Reaktom

Reactome: baza danych reakcji, szlaków i procesów biologicznych.
The Reactome logo
Treść
Opis Reactome: baza danych reakcji, szlaków i procesów biologicznych.
Kontakt
Cytowanie podstawowe   PMID 29145629
Dostęp
Format danych
BioPAX SBML
Strona internetowa https://reactome.org
Pobierz URL https://reactome.org/download-data
Adres URL usługi internetowej https://reactome.org/ContentService/

Reactome to bezpłatna internetowa baza danych szlaków biologicznych . Istnieje kilka Reactomów, które koncentrują się na określonych organizmach, największy z nich koncentruje się na biologii człowieka , poniższy opis koncentruje się na ludzkim Reactomie. Jest autorstwa biologów we współpracy z redakcją Reactome. Treść zawiera odniesienia do wielu bioinformatycznych baz danych. Uzasadnieniem Reactome jest wizualne przedstawienie ścieżek biologicznych z pełnymi mechanistycznymi szczegółami, przy jednoczesnym udostępnieniu danych źródłowych w formacie dostępnym obliczeniowo.

Witryna może służyć do przeglądania ścieżek i przesyłania danych do zestawu narzędzi do analizy danych. Bazowe dane można w pełni pobrać w wielu standardowych formatach, w tym PDF , SBML i BioPAX . Diagramy ścieżek wykorzystują styl oparty na notacji graficznej biologii systemów ( SBGN ).

Podstawową jednostką modelu danych Reactome jest reakcja. Podmioty (kwasy nukleinowe, białka, kompleksy i małe cząsteczki) biorące udział w reakcjach tworzą sieć interakcji biologicznych i są pogrupowane w szlaki. Przykłady szlaków biologicznych w Reactome obejmują sygnalizację, wrodzoną i nabytą funkcję immunologiczną, regulację transkrypcji, translację, apoptozę i klasyczny metabolizm pośredni.

Ścieżki reprezentowane w Reactome są specyficzne dla gatunku, a każdy etap ścieżki jest poparty cytatami z literatury, które zawierają eksperymentalną weryfikację reprezentowanego procesu. Jeśli nie istnieje weryfikacja eksperymentalna przy użyciu ludzkich odczynników, ścieżki mogą zawierać etapy wywnioskowane ręcznie na podstawie szczegółów eksperymentów innych niż ludzie, ale tylko wtedy, gdy ekspert biolog, nazwany autorem ścieżki, oraz drugi biolog, nazwiskiem recenzenta, zgodzą się, że jest to prawidłowy wniosek do zrobienia. Ścieżki ludzkie są wykorzystywane do obliczeniowego generowania ścieżek pochodzących z procesów opartych na ortologii w innych organizmach.

Organizacja bazy danych

W Reactome procesy biologiczne człowieka są opisywane poprzez rozbicie ich na serie zdarzeń molekularnych. Podobnie jak klasyczne reakcje chemiczne, każde zdarzenie Reactome ma wejściowe jednostki fizyczne (substraty), które wchodzą w interakcje, prawdopodobnie wspomagane przez enzymy lub inne katalizatory molekularne, w celu wygenerowania wyjściowych jednostek fizycznych (produktów).

Reakcje obejmują klasyczne chemiczne interkonwersje metabolizmu pośredniego, zdarzenia wiązania, tworzenie kompleksów, zdarzenia transportowe, które kierują cząsteczki między przedziałami komórkowymi oraz zdarzenia, takie jak aktywacja białka przez rozszczepienie jednego lub więcej wiązań peptydowych. Poszczególne wydarzenia można pogrupować w ścieżki.

Jednostki fizyczne mogą być małymi cząsteczkami, takimi jak glukoza lub ATP, lub dużymi cząsteczkami, takimi jak DNA, RNA i białka, zakodowanymi bezpośrednio lub pośrednio w ludzkim genomie. Jednostki fizyczne są powiązane z odpowiednimi zewnętrznymi bazami danych, takimi jak UniProt dla białek i ChEBI dla małych cząsteczek. Lokalizacja cząsteczek w przedziałach subkomórkowych jest kluczową cechą regulacji procesów biologicznych człowieka, dlatego cząsteczki w bazie danych Reactome są powiązane z określonymi lokalizacjami. Tak więc w Reactome instancje tej samej jednostki chemicznej w różnych lokalizacjach (np. glukoza zewnątrzkomórkowa i glukoza cytozolowa) są traktowane jako odrębne jednostki chemiczne.

Słowniki kontrolowane Ontologii Genetycznej są używane do opisywania subkomórkowych lokalizacji cząsteczek i reakcji, funkcji molekularnych i większych procesów biologicznych, których częścią jest określona reakcja.

Zawartość bazy danych

Baza danych zawiera wyselekcjonowane adnotacje, które obejmują różnorodne tematy z biologii molekularnej i komórkowej . Szczegóły obecnych i przyszłych projektów adnotacji można znaleźć w kalendarzu projektów adnotacji .

Tematy adnotacji obejmują;

Narzędzia

Na stronie internetowej dostępne są narzędzia do przeglądania interaktywnego diagramu szlaków, wykonywania mapowania szlaków i analizy nadreprezentacji szlaków oraz do nakładania danych dotyczących ekspresji na szlaki Reactome. Narzędzia do mapowania szlaków i nadreprezentacji zajmują pojedynczą kolumnę identyfikatorów białek/związków, preferowane są przystąpienia Uniprot i ChEBI, ale interfejs akceptuje i interpretuje wiele innych identyfikatorów lub symboli. Można używać mieszanych identyfikatorów. Wyniki nadreprezentacji przedstawiono jako listę statystycznie nadreprezentowanych ścieżek.

Dane dotyczące ekspresji są przedkładane w formacie wielokolumnowym, pierwsza kolumna identyfikuje białko, oczekuje się, że dodatkowe kolumny będą liczbowymi wartościami ekspresji, w rzeczywistości mogą to być dowolne wartości liczbowe, np. ekspresja różnicowa, proteomika ilościowa, wyniki GWAS. Dane dotyczące ekspresji są reprezentowane jako zabarwienie odpowiednich białek na diagramach szlaków, przy użyciu kolorów widma widzialnego, więc „gorące” czerwone kolory reprezentują wysokie wartości. Jeśli przesłanych zostanie wiele kolumn danych liczbowych, narzędzie do nakładania może wyświetlić je jako oddzielne „eksperymenty”, np. punkty czasowe lub postęp choroby.

Bazę danych można przeglądać i przeszukiwać jako podręcznik on-line. Dostępny jest przewodnik użytkownika on-line. Użytkownicy mogą również pobrać aktualny zestaw danych lub poszczególne szlaki i reakcje w różnych formatach, w tym PDF, BioPAX i SBML

Odnośniki do Reactome

Zobacz też

Powiązane zasoby

Inne bazy danych szlaków molekularnych

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Reactome&oldid=1071208975 ”