Lista rodzajów białek

Zobacz też: Lista białek

Lista białek zawiera duże ilości informacji dotyczących genów i białek . Projekty sekwencjonowania genów i genomów doprowadziły do ​​powstania wielu baz danych genów i prób uporządkowania wszystkich dostępnych informacji. Klasyfikacje mogą opierać się na strukturze białek , tak jak w bazie danych CATH i bazie danych Structural Classification of Proteins (SCOP). Lista jest oparta na kategoriach biologicznych opisanych na liście GO Slims dla „analizy GOA i całego proteomu”. W razie potrzeby wprowadzane są modyfikacje, ale dokłada się starań, aby liczba tych kategorii „najwyższego poziomu” była ograniczona.

Oryginalna wersja GOA i analiza całego proteomu zawiera wiele sugerowanych „synonimów” i podkategorii dla następujących kategorii.

Proces biologiczny nieznany

„Używany do adnotacji produktów genów, których proces nie jest znany lub nie można go wywnioskować”.

Białka o nieznanej funkcji biologicznej można podzielić na kategorie według kryteriów strukturalnych białek (odrębne domeny strukturalne), organizmu źródłowego lub lokalizacji subkomórkowej.

Kategorie strukturalne

Białka o nieznanych funkcjach można czasami podzielić na kategorie według ich cech strukturalnych, jeśli zawierają rozpoznawalną domenę białkową.

• Zobacz Domeny białkowe .

Kategorie organizmów

Jeśli jedyną rzeczą znaną na temat białka jest organizm, który je wytwarza, to może cieszyć się (w ostateczności) kategoryzacją według organizmu.

• Główna przeglądarka taksonomii NCBI
• System taksonomii WikiSpecies

Składnik komórkowy

„Część komórki, której składnikiem jest produkt genu; dla celów GO obejmuje środowisko pozakomórkowe komórek; produkt genu może być składnikiem jednej lub więcej części komórki; termin ten obejmuje produkty genów, które są częściami kompleksów makrocząsteczkowych, zgodnie z definicją, że wszyscy członkowie kompleksu normalnie współoczyszczają się we wszystkich oprócz ekstremalnych warunków”.

Niezlokalizowany kompleks białkowy

„Używany jako miejsce przechowywania składników komórkowych, których dokładna lokalizacja jest jak dotąd nieznana lub nie została określona przez GO (to ostatnie jest głównym powodem, dla którego węzły mają tego rodzica); termin ten nie powinien być używany do adnotacji produkty genów”. Zobacz także termin dotyczący składnika komórkowego „nieznany składnik komórkowy” (poniżej).

Składnik komórkowy nieznany

„Używany do adnotacji produktów genów, których lokalizacja nie jest znana lub nie można jej wywnioskować”. Rozważ umieszczenie takich białek w kategoriach strukturalnych lub kategoriach organizmów

Komórka

„Podstawowa jednostka strukturalna i funkcjonalna wszystkich organizmów. Obejmuje błonę plazmatyczną i wszelkie zewnętrzne struktury otaczające, takie jak ściana komórkowa i otoczka komórkowa”.

Powierzchnia komórki

„Zewnętrzna część ściany komórkowej i/lub błony komórkowej ”. komentarz: Należy zauważyć, że termin ten ma na celu opisanie produktów genów, które są przyłączone do błony plazmatycznej lub ściany komórkowej.

Dwa rodzaje białek błonowych to „ integralne ” (takie jak kanały jonowe ) i „ obwodowe ”

Wewnątrzkomórkowy

dokładny_synonim: " protoplazma " "Żyjąca zawartość komórki; materia zawarta w błonie plazmatycznej (ale nie obejmująca), zwykle stosowana w celu wykluczenia dużych wakuoli i mas wydzielniczych lub połkniętych. U eukariontów obejmuje jądro i cytoplazmę." Zobacz kategorię Organelle w Wikipedii.

Cytoplazma

„Cała zawartość komórki z wyłączeniem błony plazmatycznej i jądra”.

Jądro

„Otoczone błoną organelle komórek eukariotycznych, w których przechowywane są i replikowane chromosomy. W większości komórek jądro zawiera wszystkie chromosomy komórkowe z wyjątkiem chromosomów organelarnych i jest miejscem syntezy i przetwarzania RNA. U niektórych gatunków lub u wyspecjalizowane typy komórek, metabolizm RNA lub replikacja DNA mogą być nieobecne”.

