Motyw RNA MAEB

Motyw RNA MAEB ( motyw RNA elementu związanego z metabolizmem w Burkholderia ) jest konserwatywną strukturą RNA typu łodyga-pętla , występującą u wielu gatunków z rodzaju Burkholderia . Pętle macierzyste MAEB zazwyczaj występują w blokach powtórzeń, zwykle z 2–6 kolejnymi pętlami macierzystymi MAEB oddzielonymi krótką i konserwatywną sekwencją łącznika. W jednym bloku zaobserwowano aż 12 kolejnych pętelek macierzystych MAEB.

Większość bloków MAEB jest umieszczona w domniemanym 5' UTR dalszych genów. Spośród 141 bloków kolejnych pętelek MAEB, 132 są umieszczone w możliwym 5' UTR. Dlatego pętle macierzyste MAEB prawdopodobnie odpowiadają elementowi regulacyjnemu cis . Zaobserwowano, że geny najwyraźniej regulowane przez MAEB ogólnie odgrywają rolę w podstawowym metabolizmie , tj. syntezie, katabolizmie lub transporcie małych cząsteczek; kilka genów związanych z MAEB jest zaangażowanych w inne funkcje, takie jak transdukcja sygnału , ruchliwość lub replikacja . Zatem motyw jest związany z rolą metaboliczną i rzeczywiście zaobserwowano słaby związek z układem rozszczepiania glicyny .

Rozważono trzy hipotezy dotyczące biologicznej roli MAEB. Jednym z nich jest to, że pętla macierzysta MAEB jest w rzeczywistości DNA dimerycznego białka i że dwie podjednostki tego białka wiążą się z przeciwległymi niciami dupleksu DNA. Jednak dwa nukleotydy w komplementarnych pozycjach po stronie 5' i 3' łodygi są prawie zawsze purynami . Jeśli motyw MAEB jest naprawdę krótką domeną wiążącą DNA i jej odwrotnym dopełnieniem, to część 3' pozornego rdzenia RNA w tej pozycji powinna zawierać komplementarną pirymidynę , a także nie być puryną. Dlatego ta hipoteza raczej nie jest prawdziwa.

Druga rozważana hipoteza głosi, że MAEB jest powtarzalną sekwencją DNA . Chociaż powtarzalny charakter pętli macierzystych MAEB wspiera tego rodzaju rolę, powiązanie MAEB z genami metabolicznymi jest niezgodne ze znanymi powtarzalnymi elementami, które zazwyczaj są wynikiem samolubnej replikacji lub błędów w replikacji. Raczej powtarzalny charakter pętli macierzystych MAEB prawdopodobnie odgrywa funkcjonalną rolę w komórce .

Trzecia wysunięta hipoteza głosi, że pętle macierzyste MAEB wiążą białko, a wielokrotne występowanie pętli macierzystych MAEB w pojedynczej cząsteczce RNA pozwoliłoby na wiązanie większej liczby białek na cząsteczkę RNA. Taki układ jest podobny do CsrB RNA, który zawiera około 18 spinek do włosów, z których każda wiąże jedną podjednostkę białka CsrA . Prawdziwa funkcja pętli macierzystych MAEB pozostaje nieznana.