Kimmen Sjölander

Kimmen Sjölander
Alma Mater	Uniwersytet Kalifornijski
Znany z	Analiza syntezy białek
Kariera naukowa
Instytucje	Uniwersytet Kalifornijski w Berkeley

Kimmen Sjölander (z domu Warnow) jest emerytowanym profesorem na Uniwersytecie Kalifornijskim w Berkeley na Wydziale Bioinżynierii. Jest dobrze znana ze swojej pracy nad analizą sekwencji białek .

Biografia

Sjölander ukończyła zarówno studia licencjackie, jak i magisterskie na Wydziale Informatyki Uniwersytetu Kalifornijskiego w Santa Cruz , uzyskując tytuł licencjata w 1993 r. I doktorat w 1997 r. Pod kierunkiem Davida Hausslera . Była głównym naukowcem w Molecular Applications Group w latach 1997-1999 (firma współzałożona przez Michaela Levitta ), a następnie głównym naukowcem w Protein Informatics w Celera Genomics w latach 1999-2001, gdzie była członkiem zespołu (wraz z J. Craiga Ventera i Gene'a Myersa ), który zebrał i opisał ludzki genom. Dołączyła do wydziału Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley na Wydziale Bioinżynierii w 2001 roku jako adiunkt. Była zatrudniona w 2006 r., a tytuł profesora zwyczajnego uzyskała w 2012 r.

Nagrody

Sjölander otrzymał nagrodę NSF CAREER Award oraz Presidential Early Career Award dla naukowców i inżynierów w 2003 roku.

Badania

Sjölander jest najbardziej znana ze swojej pracy nad filogenetycznymi metodami analizy sekwencji białek, w tym metodami uczenia maszynowego do przewidywania miejsc funkcjonalnych i identyfikacji ortologów oraz metodami ukrytego modelu Markowa (HMM) do przewidywania struktury białek, funkcjonalnej klasyfikacji podrodzin i ortologów, zdalnego wykrywania homologii , dopasowanie wielu sekwencji i oszacowanie drzewa filogenetycznego. Jej algorytmy zostały wykorzystane w funkcjonalnej adnotacji ludzkiego genomu w Celera Genomics , w bioinformatycznych bazach danych i portalach PhyloFacts oraz wniosły wkład do bazy danych ModBase .

Osobisty

Siostra bliźniaczka Sjölandera, Tandy Warnow, jest profesorem informatyki na University of Illinois Urbana-Champaign .

Wybrane publikacje

•   Venter, J Craig ; i in. (2001), „Sekwencja ludzkiego genomu”, Science , 291 (5507): 1304–1351, Bibcode : 2001Sci...291.1304V , doi : 10.1126/science.1058040 , PMID 11181995 .

• Krogh, Anders ; Brązowy, Michael; Mian, Saira; Sjölander, Kimmen; Haussler, David (1994), „Ukryte modele Markowa w biologii obliczeniowej: zastosowania do modelowania białek”, Journal of Molecular Biology , 235   (5): 1501–1531, doi : 10.1006/jmbi.1994.1104 , PMID 8107089 .

•   Sjolander, Kimmen; Karplus, Kevin ; Brązowy, Michael; Hughey, Richard; Krogh, Anders ; Mian, Saira; Haussler, David (1996), „Mieszaniny Dirichleta: metoda ulepszonego wykrywania słabej, ale znaczącej homologii sekwencji białek” , Bioinformatics , 12 (4): 327–345, doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.327 , PMID 8902360 .