WikiPathways
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Zasoby oparte na wiki do gromadzenia, utrzymywania i dystrybucji ścieżek biologicznych |
| Kontakt | |
| Cytowanie podstawowe | PMID 18651794 |
| Dostęp | |
| Format danych |
GPML BioPAX |
| Strona internetowa | http://www.wikipathways.org |
| Pobierz URL | Ścieżki |
| Adres URL usługi internetowej | ODPOCZYNEK |
| Punkt końcowy Sparql | http://sparql.wikipathways.org/sparql |
| Różnorodny | |
| Licencja | Creative Commons 0 |
| Częstotliwość udostępniania danych |
miesięczny |
WikiPathways jest zasobem społecznościowym służącym do tworzenia i utrzymywania treści poświęconych ścieżkom biologicznym . Każdy zarejestrowany użytkownik WikiPathways może wnieść swój wkład i każdy może zostać zarejestrowanym użytkownikiem. Wkłady są monitorowane przez grupę administratorów, ale większość recenzowania , redakcji i konserwacji jest obowiązkiem społeczności użytkowników. WikiPathways jest zbudowana przy użyciu MediaWiki , niestandardowego graficznego narzędzia do edycji ścieżek ( PathVisio ) i zintegrowanych baz danych BridgeDb obejmujących główne geny , białka i metabolitów .
Zawartość ścieżki
Każdy artykuł na WikiPathways jest poświęcony konkretnej ścieżce. Uwzględniono wiele rodzajów szlaków molekularnych, w tym metaboliczne , sygnalizacyjne , regulacyjne itp., a obsługiwane gatunki obejmują człowieka , mysz , danio pręgowanego , muszkę owocową , C. elegans , drożdże , ryż i Arabidopsis , a także bakterie i rośliny gatunek. Korzystając z funkcji wyszukiwania, można zlokalizować określoną ścieżkę na podstawie nazwy, zawartych w niej genów i białek lub tekstu wyświetlanego w jej opisie. Zbiór ścieżek można również przeglądać za pomocą kombinacji nazw gatunków i kategorii opartych na ontologii.
Oprócz schematu ścieżki, każda strona ścieżki zawiera również opis, bibliografię, historię wersji ścieżki oraz listę składowych genów i białek z linkami do zasobów publicznych. W przypadku poszczególnych węzłów ścieżek użytkownicy mogą uzyskać dostęp do listy innych ścieżek z tym węzłem. Zmiany ścieżki można monitorować, wyświetlając poprzednie wersje lub przeglądając różnice między określonymi wersjami. Korzystając z historii ścieżki, można również powrócić do poprzedniej wersji ścieżki. Ścieżki można również oznaczyć terminami ontologicznymi z trzech głównych BioPortal (ścieżka, choroba i typ komórki).
Treść ścieżki na WikiPathways jest swobodnie dostępna do pobrania w kilku formatach danych i obrazów. WikiPathways jest całkowicie otwartym dostępem i open source . Cała zawartość jest dostępna na licencji Creative Commons 0 . Cały kod źródłowy WikiPathways i PathVisio jest dostępny na licencji Apache, wersja 2.0 .
Dostęp i integracja
Oprócz różnych podstawowych formatów danych (np. GPML, BioPAX , Reactome , KEGG i RDF), WikiPathways obsługuje różne sposoby integracji i interakcji z treścią ścieżki. Należą do nich przekierowane łącza, mapy obrazów , kanały RSS i głębokie usługi internetowe . Umożliwia to ponowne wykorzystanie w projektach takich jak Mapa choroby COVID19.
Zawartość WikiPathways jest używana do opisywania i łączenia artykułów Wikipedii obejmujących różne geny, białka, metabolity i szlaki. Oto kilka przykładów:
- Cykl kwasu cytrynowego § Interaktywna mapa szlaku
- Artykuły, które prowadzą do szablonu cyklu kwasu cytrynowego
- Kategoria:Szablony WikiPathways
Zobacz też
Od tej edycji w tym artykule wykorzystano treść z „WikiPathWays:Informacje” , która jest objęta licencją zezwalającą na ponowne wykorzystanie na licencji Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License , ale nie na licencji GFDL . Należy przestrzegać wszystkich odpowiednich warunków.