Lokalizacja subkomórkowa
Komórki organizmów eukariotycznych są misternie podzielone na funkcjonalnie odrębne przedziały związane z błoną . Niektóre główne składniki komórek eukariotycznych to: przestrzeń zewnątrzkomórkowa , błona plazmatyczna , cytoplazma , jądro , mitochondria , aparat Golgiego , retikulum endoplazmatyczne (ER), peroksysom , wakuole , cytoszkielet , nukleoplazma , jąderko , macierz jądrowa i rybosomy .
Bakterie mają również lokalizacje subkomórkowe, które można oddzielić, gdy komórka jest frakcjonowana. Najczęstsze lokalizacje, o których mowa, obejmują cytoplazmę , błonę cytoplazmatyczną (określaną również jako błona wewnętrzna u bakterii Gram-ujemnych ), ścianę komórkową (która jest zwykle grubsza u bakterii Gram-dodatnich ) i środowisko zewnątrzkomórkowe . Cytoplazma, błona cytoplazmatyczna i ściana komórkowa są lokalizacjami subkomórkowymi, podczas gdy środowisko zewnątrzkomórkowe wyraźnie nimi nie jest. Większość bakterii Gram-ujemnych zawiera również błona zewnętrzna i przestrzeń peryplazmatyczna . W przeciwieństwie do eukariontów, większość bakterii nie zawiera organelli związanych z błoną, jednak są pewne wyjątki (np. magnetosomy ).
Bazy danych lokalizacji białek subkomórkowych
Eksperymentalnie określone subkomórkowe lokalizacje białek można znaleźć w UniProtKB , Compartments oraz w kilku bardziej specjalistycznych zasobach, takich jak baza danych sekretomu bakterii kwasu mlekowego .
Istnieje również kilka subkomórkowych baz danych lokalizacji z przewidywaniami obliczeniowymi , takich jak sekretom grzybowy i baza wiedzy o proteomie subkomórkowym - wersja 2 Zarchiwizowane 2016-04-10 w Wayback Machine (FunSecKB2), sekretom roślinny i baza wiedzy o subkomórkowym proteomie Zarchiwizowane 2016-04-06 w Wayback Machine (PlantSecKB), MetazSecKB Archived 2016-04-06 at the Wayback Machine dla subkomórkowych lokalizacji białek u ludzi i zwierząt oraz ProtSecKB dla białkowych lokalizacji subkomórkowych wszystkich protistów.