Ludzka proteinpedia

Human Proteinpedia , która jest ściśle powiązana z Institute of Bioinformatics (IOB), Bangalore i Johns Hopkins University , jest portalem udostępniania i integracji ludzkich danych proteomicznych. Umożliwia laboratoriom badawczym wnoszenie i utrzymywanie adnotacji dotyczących białek. Referencyjna baza danych białek ludzkich ( HPRD ) integruje dane, które są zdeponowane w Human Proteinpedia wraz z istniejącymi informacjami wyselekcjonowanymi w literaturze w kontekście pojedynczego białka. Zasadniczo badacze mogą dodawać nowe dane do HPRD, rejestrując się w Human Proteinpedia. Dane zdeponowane w Human Proteinpedia są swobodnie dostępne do pobrania. Podkreślając znaczenie proteomicznych w publicznych repozytoriach, Nature Methods zaleca Human Proteinpedia w swoim artykule redakcyjnym. W tych staraniach uczestniczy ponad 70 laboratoriów.

Typy danych

Dane dotyczące modyfikacji potranslacyjnych , interakcji białko-białko , ekspresji tkankowej, ekspresji w liniach komórkowych , lokalizacji subkomórkowej i relacji enzym- substrat można przesyłać do Human Proteinpedia.

Platformy eksperymentalne

Adnotacje dotyczące białek obecne w Human Proteinpedia pochodzą z wielu platform, takich jak

  1. Koimmunoprecypitacja i oddziaływanie białko-białko oparte na spektrometrii mas
  2. Koimmunoprecypitacja i interakcja białko-białko oparta na Western blotting
  3. Eksperymenty oparte na fluorescencji
  4. Immunohistochemia
  5. Analiza spektrometrii mas
  6. Mikromacierze białkowe i peptydowe
  7. Western blotting
  8. interakcje białko-białko oparte na dwóch hybrydach

Ten portal, który umożliwia dodawanie informacji o białkach, został opracowany jako wspólny wysiłek laboratorium dr Akhilesha Pandeya z Uniwersytetu Johnsa Hopkinsa i Instytutu Bioinformatyki .

Często zadawane pytania

* Jakie są kryteria przekazywania danych?

Każdy badacz, który spełnia następujące kryteria, może przekazać dane:

i) dostarcza danych uzyskanych eksperymentalnie, oraz

ii) jest chętny do udostępniania danych oraz,

iii) chce zostać wymieniony jako „dostarczyciel” danych

* Czy mogę przekazywać dane anonimowo?

Anonimowe wpłaty nie są dozwolone. Podczas dostarczania danych należy jasno przedstawić dane uczestnika.

* Czy dane przewidywane bioinformatycznie mogą być udostępniane za pośrednictwem Human Proteinpedia?

Wszelkie prognozy są niedozwolone. Dostarczane dane powinny pochodzić eksperymentalnie i powinny im towarzyszyć dowody eksperymentalne.

* Czy przesłane dane podlegają wzajemnej ocenie?

Dane nie są poddawane wzajemnej weryfikacji i należy przedstawić rzeczywiste dane eksperymentalne (surowe lub przetworzone).

* Co stanie się ze sprzecznymi wynikami z różnych laboratoriów?

W przypadkach, gdy dany wpis zostanie udokumentowany jako błędny, skonsultujemy się z grupą/grupami wnoszącymi wkład w sprawie usunięcia wpisu.

Linki zewnętrzne