ochotnicze projekty komputerowe
Od momentu powstania w kwietniu 2001 r. do 27 kwietnia 2007 r. grid.org była stroną internetową i organizacją, która prowadziła projekty przetwarzania rozproszonego , takie jak United Devices Cancer Research Project, kierowany przez dr Jikku Venkat i był filantropijnie sponsorowany przez United Devices ( UD) i członkowie brali udział w obliczeniach ochotniczych , uruchamiając oprogramowanie UD Agent (wersja 3.0).
| Kalendarium projektów hostowanych przez grid.org |
|---|
|
Projekt badań nad rakiem
Projekt United Devices Cancer Research Project, który rozpoczął się w 2001 roku, poszukiwał możliwych leków do leczenia raka przy użyciu obliczeń rozproszonych . Było około 150 000 użytkowników w Stanach Zjednoczonych i 170 000 w Europie, a także setki tysięcy w innych częściach świata.
Projekt był sojuszem kilku firm i organizacji:
- United Devices Inc.
- Narodowa Fundacja Badań nad Rakiem
- Wydział Chemii Uniwersytetu Oksfordzkiego
- Darczyńcy badań molekularnych
Firma United Devices wypuściła wygaszacz ekranu badań nad rakiem na zasadzie wykorzystania wolnej mocy obliczeniowej. Program, który można ustawić na ciągłe działanie, wykorzystywał „wirtualne przeszukiwanie” w celu znalezienia możliwych interakcji między cząsteczkami a docelowymi białkami, tj. lekiem. Te cząsteczki ( ligandy ) są wysyłane do agenta UD komputera hosta. Kiedy te cząsteczki pomyślnie łączą się z docelowym białkiem, ta interakcja jest oceniana do dalszych badań.
Badanie składało się z dwóch faz:
- Faza 1 przetestowała ponad 3 miliardy cząsteczek podobnych do leków przeciwko 12 białkom, o których wiadomo, że są odpowiednimi celami dla leków przeciwnowotworowych. Wykorzystano oprogramowanie „THINK” do symulacji interakcji molekularnych.
- Faza 2, wykorzystująca oprogramowanie „LigandFit” opracowane przez Accelrys do modelowania interakcji, miała na celu udoskonalenie danych z fazy 1 w celu stworzenia łatwiejszej w zarządzaniu listy kandydatów na leki do testów, które wymagałyby współpracowników eksperymentalnych, w tym niektórych z przemysłu.
Projekt składania ludzkiego proteomu, faza 1
Sponsorowany przez IBM Human Proteome Folding Project („HPF”), faza 1, został ogłoszony 16 listopada 2004 r. I został ukończony 3 lipca 2006 r. Projekt działał jednocześnie na grid.org i World Community Grid IBM .
Wykorzystano oprogramowanie „Rosetta” do przewidywania struktury ludzkich białek, aby pomóc w przewidywaniu funkcji białek. Informacje te mogą kiedyś zostać wykorzystane do leczenia różnych chorób i defektów genetycznych.
Zgodnie z ogłoszeniem na forach grid.org, po zakończeniu projektu HPF1 pozostawiono go do dalszego działania na grid.org do 9 sierpnia 2006. W tym czasie członkowie, których komputery zostały skonfigurowane do obsługi tego projektu, otrzymali nową pracę i zużył zasoby obliczeniowe na obliczenie wyniku, ale wynik został zwrócony do grid.org tylko w celu uzyskania punktów - nie został wykorzystany do badań naukowych.
Stan projektu składania ludzkiego proteomu wywołał dyskusję na forach grid.org. Większość członków chciała, aby cała dostępna moc obliczeniowa była skierowana na wciąż aktywny projekt dotyczący raka, ale przedstawiciel UD Robby Brewer zapewnił, że „niektórzy [użytkownicy] lubią wygaszacz ekranu”. Jak wspomniano powyżej, w końcu zbędna praca HPF1 na grid.org została wstrzymana.
Projekt ospy
Smallpox Research Grid była częścią inicjatywy United Devices „Patriot Grid” mającej na celu walkę z terroryzmem biologicznym. Projekt ten pomógł przeanalizować potencjalnych kandydatów na leki do terapii medycznej w walce z wirusem ospy. Wykorzystano oprogramowanie „LigandFit” (które było już używane w fazie 2 projektu Cancer Research), ale ze specjalistycznym zestawem cząsteczek docelowych, które były ukierunkowane na wirusa ospy .
Partnerami projektu byli University of Oxford , University of Western Ontario , Memorial Sloan-Kettering Cancer Center , Essex University , Evotec OAI, Accelrys i IBM .
World Community Grid powstał w dużej mierze dzięki sukcesowi tego projektu. [ potrzebne źródło ]
Projekt Anthrax
Projekt badawczy Anthrax był częścią inicjatywy United Devices „Patriot Grid” mającej na celu walkę z terroryzmem biologicznym. Wykorzystano oprogramowanie „LigandFit” (które było już używane w fazie 2 projektu Cancer Research), ale ze specjalistycznym zestawem cząsteczek docelowych, które były ukierunkowane na zaawansowane stadia infekcji bakteryjnej wąglika .
Projekt był realizowany od 22 stycznia 2002 do 14 lutego 2002 i zakończył się po zakończeniu badań przesiewowych łącznie 3,57 miliarda cząsteczek. Wyniki projektu badawczego zostały przekazane biologom w celu dokończenia weryfikacji symulacji obliczeniowych.
Partnerami projektu był Oxford University .
Projekt HMMER
W projekcie HMMER Genetic Research wykorzystano model ukrytego Markowa do poszukiwania wzorców w genetycznych sekwencjach DNA.
Projekt ładowania sieciowego
Projekt Web Performance Testing był traktowany jako okazja komercyjna z wybranymi dostawcami usług hostingowych , aby pomóc im przetestować skalowalność ich infrastruktury serwerowej w okresach wysokiego zapotrzebowania.
Społeczność sieci open source
Univa przestawiła grid.org jako społeczność, aby umożliwić użytkownikom interakcję i omawianie tematów związanych z klastrem open source i gridem. Umożliwiło to użytkownikom pobieranie, uzyskiwanie wsparcia, współtworzenie i zgłaszanie problemów dotyczących produktów Open Source Globus Toolkit oferowanych przez Univa. W 2008 roku zgłoszono ponad 100 000 unikalnych odwiedzających. Około połowy 2010 roku przekierowywał na Unicluster.org (produkt Univa), a do 2012 roku przekierowywał na główną stronę Univy.