Membrana

dokładny synonim: „organelle błonowe” „Podwójna warstwa cząsteczek lipidów, która otacza wszystkie komórki, a u eukariontów wiele organelli; może to być pojedyncza lub podwójna dwuwarstwa lipidowa; obejmuje również powiązane białka”. Zobacz kategorię Biologia membranowa w Wikipedii. Zobacz kategorię Białka błonowe w Wikipedii. Zobacz kategorię integralnych białek błonowych w Wikipedii.

Chromosom

„Struktura złożona z bardzo długiej cząsteczki DNA i powiązanych białek (np. histonów), która przenosi informacje dziedziczne”.

Region pozakomórkowy

dokładny_synonim: „zewnątrzkomórkowy” Należy zauważyć, że termin ten ma na celu opisanie produktów genów, które nie są przyczepione do powierzchni komórki. „Przestrzeń zewnętrzna w stosunku do najbardziej zewnętrznej struktury komórki. W przypadku komórek bez zewnętrznych struktur ochronnych lub zewnętrznych struktur otaczających odnosi się to do przestrzeni poza błoną plazmatyczną. Termin ten obejmuje środowisko komórki gospodarza poza pasożytem wewnątrzkomórkowym”.

Zewnętrzna struktura kapsułkująca

„Struktura leżąca poza błoną plazmatyczną i otaczająca całą komórkę”.

Przestrzeń zewnątrzkomórkowa

„Ta część organizmu wielokomórkowego poza komórkami właściwymi, zwykle uważana za znajdującą się poza błonami plazmatycznymi i zajętą ​​przez płyn”.

Funkcja molekularna

„Aktywności elementarne, takie jak kataliza lub wiązanie, opisujące działania produktu genu na poziomie molekularnym. Dany produkt genu może wykazywać jedną lub więcej funkcji molekularnych”. Uwaga : następne cztery kategorie (poniżej) to ogólne kategorie domyślne. Spróbuj znaleźć bardziej szczegółowe kategorie funkcjonalne (dalej poniżej) dla białek niż te ogólne kategorie.

proces fizjologiczny

„Procesy te są szczególnie związane z funkcjonowaniem zintegrowanych żywych jednostek: komórek, tkanek, narządów i organizmów”…

proces biologiczny

„Zjawisko naznaczone zmianami prowadzącymi do określonego wyniku, w których pośredniczy jeden lub więcej produktów genowych”.

proces komórkowy

„Procesy, które są przeprowadzane na poziomie komórkowym, ale niekoniecznie są ograniczone do pojedynczej komórki. Na przykład komunikacja komórkowa zachodzi między więcej niż jedną komórką, ale zachodzi na poziomie komórkowym”.

komórkowy proces fizjologiczny

„Procesy związane ze zintegrowaną funkcją komórki”.

aktywność katalityczna

related_synonym: " Aktywność enzymatyczna " "Kataliza reakcji biochemicznej w temperaturach fizjologicznych. W reakcjach katalizowanych biologicznie reagenty są znane jako substraty , a katalizatorami są naturalnie występujące substancje wielkocząsteczkowe znane jako enzymy. Enzymy posiadają specyficzne miejsca wiązania dla substratów i są zwykle składa się całkowicie lub w dużej mierze z białka, ale RNA, który ma aktywność katalityczną ( rybozym ), jest często uważany za enzymatyczny”. Uwaga : zobacz kategorię enzymów w Wikipedii .

aktywność aromatazy

perfect_synonym: "syntetaza estrogenowa" "Kataliza reakcji: RH + zredukowana flawoproteina + O2 = R-OH + utleniona flawoproteina + H2O."

• Zobacz kategorię Wikipedii EC 1.14.14 .

aktywność silnika

Kataliza ruchu wzdłuż cząsteczki polimeru, takiej jak mikrofilament lub mikrotubula, połączona z hydrolizą trójfosforanu nukleozydu. Obejmuje również silniki prokariotyczne. Uwaga : białka motoryczne miozyny , kinezyny i dyneiny również należą do kategorii cytoszkieletu . Zobacz artykuł o białkach motorycznych w Wikipedii i kategorię białek motorycznych w Wikipedii.

aktywność helikazy

„Kataliza rozwijania dupleksu DNA lub RNA”.

