INAWA
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| INAVA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , chromosom 1 otwarta ramka odczytu 106, C1orf106, aktywator odporności wrodzonej | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INAVA , czasami określane jako hipotetyczne białko LOC55765 , jest białkiem o nieznanej funkcji, które u ludzi jest kodowane przez gen INAVA . Mniej powszechne aliasy genów to FLJ10901 i MGC125608.
Gen
Lokalizacja
U ludzi INAVA znajduje się na długim ramieniu chromosomu 1 w locus 1q32.1. Rozciąga się od 200 891 499 do 200 915 736 (24,238 kb) na nici dodatniej.
Okolice gen
INAVA jest oflankowana przez sprzężony z białkiem G receptor 25 (w górę) i podobny do ciepła członek rodziny powtórzeń maestro 3 (MROH3P), przewidywany pseudogen w dół. Rybosomalne białko L34 pseudogen 6 (RPL34P6) znajduje się dalej w górę, a członek rodziny kinezyny 21B jest dalej w dół.
Promotor
Istnieje siedem przewidywanych promotorów INAVA, a dowody eksperymentalne sugerują, że izoformy 1 i 2, najpowszechniejsze izoformy, są transkrybowane przy użyciu różnych promotorów. MatInspector, narzędzie dostępne za pośrednictwem Genomatix, zostało użyte do przewidywania czynnika transkrypcyjnego w potencjalnych regionach promotorowych. Czynniki transkrypcyjne, które mają być ukierunkowane na przewidywany promotor izoformy 1, ulegają ekspresji w szeregu tkanek. Najczęstszymi tkankami ekspresji są układ moczowo-płciowy, układ nerwowy i szpik kostny. Zbiega się to z danymi dotyczącymi ekspresji białka INAVA, które ulega silnej ekspresji w nerkach i szpiku kostnym. Diagram przewidywanego regionu promotora, z podświetlonymi miejscami wiązania czynnika transkrypcyjnego, pokazano po prawej stronie. Przewiduje się, że czynniki wiążące się z regionem promotora izoformy 2 różnią się, a dwanaście z dwudziestu przewidywanych czynników ulega ekspresji w komórkach krwi i/lub tkankach układu sercowo-naczyniowego.
Wyrażenie
C1orf106 ulega ekspresji w wielu różnych tkankach. Poniżej przedstawiono dane dotyczące ekspresji z profili GEO. Miejsca o największej ekspresji wymieniono w tabeli. Ekspresja jest umiarkowana w łożysku, prostacie, jądrach, płucach, gruczołach ślinowych i komórkach dendrytycznych. Jest niski w mózgu, większości komórek odpornościowych, nadnerczach, macicy, sercu i adipocytach. Dane dotyczące ekspresji, pochodzące z różnych eksperymentów, znalezione na profilach GEO sugerują, że ekspresja INAVA jest regulowana w górę w kilku nowotworach, w tym: płuc, jajnika, jelita grubego i piersi.
| Tkanka | Ranking procentowy |
|---|---|
| Limfocyty B | 90 |
| Tchawica | 89 |
| Skóra | 88 |
| Ludzkie komórki nabłonka oskrzeli | 88 |
| Gruczolakorak jelita grubego | 87 |
| Nerka | 87 |
| Język | 85 |
| Trzustka | 84 |
| Załącznik | 82 |
| Szpik kostny | 80 |
mRNA
izoformy
Z genu INAVA wytwarzanych jest dziewięć domniemanych izoform, z których siedem prawdopodobnie koduje białka. Izoformy 1 i 2, pokazane poniżej, są najczęstszymi izoformami.
Izoforma 1, która jest najdłuższa, jest akceptowana jako izoforma kanoniczna. Zawiera dziesięć eksonów, które kodują białko o długości 677 aminokwasów, w zależności od źródła. Niektóre źródła podają, że białko ma tylko 663 aminokwasy ze względu na użycie kodonu start, który ma czterdzieści dwa nukleotydy w dół. Według NCBI tę izoformę przewidziano jedynie obliczeniowo. Może to być spowodowane sekwencją Kozaka otaczający kodon start w dół jest bardziej podobny do konsensusowej sekwencji Kozaka, jak pokazano w tabeli poniżej. Do uzyskania sekwencji przewidywanej izoformy użyto Softberry. Izoforma 2 jest krótsza z powodu skróconego N-końca. Obie izoformy mają alternatywne miejsce poliadenylacji.
regulacja miRNA
miRNA-24 został zidentyfikowany jako mikroRNA , który może potencjalnie celować w mRNA INAVA. Pokazano miejsce wiązania, które znajduje się w nieulegającym translacji regionie 5' .
