Johna Quackenbusha

Dla polityka, patrz John A. Quackenbush .

Johna Quackenbusha
Urodzić się	Kingston, Pensylwania , Stany Zjednoczone
Alma Mater	California Institute of Technology ( BS ) University of California, Los Angeles ( doktorat )
Znany z	bioinformatyka , biologia obliczeniowa , analiza mikromacierzy , genomika , genomika funkcjonalna
Kariera naukowa
Instytucje	Uniwersytet Harvarda Dana – Farber Cancer Institute Instytut Biologii Molekularnej ( University of Queensland )
Praca dyplomowa	Teoria pola cechowania w dwóch wymiarach czasoprzestrzennych: Anomalie i zastosowania do modeli strun (1990)
Doradca doktorski	Terry'ego Tomboulisa
Strona internetowa	www .dfhcc .harvard .edu /insider /member-detail /member /john-quackenbush-phd /

John Quackenbush to amerykański biolog obliczeniowy i naukowiec zajmujący się genomem . Jest profesorem biostatystyki i biologii obliczeniowej oraz profesorem biologii raka w Dana-Farber Cancer Institute (DFCI) , a także dyrektorem jego Centrum Biologii Obliczeniowej Raka (CCCB) . Quackenbush jest również profesorem biologii obliczeniowej i bioinformatyki na Wydziale Biostatystyki Uniwersytetu im. Harwardzka Szkoła Zdrowia Publicznego .

Edukacja i wczesne życie

Pochodzący z Mountain Top w Pensylwanii Quackenbush uczęszczał do szkoły średniej Bishop Hoban w Wilkes Barre , którą ukończył w 1979 roku, po czym uczęszczał do California Institute of Technology , gdzie uzyskał tytuł licencjata z fizyki. W 1990 roku uzyskał doktorat z fizyki teoretycznej na Uniwersytecie Kalifornijskim w Los Angeles .

Kariera i badania

Po dwóch latach pracy jako doktor habilitowany w fizyce, Quackenbush otrzymał nagrodę Special Emphasis Research Career Award od Narodowego Centrum Badań nad Genomem Człowieka (poprzednik Narodowego Instytutu Badań nad Genomem Człowieka ), a następnie spędził następne dwa lata w Salk Instytut pracuje nad fizycznymi mapami ludzkiego chromosomu 11 , a następnie przez kolejne dwa lata na Uniwersytecie Stanforda rozwija nowe strategie laboratoryjne i obliczeniowe do sekwencjonowania ludzkiego genomu .

W 1997 Quackenbush dołączył do wydziału The Institute for Genomic Research (TIGR) w Rockville w stanie Maryland , gdzie zaczął skupiać się na zastosowaniach postgenomicznych, z naciskiem na analizę mikromacierzy . Wykorzystując kombinację podejścia laboratoryjnego i obliczeniowego, Quackenbush i jego grupa opracowali metody analityczne oparte na integracji danych z różnych dziedzin w celu uzyskania biologicznego znaczenia z danych wielowymiarowych.

W 2005 Quackenbush został powołany na swoje obecne stanowiska w Dana-Farber Cancer Institute i Harvard School of Public Health . Cztery lata później uruchomił Centrum DFCI ds. Biologii Obliczeniowej Raka, którym kieruje i które zapewnia szeroko zakrojone wsparcie w zakresie bioinformatyki i biologii obliczeniowej dla społeczności naukowej poprzez model konsultacji opartej na współpracy, a także wykonuje i analizuje wielkoskalowe badania drugiej generacji sekwencjonowanie DNA .

Obecne badania Quackenbusha koncentrują się na analizie ludzkiego raka przy użyciu podejścia opartego na biologii systemowej w celu zrozumienia i modelowania sieci biologicznych leżących u podstaw choroby. To doprowadziło go i jego współpracowników do fundamentalnych odkryć dotyczących roli, jaką zmienność ekspresji genów odgrywa w definiowaniu fenotypów biologicznych.