• dnaB
• recQ

aktywność integrazy

„Kataliza integracji DNA prawdopodobnie poprzez utworzenie przejściowego połączenia DNA-białko”.

aktywność antyoksydacyjna

„Hamowanie reakcji wywoływanych przez tlen tlenowy (O2) lub nadtlenki. Zwykle przeciwutleniacz jest skuteczny, ponieważ sam może łatwiej ulec utlenieniu niż chroniona substancja. Termin ten jest często stosowany w odniesieniu do składników, które mogą wychwytywać wolne rodniki, przerywając w ten sposób łańcuch reakcja, która zwykle prowadzi do rozległych uszkodzeń biologicznych”.

metabolizm

„Procesy, które powodują wiele zmian chemicznych w żywych organizmach, w tym anabolizm i katabolizm. Procesy metaboliczne zazwyczaj przekształcają małe cząsteczki, ale obejmują również procesy makrocząsteczkowe, takie jak naprawa i replikacja DNA oraz synteza i degradacja białek”. Należy zauważyć, że procesy metaboliczne nie obejmują pojedynczych funkcji lub procesów, takich jak interakcje białko-białko, białko-kwasy nukleinowe ani interakcje receptor-ligand.

metabolizm makrocząsteczek

Reakcje chemiczne z udziałem makrocząsteczek (duże cząsteczki, w tym białka, kwasy nukleinowe i węglowodany). Zobacz też: #katabolizm .

Proteoliza

• proteazy
  • : EC 3.4
• Inhibitory proteazy
  • Kategoria inhibitorów proteazy serynowej

metabolizm aminokwasów i pochodnych

„Reakcje chemiczne z udziałem aminokwasów, kwasów organicznych zawierających jeden lub więcej podstawników aminowych oraz związków pochodzących od aminokwasów”.

metabolizm nukleozasad, nukleozydów, nukleotydów i kwasów nukleinowych

„Reakcje chemiczne z udziałem zasad nukleinowych, nukleozydów, nukleotydów i kwasów nukleinowych”.

biosynteza

„Energochłonna część metabolizmu, w której prostsze substancje są przekształcane w bardziej złożone, jak we wzroście i innych procesach biosyntezy”.

katabolizm

dokładny_synonim: "rozpad" dokładny_synonim: "degradacja" "Każdy proces metaboliczny obejmujący rozkład złożonych substancji na mniejsze produkty, w tym rozkład związków węgla z uwolnieniem energii do wykorzystania przez komórkę lub organizm." Uwaga : użyj metabolizmu #makromolekuł (powyżej) dla białek, kwasów nukleinowych i węglowodanów.

aktywność kinazy

„Kataliza przeniesienia grupy fosforanowej, zwykle z ATP, do cząsteczki substratu”.

aktywność oksydoreduktazy

„Kataliza reakcji utleniania-redukcji (redoks); odwracalna reakcja chemiczna, w której zmienia się stopień utlenienia atomu lub atomów w cząsteczce. Jeden substrat działa jako donor wodoru lub elektronów i ulega utlenieniu, podczas gdy drugi działa jako wodoru lub akceptora elektronów i ulega redukcji”.

aktywność transferazy

„Kataliza przenoszenia grupy, np. grupy metylowej, glikozylowej, acylowej, zawierającej fosfor lub innych grup, z jednego związku (ogólnie uważanego za dawcę) do innego związku (ogólnie uważanego za akceptor). Transferaza to systematyczna nazwa dowolnego enzymu klasy WE 2”.

aktywność hydrolazy

„Kataliza hydrolizy różnych wiązań, np. CO, CN, CC, wiązań bezwodnika fosforowego itp. Hydrolaza to systematyczna nazwa dowolnego enzymu klasy EC 3”.

aktywność liazy

„Kataliza rozszczepienia wiązań CC, CO, CN i innych w inny sposób niż przez hydrolizę lub utlenianie lub odwrotnie poprzez dodanie grupy do wiązania podwójnego. Różnią się one od innych enzymów tym, że dwa substraty biorą udział w jednej reakcji, ale tylko jedno w przeciwnym kierunku. Działając na pojedynczy substrat, cząsteczka jest eliminowana, co generuje nowe wiązanie podwójne lub nowy pierścień. (WE:4)

aktywność izomerazy

„Kataliza zmian geometrycznych lub strukturalnych w obrębie jednej cząsteczki. Izomeraza to systematyczna nazwa dowolnego enzymu klasy EC 5”.