Białko
Właściwości ogólne
Izoforma 1, przedstawiona na diagramie poniżej, zawiera domenę DUF3338, dwa regiony o niskiej złożoności i region bogaty w prolinę. Białko jest bogate w argininę i prolinę i ma niższą niż przeciętna ilość asparaginy i aminokwasów hydrofobowych, w szczególności fenyloalaniny i izoleucyny. Punkt izoelektryczny wynosi 9,58, a masa cząsteczkowa niezmodyfikowanego białka wynosi 72,9 kdal. Nie przewiduje się, aby białko miało N-końcowy peptyd sygnałowy, ale przewiduje się sygnały lokalizacji jądrowej (NLS) i bogaty w leucynę sygnał eksportu jądrowego .
modyfikacje
Przewiduje się, że INAVA będzie silnie fosforylowana. Miejsca fosforylacji przewidywane przez PROSITE przedstawiono w poniższej tabeli. Prognozy NETPhos przedstawiono na diagramie. Każda linia wskazuje przewidywane miejsce fosforylacji i łączy się z literą, która reprezentuje serynę (S), treoninę (T) lub tyrozynę (Y).
Struktura
Przewiduje się, że cewki spiralne będą rozciągać się od pozostałości 130-160 i 200-260. Przewidywano, że skład drugorzędny to około 60% przypadkowych zwojów, 30% helis alfa i 10% arkuszy beta.
Interakcje
Białka, z którymi oddziałuje białko INAVA, nie są dobrze scharakteryzowane. Dowody eksploracji tekstu sugerują, że INAVA może wchodzić w interakcje z następującymi białkami: DNAJC5G, SLC7A13, PIEZO2, MUC19. Dowody eksperymentalne z dwóch hybrydowych badań przesiewowych drożdży sugerują, że białko INAVA oddziałuje z białkiem 14-3-3 sigma, które jest białkiem adaptorowym.
Homologia
INAVA jest dobrze konserwowana u kręgowców, jak pokazano w poniższej tabeli. Sekwencje uzyskano z BLAST i BLAT .
| Sekwencja | Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | przystąpienie NCBI | Długość (aa) | Tożsamość sekwencji | Czas od rozbieżności (Mya) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| * | C1orf106 | Homo sapiens | Człowiek | NP_060735.3 | 667 | 100% | NA |
| * | C1orf106 | Macaca fascicularis | Makak żywiący się krabami | XP_005540414.1 | 703 | 97% | 29.0 |
| * | LOC289399 | Rattus norvegicus | Norweski szczur | NP_001178750.1 | 667 | 86% | 92,3 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Odobenus rosmarus divergens | Mors | XP_004392787.1 | 672 | 85% | 94,2 |
| * | C1orf106-podobny | Loxodonta africana | Słoń | XP_003410255.1 | 663 | 84% | 98,7 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Dasypus novemcinctus | Dziewięciopasmowy pancernik | XP_004478752.1 | 676 | 81% | 104,2 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Ochotona princeps | pika amerykańska | XP_004578841.1 | 681 | 78% | 92,3 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Monodelphis domestica | Szary opos krótkoogoniasty | XP_001367913.2 | 578 | 76% | 162,2 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Chrysemys picta bellii | Malowany żółw | XP_005313167.1 | 602 | 56% | 296,0 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Geospiza fortis | Średnio mielona zięba | XP_005426868.1 | 542 | 50% | 296,0 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Aligator mississippiensis | Aligator | XP_006278041.1 | 547 | 49% | 296,0 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Ficedula albicollis | Muchołówka z kołnierzem | XP_005059352.1 | 542 | 49% | 296,0 |
| Przewidywany homolog C1orf106 | Latimeria chalumnae | Coelacanth z Zachodniego Oceanu Indyjskiego | XP_005988436.1 | 613 | 46% | 414,9 | |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Lepisosteus oculatus | Cętkowany gar | XP_006628420.1 | 637 | 44% | 400.1 |
| * | Domena FERM zawierająca 4A | Xenopus (Silurana) tropicalis | Zachodnia żaba szponiasta | XP_002935289.2 | 695 | 43% | 371,2 |
| * | Przewidywany homolog C1orf106 | Oreochromis niloticus | Tilapia nilowa | XP_005478188.1 | 576 | 40% | 400.1 |
| Przewidywany homolog C1orf106 | Haplochromis burtoni | Astatotilapia burtoni | XP_005914919.1 | 576 | 40% | 400.1 | |
| Przewidywany homolog C1orf106 | Pundamilia nyererei | Haplochromis nyererei | XP_005732720.1 | 577 | 40% | 400.1 | |
| * | LOC563192 | Danio Rerio | Danio pręgowany | NP_001073474.1 | 612 | 37% | 400.1 |
| LOC101161145 | Oryzias latipes | Japońska ryba ryżowa | XP_004069287.1 | 612 | 33% | 400.1 |
Wykres identyczności sekwencji w funkcji czasu od rozbieżności dla wpisów oznaczonych gwiazdką pokazano poniżej. Kolory odpowiadają stopniowi pokrewieństwa (zielony = blisko spokrewniony, fioletowy = daleko spokrewniony).
