Niemieckie Centrum Zasobów do Badań nad Genomem
| Typ | punkt serwisowy |
|---|---|
| Siedziba |
Berlin-Charlottenburg Heidelberg |
Obsługiwany obszar |
Niemcy Londyn |
| Usługi |
|
Niemieckie Centrum Zasobów Badań nad Genomem (RZPD, Resourcen z entrum P rimär d atenbank ) było ośrodkiem usługowym badań nad genami i genomem w Berlinie – Charlottenburgu i Heidelbergu .
Historia
W 1987 roku Hans Lehrach i Günther Zehetner założyli Bibliotekę Referencyjną / Podstawową Bazę Danych (RLDB) w Imperial Cancer Research Fund (ICRF) w Londynie . RLDB rozprowadził makromacierze wygenerowane w ICRF do grup badawczych na całym świecie. Makromacierze składały się z klonów bibliotek genomowych i cDNA przeniesionych na filtry nylonowe 22 × 22 cm za pomocą robotów opracowanych przez Zehetnera w ICRF. Maszyny pierwszej generacji osiągały rozdzielczość 1/100 mm, wykorzystując dwufazowe silniki krokowe w trybie półkrokowym z 400 krokami na obrót. Roboty te osiągnęły gęstość wykrywania ponad 400 punktów na centymetr kwadratowy, ponieważ zostały zaprogramowane na rozdzielczość przestrzenną 0,015 mm na długości ruchu 600 mm. Druga generacja robotów, zaprojektowana w latach 1991-1992, osiągnęła już gęstość plamki do 2500 punktów na centymetr kwadratowy przy użyciu silników liniowych . Wyniki eksperymentów przeprowadzonych ze znormalizowanymi materiałami zostały przekazane przez badaczy i zebrane w Podstawowej Bazie Danych . W styczniu 1990 Zehetner został mianowany Associated Scientist w ICRF pod ówczesnym Dyrektorem Generalnym Sir Walterem Bodmerem .
Na początku 1995 r. RLDB przeniosła się do Berlina do Instytutu Genetyki Molekularnej im. Maxa Plancka , gdzie kontynuowała swoją pracę.
Latem 1995 roku Centrum Zasobów zostało utworzone w ramach Niemieckiego Projektu Genomu Ludzkiego (DHGP) przez Hansa Lehracha (Max Planck Institute for Molecular Genetics (MPIMG), Berlin-Dahlem ), Günthera Zehetnera (MPIMG, do lipca 2000 r. Dyrektor Berlińskiego Centrum Zasobów) i Annemarie Poustka ( Niemieckie Centrum Badań nad Rakiem (DKFZ), Heidelberg). Jako Centrum Zasobów/Pierwotna Baza Danych (RZPD) przejęła pracę RLDB. Został on sfinansowany przez Federalne Ministerstwo Edukacji i Badań Naukowych (BMBF) w celu bezpłatnego dostarczania materiałów członkom DHGP, podczas gdy były one dostępne dla innych badaczy po cenie kosztów. RZPD stała się największą bazą danych klonów genetycznych na świecie i była powiązana z wieloma głównymi krajowymi i międzynarodowymi projektami badań nad genami i genomem. RZPD był jednym z zaledwie dwóch dystrybutorów klonów IMAGE cDNA w Europie , a także skonstruował własne biblioteki plazmidów , kosmidów , YAC i cDNA . Każdy klon przechowywano w studzience 96- lub 384-studzienkowej płytki do mikromiareczkowania , którą trzymano w głębokich zamrażarkach w temperaturze -80°C, gdy nie używano ich do plamienia.
W dniu 1 lipca 2000 r. RZPD została przekształcona w organizację non-profit – Gesellschaft mit beschränkter Haftung (gGmbH). Ta spółka z ograniczoną odpowiedzialnością była wspierana przez trzy najważniejsze firmy badawcze w Niemczech: Towarzystwo Maxa Plancka , Niemieckie Centrum Badań nad Rakiem i Centrum Medycyny Molekularnej Maxa Delbrücka (MDC Berlin-Buch ). Jako członków firmy naukowej służyli Hans Lehrach (MPIMG), Annemarie Poustka (DKFZ), Jens Reich (MDC), Matthias Uhlen ( Instytut Karolinska , Sztokholm ) i Harald zur Hausen (DKFZ).
W dniu 31 lipca 2007 roku spółka non-profit została rozwiązana. Dużą część dotychczasowych usług przejęły dwie nowe firmy. ImaGenes (firma założona przez byłych dyrektorów zarządzających RZPD) oraz ATLAS Biolabs GmbH , którą Lehrach założył wspólnie z byłymi szefami działów RZPD, Uwe Radelofem i Berndem Drescherem.
.jpg)
.JPG)
Usługi
Zakres usług był stale rozszerzany i obejmował udostępnianie klonów komórek genomowych i baz danych cDNA, hodowli komórkowych , mikromacierzy , profili ekspresyjnych , usługi Affymetrix oraz oferty PCR . Dane zebrane w Podstawowej Bazie Danych zostały udostępnione w celu porównania wyników eksperymentów przez badaczy przy użyciu znormalizowanego na całym świecie materiału dostarczonego przez ośrodek.
Lokalizacje
Biuro RLDB w Londynie znajdowało się w głównym budynku ICRF w Lincoln's Inn Fields , Holborn , a później przeniosło się do większych pomieszczeń w sąsiednim budynku Royal College of Surgeons . Budynek Lincoln's Inn Fields został później sprzedany London School of Economics i zburzony w 2018 roku, aby zrobić miejsce dla nowego budynku Marshalla.
W Berlinie RZPD początkowo mieściło się w Instytucie Genetyki Molekularnej im . przeniósł się do swojej ostatecznej lokalizacji w dawnym budynku Domu Dziecka Cesarzowej Augusty Wiktorii przy Heubnerweg w Berlinie-Charlottenburgu. Neobarokowy budynek powstał w latach 1907-1909 pod kierownictwem architekta i powołanego komisarza miejskiego Berlina ds. urbanistyki Ludwiga Hoffmanna , przy czym znaczący wpływ na planowanie miał architekt Alfred Messel . Niewielka część centrum w Heidelbergu znajdowała się na terenie DKFZ.