Lista oprogramowania do wizualizacji biologii systemów

Oprogramowanie online

Nazwa Opis Strona
Stół warsztatowy GESTALT graficzne środowisko pracy do analizy wielkoskalowych danych dotyczących sekwencji genomowych [1]
N-Przeglądaj interaktywna przeglądarka graficzna sieci biologicznych [2]
Ścieżka sieciowa wyselekcjonowane źródło ludzkich szlaków transdukcji sygnału [3]
MEGA bezpłatne, online, open-source, analiza filogenetyczna, rysowanie dendrogramów itp. [4]
REAKCJA bezpłatna, internetowa, otwarta, wyselekcjonowana baza danych szlaków obejmująca wiele dziedzin biologii człowieka [5]
WikiPathways kurować szlaki biologiczne [6]
MetaboMAPS wizualizować dane omiczne dotyczące wspólnych szlaków metabolicznych [7]

Aplikacje

Nazwa Opis system operacyjny Licencja Strona
BioTapestry interaktywne narzędzie do budowania, wizualizacji i symulacji genetycznych sieci regulacyjnych wieloplatformowy (oparty na Javie) LGPL [8]
Cytoscape integracja danych, wizualizacja i analiza sieci wieloplatformowy (oparty na Javie) LGPL [9]
GenMAPP wizualizować i analizować dane genomowe w kontekście ścieżek Okna Licencja Apache [10]
MATLAB narzędzie do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów biologicznych Windowsa, Linuksa, macOS Prawnie zastrzeżony [11]
MEGA bezpłatne, online, open-source, analiza filogenetyczna, rysowanie dendrogramów itp. Windows/DOS-Win/Mac/Linux Oprogramowanie współdzielone [12]
PathVisio narzędzie do wyświetlania i edycji ścieżek biologicznych wieloplatformowy (oparty na Javie) Licencja Apache [13]
InCroMAP narzędzie do integracji danych omicznych i wspólnej wizualizacji danych eksperymentalnych w ścieżkach wieloplatformowy (oparty na Javie) LGPL [14]
Widok ścieżki integracja i wizualizacja danych oparta na ścieżce, łatwa w użyciu i zintegrowana z analizą ścieżki wieloplatformowy (R/Bioconductor) GPL [15] [16]
SBMLDDiagramy Python API do wyświetlania i edytowania układu/rozszerzenia renderowania SBML wieloplatformowy MIT [17]
Systrip analiza danych szeregów czasowych w kontekście sieci biologicznych Windowsa , Linuksa LGPL , GPL [18]