Paralogi
Białka uważane za paralogi INAVA nie są spójne między bazami danych. Dokonano dopasowania wielu sekwencji (MSA) potencjalnie paralogicznych białek, aby określić prawdopodobieństwo prawdziwie paralogicznego związku. Sekwencje uzyskano z przeszukiwania BLAST u ludzi z białkiem C1orf106. MSA sugeruje, że białka mają wspólną domenę homologiczną, DUF3338, która występuje u eukariontów. Część dopasowania wielu sekwencji jest pokazana poniżej. Poza domeną DUF (zaznaczoną na zielono) ochrona była niewielka. Domena DUF3338 nie ma żadnych nadzwyczajnych właściwości fizycznych, jednak godnym uwagi odkryciem jest to, że przewiduje się, że każde z białek w MSA będzie miało dwa sygnały lokalizacji jądrowej. Przewiduje się, że wszystkie białka w MSA będą lokalizować się w jądrze. Porównanie właściwości fizycznych białek przeprowadzono również przy użyciu SAPS i przedstawiono w tabeli.
Znaczenie kliniczne
W regionie genu INAVA zidentyfikowano łącznie 556 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), z których 96 jest związanych ze źródłem klinicznym. Rivas i in. zidentyfikowali cztery SNP, pokazane w poniższej tabeli, które mogą być związane z chorobą zapalną jelit i chorobą Leśniowskiego-Crohna . Według GeneCards, inne powiązania chorobowe mogą obejmować stwardnienie rozsiane i wrzodziejące zapalenie jelita grubego .
| Pozostałość | Zmiana | Notatki |
|---|---|---|
| 333 (rs41313912) | Tyrozyna ⇒ fenyloalanina | Fosforylowana, umiarkowana konserwacja |
| 376 | Arginina ⇒ cysteina | Umiarkowana konserwacja |
| 397 | Arginina ⇒ treonina | Nie konserwowane |
| 554 (RS61745433) | Arginina ⇒ cysteina | Umiarkowana konserwacja |
Organizmy modelowe
W badaniu funkcji INAVA wykorzystano organizmy modelowe . Linia myszy z warunkowym nokautem o nazwie 5730559C18Rik tm2a (EUCOMM) Wtsi została wygenerowana w Wellcome Trust Sanger Institute . Samce i samice zwierząt poddano standaryzowanemu badaniu fenotypowemu w celu określenia skutków delecji. Wykonano dodatkowe badania przesiewowe: - Pogłębione fenotypowanie immunologiczne - Pogłębione fenotypowanie kości i chrząstki
| Charakterystyka | Fenotyp |
|---|---|
| Wszystkie dane dostępne pod adresem. | |
| Leukocyty krwi obwodowej 6 tygodni | Normalna |
| Insulina | Normalna |
| Hematologia 6 tygodni | Normalna |
| Homozygotyczna żywotność w P14 | Normalna |
| Homozygotyczna płodność | Normalna |
| Masy ciała | Normalna |
| Ocena neurologiczna | Normalna |
| Siła uścisku | Normalna |
| Dysmorfologia | Normalna |
| Kalorymetria pośrednia | Normalna |
| Test tolerancji glukozy | Normalna |
| Słuchowa reakcja pnia mózgu | Normalna |
| DEXA | Normalna |
| Radiografia | Normalna |
| Morfologia oka | Normalna |
| Chemia kliniczna | Normalna |
| Hematologia 16 tygodni | Normalna |
| Leukocyty krwi obwodowej 16 tygodni | Normalna |
| Waga serca | Normalna |
| Zakażenie Salmonellą | Normalna |
| Funkcja cytotoksycznych limfocytów T | Normalna |
| Immunofenotypowanie śledziony | Normalna |
| Immunofenotypowanie węzłów chłonnych krezki | Normalna |
| Immunofenotypowanie szpiku kostnego | Normalna |
| Skład immunologiczny naskórka | Normalna |
| Wyzwanie związane z grypą | Normalna |
Linki zewnętrzne
- Lokalizacja ludzkiego genomu C1orf106 i strona szczegółów genu C1orf106 w przeglądarce genomu UCSC .