Motyw RNA YjdF

Białko o nieznanej funkcji (DUF2992)
Identyfikatory
Symbol	DUF2992
Pfam	PF11208
Dostępne struktury białek: Pfam   konstrukcje / ECOD   WPB RCSB WPB ; PDBe ; WPBj Suma WPB podsumowanie struktury

Identyfikatory
RNA yjdF
Symbol	yjdF
Rfam	RF01764
Inne dane
typ RNA	Cis-reg ;
Domeny	bakterie ;
WIĘC	SO: 0005836
Struktury PDB	PDBe

jest Motyw RNA yjdF konserwatywną strukturą RNA zidentyfikowaną za pomocą bioinformatyki . Większość yjdF znajduje się w bakteriach należących do rodzaju Bacillota . RNA yjdF znajduje się w domniemanym 5' nieulegającym translacji regionie (5' UTR) genu yjdF w Bacillus subtilis i prawie wszystkie RNA yjdF znajdują się w 5' UTR homologów tego genu. Funkcja yjdF jest nieznana, ale białko , które ma kodować, zostało sklasyfikowane przez bazę danych Pfam jako DUF2992.

Umiarkowanie złożona struktura drugorzędowa i pozycje nukleotydów zachowane w motywie RNA yjdF oraz fakt, że prawdopodobnie występuje on w 5' UTR, doprowadziły do ​​hipotezy, że RNA yjdF działają jak przełączniki rybne . Zamiast tego jeden yjdF znajduje się w przypuszczalnym 5' UTR genów kodujących enzymy biorące udział w syntezie dinukleotydu nikotynoamidoadeninowego (NAD ⁺ ). W tych RNA brakuje regionu inaczej konserwowanego yjdF motyw RNA i może być niefunkcjonalny lub zgodny z odrębną strukturą, która osiąga tę samą funkcję. Jeśli yjdF są przełącznikami rybnymi, ten inny RNA może wiązać odrębny ligand małocząsteczkowy .

Eksperymenty potwierdzają wniosek, że RNA yjdF w B. subtilis rzeczywiście znajduje się w 5' UTR genu yjdF i że geny yjdF są transkrybowane niezależnie od górnego operonu manPA . Funkcja biochemiczna yjdF pozostaje nieznana.

yjdF działają jak przełączniki ryb, które wyczuwają związki azaaromatyczne, chociaż dokładny związek lub zestaw związków wykrywanych przez ten przełącznik ryb w komórce pozostaje niejasny.

Konsensusowa drugorzędowa struktura RNA yjdF . Ta liczba jest adaptacją poprzedniej publikacji.

Linki zewnętrzne

• Strona dla yjdF RNA w Rfam