aktywność ligazy

„Kataliza ligacji dwóch substancji z jednoczesnym zerwaniem wiązania difosforanowego, zwykle w trifosforanie nukleozydu. Ligaza to systematyczna nazwa dowolnego enzymu klasy EC 6”.

aktywność regulatora enzymów

„Moduluje aktywność enzymu”. dokładny_synonim: „modulator enzymu”

aktywność przetwornika sygnału

namespace: molekularna_funkcja def: "Pośredniczy w przekazywaniu sygnału z zewnątrz do wnętrza komórki w sposób inny niż wprowadzenie samej cząsteczki sygnałowej do komórki."

strukturalna aktywność molekuł

„Działanie cząsteczki, które przyczynia się do strukturalnej integralności kompleksu lub zespołu wewnątrz lub na zewnątrz komórki”.

Cytoszkielet

Cytoszkielet składa się z włókien białkowych w cytoplazmie.

• Kategoria Cytoszkielet w Wikipedii .

macierz pozakomórkowa

„Warstwa składająca się głównie z białek (zwłaszcza kolagenu) i glikozaminoglikanów (głównie w postaci proteoglikanów), która tworzy warstwę leżącą pod komórkami, takimi jak komórki śródbłonka i nabłonka. Białka są wydzielane przez komórki znajdujące się w pobliżu. zwierzęta wielokomórkowe.

wiążący

„Selektywna, często stechiometryczna interakcja cząsteczki z jednym lub większą liczbą określonych miejsc w innej cząsteczce”. W przypadku ligandów, które wiążą się z receptorami przekazującymi sygnał, należy wziąć pod uwagę termin funkcji molekularnej „wiązanie receptora” ( aktywność receptora , poniżej)

Aktywność receptora

„Połączenie z przekaźnikiem zewnątrzkomórkowym lub wewnątrzkomórkowym w celu zainicjowania zmiany w aktywności komórki”.

Wikipedii Receptory .

wiązanie białek

„Wybiórcza interakcja z dowolnym białkiem lub kompleksem białkowym (kompleks dwóch lub więcej białek, który może zawierać inne cząsteczki niebiałkowe).”

wiązanie lipidów

„Oddziaływanie selektywnie i niekowalencyjnie z lipidem”. (GO:0008289)

• Białka przenoszące lipidy

ruchliwość komórek

„Każdy proces związany z kontrolowanym ruchem komórki”. dokładny_synonim: "ruch komórek" dokładny_synonim: "ruch komórek" Uwaga : patrz także #aktywność ruchowa (powyżej) dla innych białek zaangażowanych w ruchliwość komórek.

fuzja membranowa

„Połączenie dwóch dwuwarstw lipidowych w celu utworzenia pojedynczej membrany”.

komunikacja komórkowa

„Każdy proces, który pośredniczy w interakcjach między komórką a jej otoczeniem. Obejmuje interakcje, takie jak sygnalizacja lub przyłączenie między jedną komórką a drugą, między komórką a macierzą pozakomórkową lub między komórką a dowolnym innym aspektem jej środowiska”.

regulacja procesu biologicznego

„Każdy proces, który moduluje częstotliwość, szybkość lub zakres procesu biologicznego. Procesy biologiczne są regulowane na wiele sposobów; przykłady obejmują kontrolę ekspresji genów, modyfikację białka lub interakcję z cząsteczką białka lub substratu”.

rozwój

„Proces biologiczny ukierunkowany na rozwój organizmu w czasie od stanu początkowego (np. zwierzę wielokomórkowe, dorosły osobnik w podeszłym wieku lub dojrzały organizm jednokomórkowy).” („proces rozwojowy”).

różnicowanie komórek

„Proces, w wyniku którego stosunkowo niewyspecjalizowane komórki, np. komórki embrionalne lub regeneracyjne, nabywają wyspecjalizowane cechy strukturalne i/lub funkcjonalne, które charakteryzują komórki, tkanki lub narządy dojrzałego organizmu lub innej stosunkowo stabilnej fazy historii życia organizmu”.

reakcja na bodziec

„Zmiana stanu lub aktywności komórki lub organizmu (pod względem ruchu, wydzielania, produkcji enzymów, ekspresji genów itp.) w wyniku percepcji bodźca”.

zachowanie

„Określone działania lub reakcje organizmu w odpowiedzi na bodźce zewnętrzne lub wewnętrzne. Wzorzysta aktywność całego organizmu w sposób zależny od pewnej kombinacji stanu wewnętrznego tego organizmu i warunków zewnętrznych”.

