Ludzka proteinpedia
Human Proteinpedia , która jest ściśle powiązana z Institute of Bioinformatics (IOB), Bangalore i Johns Hopkins University , jest portalem udostępniania i integracji ludzkich danych proteomicznych. Umożliwia laboratoriom badawczym wnoszenie i utrzymywanie adnotacji dotyczących białek. Referencyjna baza danych białek ludzkich ( HPRD ) integruje dane, które są zdeponowane w Human Proteinpedia wraz z istniejącymi informacjami wyselekcjonowanymi w literaturze w kontekście pojedynczego białka. Zasadniczo badacze mogą dodawać nowe dane do HPRD, rejestrując się w Human Proteinpedia. Dane zdeponowane w Human Proteinpedia są swobodnie dostępne do pobrania. Podkreślając znaczenie proteomicznych w publicznych repozytoriach, Nature Methods zaleca Human Proteinpedia w swoim artykule redakcyjnym. W tych staraniach uczestniczy ponad 70 laboratoriów.
Typy danych
Dane dotyczące modyfikacji potranslacyjnych , interakcji białko-białko , ekspresji tkankowej, ekspresji w liniach komórkowych , lokalizacji subkomórkowej i relacji enzym- substrat można przesyłać do Human Proteinpedia.
Platformy eksperymentalne
Adnotacje dotyczące białek obecne w Human Proteinpedia pochodzą z wielu platform, takich jak
- Koimmunoprecypitacja i oddziaływanie białko-białko oparte na spektrometrii mas
- Koimmunoprecypitacja i interakcja białko-białko oparta na Western blotting
- Eksperymenty oparte na fluorescencji
- Immunohistochemia
- Analiza spektrometrii mas
- Mikromacierze białkowe i peptydowe
- Western blotting
- interakcje białko-białko oparte na dwóch hybrydach
Ten portal, który umożliwia dodawanie informacji o białkach, został opracowany jako wspólny wysiłek laboratorium dr Akhilesha Pandeya z Uniwersytetu Johnsa Hopkinsa i Instytutu Bioinformatyki .
Często zadawane pytania
* Jakie są kryteria przekazywania danych?
Każdy badacz, który spełnia następujące kryteria, może przekazać dane:
i) dostarcza danych uzyskanych eksperymentalnie, oraz
ii) jest chętny do udostępniania danych oraz,
iii) chce zostać wymieniony jako „dostarczyciel” danych
* Czy mogę przekazywać dane anonimowo?
Anonimowe wpłaty nie są dozwolone. Podczas dostarczania danych należy jasno przedstawić dane uczestnika.
* Czy dane przewidywane bioinformatycznie mogą być udostępniane za pośrednictwem Human Proteinpedia?
Wszelkie prognozy są niedozwolone. Dostarczane dane powinny pochodzić eksperymentalnie i powinny im towarzyszyć dowody eksperymentalne.
* Czy przesłane dane podlegają wzajemnej ocenie?
Dane nie są poddawane wzajemnej weryfikacji i należy przedstawić rzeczywiste dane eksperymentalne (surowe lub przetworzone).
* Co stanie się ze sprzecznymi wynikami z różnych laboratoriów?
W przypadkach, gdy dany wpis zostanie udokumentowany jako błędny, skonsultujemy się z grupą/grupami wnoszącymi wkład w sprawie usunięcia wpisu.