Nematode.net
Nematode.net jest publicznie dostępnym zasobem poświęconym badaniu nicieni pasożytniczych . Wywodzi się z Expressed Sequence Tag (EST), który rozpoczął się w The Genome Institute w Washington University School of Medicine . Witryna została uruchomiona w 2000 r. jako uzupełnienie projektu „A Genomic Approach to Parasites from the Phylum Nematoda”, finansowanego przez Narodowy Instytut Alergii i Chorób Zakaźnych ( NIAID ). Został stworzony, aby zapewnić dostęp do danych z tego projektu i jako szersze źródło dla społeczności naukowej badającej pasożytnicze nicienie.
Historia
Pierwszym nicieniem modelowym, który został zsekwencjonowany , był Caenorhabditis elegans . Był to również pierwszy w pełni zsekwencjonowany genom organizmu wielokomórkowego, który został ukończony. Projekt Nematode.net oparł się na tych wysiłkach, aby udostępnić sekwencje genów pasożytniczych nicieni o znaczeniu medycznym i ekonomicznym. Ludzkie nicienie pasożytnicze lub glisty mają szerokie implikacje zdrowotne na całym świecie, powodując obciążenie chorobami, które przewyższają malarię i gruźlicę . Pasożytnicze nicienie roślin powodują ponad 100 miliardów dolarów rocznych szkód w uprawach na całym świecie.
Narzędzia
Kiedy Nematode.net powstał w 2000 roku, zapewniał przeszukiwalne repozytorium sekwencji EST nicieni, które nie były dostępne gdzie indziej. Witryna udostępnia teraz również narzędzia do przeglądania szlaków białkowych i metabolicznych oraz genomiki porównawczej , która może pomóc w badaniach leków, szczepionek i pestycydów dotyczących nicieni.
Narzędzia dostępne na Nematode.net obejmują:
- HelmCoP — zasób internetowy mający na celu pomóc naukowcom w opracowaniu strategii ustalania priorytetów w zakresie leków, szczepionek i pestycydów, a jednocześnie zapewniający użyteczną platformę genomiki porównawczej .
- NemaBLAST - narzędzie umożliwiające dopasowanie zdefiniowanej przez użytkownika sekwencji białek lub nukleotydów do transkryptów nicieni lub odczytów cDNA uporządkowanych według organizmu lub biblioteki.
- NemaPath - narzędzie do badania szlaków metabolicznych (i innych) u różnych nicieni. W trybie pojedynczego organizmu to narzędzie zapełnia obrazy szlaków na podstawie dopasowania transkryptów lub genów do KEGG Orthology (KO), o których wiadomo, że istnieją w tym szlaku. W trybie dwóch organizmów to narzędzie pozwala na porównanie wykorzystania ścieżki przez dowolne dwa nicienie w bazie danych. Dostępne są również widoki porównawcze specyficzne dla gospodarzy i kladów.
- NemaGene - narzędzie eksploracji danych umożliwiające użytkownikowi wyszukiwanie transkryptów według nazwy lub eksplorację ekspresji transkryptu według etapu cyklu życia w danym organizmie.
- NemaFam - zbiór konserwatywnych regionów białek związanych z nicieniami.
- NemaBrowse - przeglądarka danych dla genów przewidywanych na podstawie genomów nicieni.
- NemaSNP - zasób online pokazujący różnice genetyczne między populacjami nicieni.