śmierć komórki

„Specyficzna zmiana procesów w komórce, tak że jej funkcje życiowe wyraźnie ustają, zamiast po prostu stopniowo się pogarszać w czasie, co kończy się śmiercią komórki”.

transport

„Ukierunkowany ruch substancji (takich jak makrocząsteczki, małe cząsteczki, jony) do, z, wewnątrz lub między komórkami”.

aktywność transportera białek

„Umożliwia ukierunkowany ruch białek do, z, w obrębie lub między komórkami”.

Transport jądrowy

• importin , czynnik transportu jądrowego 2 (NTF2) , Ran , eksportin

aktywność transportera jonów

„Umożliwia ukierunkowany ruch naładowanych atomów lub małych naładowanych cząsteczek do, z, wewnątrz lub między komórkami”.

aktywność transportera kanałów lub klas porów

„Pozwala na ułatwioną dyfuzję (w procesie niezależnym od energii) poprzez przejście przez przezbłonowy wodny por lub kanał bez mechanizmu, w którym pośredniczy nośnik. Nie wykazują one stereospecyficzności, ale mogą być specyficzne dla określonego gatunku molekularnego lub klasy cząsteczek”.

działalność przewoźnika

dokładny synonim: „transporter typu nośnika” „Kataliza przenoszenia określonej substancji lub pokrewnej grupy substancji z jednej strony membrany na drugą”.

aktywność permetyczna

„Kataliza stereospecyficznego transferu substratu przez błonę biologiczną”.

wydzielanie

„Regulowane uwalnianie substancji przez komórkę lub grupę komórek”.

aktywność transportera elektronów

„Umożliwia ukierunkowany ruch elektronów do, z, wewnątrz lub między komórkami”.

transport elektronów

„Transport elektronów od donora elektronów do akceptora elektronów”. (transfer elektronów)

patogeneza

„Specyficzne procesy, które generują zdolność jednego organizmu do wywoływania choroby u innego”. Należy zauważyć, że termin ten nie powinien być używany do opisywania produktów genów, które są zaangażowane w odpowiedź gospodarza na patogenezę. Powinien być używany wyłącznie do opisywania tych produktów genów, które są zaangażowane w generowanie patogenezy przez sam patogen (zjadliwość).

aktywność regulatora opiekuńczego

„Moduluje aktywność molekularnego białka opiekuńczego”.

wiązanie kwasu nukleinowego

„Interakcja selektywna z dowolnym kwasem nukleinowym”.

aktywność regulatora transkrypcji

„Odgrywa rolę w regulacji transkrypcji; może wiązać sekwencję DNA promotora lub wzmacniacza lub wchodzić w interakcje z czynnikiem transkrypcyjnym wiążącym DNA ”. Kategoria:Czynniki transkrypcyjne Kategoria:Koregulatory transkrypcji ; koregulatory transkrypcji, takie jak PELP-1 ; Koaktywator (genetyka)

organizacja i biogeneza struktury zewnątrzkomórkowej

„Złożenie i rozmieszczenie struktur w przestrzeni zewnętrznej w stosunku do najbardziej zewnętrznej struktury komórki. W przypadku komórek bez zewnętrznych struktur ochronnych lub zewnętrznych struktur otaczających odnosi się to do przestrzeni poza błoną plazmatyczną, a także obejmuje środowisko komórki gospodarza poza pasożytem wewnątrzkomórkowym. " dokładne_synonim: "organizacja struktury zewnątrzkomórkowej i biogeneza"

działalność regulatora tłumaczeń

„Każda substancja zaangażowana w inicjację, aktywację, uwiecznienie, represję lub zakończenie syntezy polipeptydu na rybosomie”.

Zobacz też

• Indeks artykułów związanych z białkami
• żądane artykuły o rodzinach białek
• Ontologia (informatyka) : wyczerpujący i rygorystyczny schemat pojęciowy dotyczący zbioru informacji, takich jak genomy i proteomy .

Linki zewnętrzne

• rodziny genów