Molekularne wzorce odniesienia

Molekularne/genomiczne wzorce referencyjne to klasa „kontroli” lub wzorców używanych do sprawdzania wydajności molekularnych testów diagnostycznych . Molekularne/genomiczne materiały referencyjne (RM) są wybierane lub opracowywane w celu modelowania określonego biomarkera genetycznego występującego w biopsji pacjenta . Materiały odniesienia (RM) służą do kalibracji systemu pomiarowego, oceny procedury pomiarowej, przypisywania wartości materiałom lub kontroli jakości .

Molekularne materiały odniesienia

Molekularne wzorce odniesienia są dostępne w różnych formatach, z których każdy ma mocne i słabe strony. Materiały te obejmują zarówno syntetyczne oligonukleotydy DNA lub genomowe DNA pochodzące od pacjentów, jak i rzeczywiste biopsje tkanek pacjentów ze znanym statusem mutacji .

Materiał referencyjny	Korzyść	Wada
Rekombinowane plazmidy lub syntetyzowane oligonukleotydy	Tanie i łatwe w syntezie. Może kontrolować wiele alleli w jednej reakcji	Nie przypominają złożoności całego genomu . Ryzyko fałszywych alarmów
Genomowy DNA linii komórkowej (gDNA)	Naśladuje złożoność całego genomu	Może kontrolować tylko jeden lub kilka alleli/ genotypów lub celów jednocześnie.
Mieszaniny linii komórkowych	Naśladuje złożoność całego genomu. Potrafi kontrolować wiele alleli w jednej reakcji	Nie naśladuje „ izogenicznego ” lub podobnego tła genetycznego między różnymi komórkami guza.
Genetycznie zmodyfikowana linia komórkowa gDNA	Naśladuje złożoność całego genomu. Możliwość rozcieńczenia zmodyfikowanego gDNA niezmodyfikowanym gDNA	Może kontrolować tylko jeden lub kilka alleli/genotypów lub celów jednocześnie
Genetycznie zmodyfikowane mieszanki linii komórkowych	Naśladuje złożoność całego genomu. Możliwość rozcieńczenia zmodyfikowanego gDNA niezmodyfikowanym gDNA. Naśladuje „izogeniczne” tło komórek nowotworowych	----
Próbki z biopsji pacjenta	Całkowicie reprezentatywny	Niezrównoważone źródło

Schematy biegłości

Schematy biegłości obejmują dystrybucję zaślepionych materiałów referencyjnych do laboratoriów subskrypcyjnych, a następnie punktację i ocenę biegłości tych laboratoriów w ich molekularnych testach diagnostycznych.

Programy biegłości są zwykle organizowane przez organizacje non-profit, zwykle powiązane z rządem, do których mogą zapisać się setki laboratoriów. Programy te są finansowane z abonamentowych płaconych przez każde laboratorium członkowskie.

Schematy biegłości historycznie opierały się na biopsjach pacjentów o znanym statusie mutacji w celu dystrybucji do laboratoriów członkowskich. Jednak ze względu na znaczny wzrost liczby laboratoriów wykonujących badania molekularne (spowodowany z kolei wzrostem liczby dostępnych leków celowanych, których recepta jest powiązana z obecnością lub brakiem określonego biomarkera), próbki pacjentów stają się niezrównoważonym źródło materiałów referencyjnych. Coraz częściej organizatorzy programów biegłości zwracają się ku genetycznie zmodyfikowanym liniom komórkowym jako trwałemu i dobrze zdefiniowanemu źródłu materiału referencyjnego.

Do największych organizatorów programów biegłości na świecie należą:

College of American Pathologists (CAP) – USA
Europejska Sieć Jakości Molekularnej (EMQN) – Wielka Brytania, Europa, EMEA
Krajowy system zewnętrznej oceny jakości w Wielkiej Brytanii (NEQAS) – Wielka Brytania, Europa, EMEA

Źródła

Źródła certyfikowanych materiałów odniesienia (CRM) obejmują:

Więcej informacji można znaleźć na stronach internetowych CDC i Eurogentest .

Repozytoria linii komórkowych