W 2010 roku Quackenbush i jego współpracownicy z CCCB wraz z badaczami z National Jewish Health 's Center for Genes, Environment and Health, Dorothy P. University of Pittsburgh i Richard P. Simmons Center for Interstitial Lung Disease, Boston University 's Sekcja Biomedycyny Obliczeniowej i Pulmonary Center oraz Genomics Core Facility Uniwersytetu Kolorado w Denver otrzymały grant w wysokości 11 milionów dolarów na mocy amerykańskiej ustawy o odbudowie i reinwestowaniu z 2009 r. w celu uruchomienia Konsorcjum Badań Genomiki Lung. Ten projekt, finansowany przez National Heart Lung and Blood Institute (NHLBI), doda dane genetyczne, genomiczne i epigenetyczne do zbioru klinicznych próbek biologicznych opracowanych przez Konsorcjum NHLBI ds. Badań Tkanek Płuc. Konsorcjum zamierza wykorzystać technologie genomiczne i zaawansowane narzędzia do analizy danych na dostępnych próbkach tkanki płucnej pacjentów, aby uzyskać nowy wgląd w choroby płuc , a tym samym opracować skuteczniejsze, spersonalizowane metody leczenia.

W 2011 Quackenbush opublikował The Human Genome: Book of Essential Knowledge (Imagine Publishing, USA), który przedstawia historię, naukę i implikacje Human Genome Project . Otrzymał również stypendium w wysokości czterech milionów dolarów przyznane przez australijską Narodową Radę ds. Zdrowia i Badań Medycznych na badanie opornych na chemioterapię raków jajnika we współpracy z kolegami z Instytutu Biologii Molekularnej Uniwersytetu Queensland.

Quackenbush obecnie zasiada w radach redakcyjnych pięciu głównych czasopism i jest redaktorem naczelnym Genomics . Pracował w kilku komisjach w Akademiach Narodowych i Instytucie Medycyny , w tym w Komitecie ds. Walidacji Technologii Toksykogenomicznych: A Focus on Chemical Classification Strategies,

Panel ds. Gromadzenia, Przechowywania, Dostępu i Ochrony Próbek Biologicznych i Badań Nauk Społecznych dotyczących Danych Biologicznych oraz Komitet ds. Przeglądu Testów Omicznych w celu przewidywania wyników pacjentów w badaniach klinicznych. Obecnie jest członkiem naukowych rad doradczych w St. Jude Children's Research Hospital , Lovelace Respiratory Research Institute , The Hope Funds for Cancer Research oraz National Institute for Health Projekt mapy drogowej Epigenomics. Quackenbush jest także członkiem naukowych rad doradczych wielu firm biotechnologicznych i zajmujących się medycyną precyzyjną, w tym Caris Life Sciences, SynapDx, Perthera i NABsys.

W 2011 roku Quackenbush wraz ze swoim partnerem Mickiem Correllem założył Genospace, firmę zajmującą się oprogramowaniem skupiającą się na opracowywaniu narzędzi umożliwiających precyzyjną medycynę genomową. Od 2014 roku Quackenbush był dyrektorem generalnym Genospace. Latem 2013 roku Quackenbush został uhonorowany tytułem mistrza zmian w otwartej nauce Białego Domu.

W styczniu 2017 roku firma Genospace została przejęta przez Hospital Corporation of America (HCA) i połączona z instytutem raka Sarah Cannon należącym do HCA jako spółka zależna będąca w całości jej własnością.

Publikacje

Książki

• Autor, The Human Genome: Book of Essential Knowledge (Imagine Publishing, USA, 2011)
• Współautor, Bioinformatyka: Praktyczny przewodnik po analizie genów i białek (Wiley Interscience, 2004)
• Współautor, Microarray Gene Expression Data Analysis: A Beginner's Guide (Wiley-Blackwell, 2003)