Oprogramowanie do wyrównywania konstrukcji

Ta lista oprogramowania do porównywania i wyrównywania konstrukcji jest kompilacją narzędzi programowych i portali internetowych używanych do parowania lub wielokrotnego porównywania i wyrównywania konstrukcji .

Strukturalne porównanie i wyrównanie

NAZWA Opis Klasa Typ Elastyczny Połączyć Autor Rok
foldseek Szybkie i dokładne wyrównanie i wizualizacja struktury białek Sekw Para Tak pobieranie serwera M. van Kempen & S. Kim & C. Tumescheit & M. Mirdita & J. Söding & M. Steinegger 2022
3 decyzja Repozytorium struktury białek z narzędziami do wizualizacji i analizy strukturalnej Sekw Wielo Tak strona P. Schmidtkego 2015
MAMUT Opanowanie modeli molekularnych uzyskanych z teorii _ _ _ _ Cα Para NIE pobieranie serwera CEM Strauss & AR Ortiz 2002
CE K ombinatoryczne rozszerzenie _ Cα Para NIE serwer I. Szindiałow 2000
CE-MC Kombinatoryczne rozszerzenie — M onte C arlo _ Cα Wielo NIE serwer C.Guda 2004
DaliLite Wyrównanie macierzy odległości _ Mapa C Para NIE serwer i pobierz L. Holma 1993
wyrównanie TM Dopasowanie struktury białka na podstawie wyniku TM Cα Para zero serwer i pobierz Y. Zhang & J. Skolnick 2005
wyrównanie mTM Wyrównanie wielu struktur białkowych w oparciu o TM-align Cα Wielo NIE serwer i pobierz R. Dong, Z. Peng, Y. Zhang i J. Yang 2018
ROZLEGŁY Wyszukiwarka wektorów lignment _ _ _ _ _ SSE Para zero serwer S. Bryanta 1996
Pryzmat Białkowe systemy informatyczne do modelowania _ _ _ SSE Wielo zero serwer B. Honig 2000
MOE Molekularne środowisko operacyjne . _ _ Rozbudowana platforma do modelowania struktury białek i białek-ligandów. Cα, AllA, sekw Wielo NIE strona Chemiczna Grupa Obliczeniowa 2000
SSAP Sekwencyjna struktura A program lignacji _ _ _ SSE Wielo NIE serwer C. Orengo & W. Taylor 1989
SARF2 Przestrzenne zasięgi AR fragmentów szkieletu _ SSE Para zero serwer N. Aleksandrow 1996
KENOBI/K2 NA SSE Para zero serwer Z. Weng 2000
PIECZĘĆ ST ructural lignment wielu białek _ _ _ Cα Wielo NIE serwer pobierania R. Russella i G. Bartona 1992
MASA Wielokrotne łączenie przez strukturę wtórną _ _ _ SSE Wielo NIE serwer O. Dror & H. Wolfson 2003
SCALI S tructural Core ALI gnacja białek Seq/C-Mapa Para zero pobieranie serwera X. Yuan & C. Bystroff 2004
DEJAVU NA SSE Para zero serwer GJ. Kleywegt 1997
SSM Dopasowanie struktury drugorzędnej _ _ _ SSE Wielo zero serwer E. Kryssinela 2003
SHEBA Homologia strukturalna przez środowisko oparte na lignmentie _ _ _ Sekw Para zero serwer J Jung & B Lee 2000
LGA Lokalna - globalna miara podobieństwa struktury lignment i globalnego testu odległości (GDT-TS) . Cα, AllA, dowolny atom Para zero serwer i pobierz A. Zemla 2003
POZ Struktura zamówienia częściowego A lignment _ _ _ Cα Wielo Tak serwer Y. Ye & A. Godzik 2005
PyMOL Polecenie „super” wykonuje niezależne od sekwencji wyrównanie 3D Białko Hybrydowy NIE strona WL DeLano 2007
GRUBY KOT Elastyczna struktura A lignmen T przez łączenie połączonych par fragmentów umożliwiających skręcanie Cα Para Tak serwer Y. Ye & A. Godzik 2003
dekonSTRUKCJA Przeszukiwanie bazy danych na poziomie podstrukturalnym i dopasowanie parami. SSE Wielo NIE serwer ZH. Zhang i in. 2010
Matry MA rkowska TRA ncja STRUKTURY BIAŁEK Cα i SSE Para zero serwer K. Nishikawa 2000
MAMMOTH-mult Wyrównywanie wielu struktur oparte na MAMMOTH Cα Wielo NIE serwer D. Lupyan 2005
Protein3Dfit NA Mapa C Para zero serwer D. Schomburga 1994
DUMA Możliwość PR ntity IDE Cα Para zero serwer S. Pongora 2002
SZYBKO F AST Narzędzie do wyszukiwania i wyszukiwania połączeń Cα Para zero serwer J. Zhu 2004
C-BOP Oparta na współrzędnych organizacja białek _ _ _ Nie dotyczy Wielo zero serwer E. Sandelina 2005
Zysk Pro tein najmniejszych kwadratów Dopasowanie Cα Wielo zero serwer ACR. Jaskółka oknówka 1996
DOPASOWANIE Wyrównanie jako nałożenie wspólnych objętości w punkcie topomax Cα Para zero serwer VA. Iljin 2004
MUSTANG MU ltiple ST Ructural A lig N ment Al G orithm Mapa Cα i C Wielo zero pobierać AS Konagurthu i in. 2006
URMS Jednostkowy wektor nitowy RMSD Cα Para zero serwer K. Kedem 2003
ZAMEK Hierarchiczna superpozycja struktury białek SSE Para NIE NA AP. Singha 1997
BLOKADA 2 Ulepszenia w stosunku do LOCK SSE Para NIE pobierać J. Szapiro 2003
CBA W wiązanie na bazie konsystencji _ SSE Wielo zero pobierać J. Eberta 2006
TetraDA Tetrahedralna D ekompozycja Więzadło _ _ SSE Wielo Tak NA J. Roach 2005
PASEK Program lignment oparty na STRUKTURZE _ Cα Wielo zero serwer C. Gille 2006
LOVOALIGN Metody optymalizacji niskich wartości porządkowych dla wyrównania strukturalnego _ _ Cα Para zero serwer Andreani i in. 2006
GANGSTA Algorytm genetyczny dla N on - sekwencyjnego, Gapowanego białka ST zerwania więzadła A Mapa SSE/C Para NIE serwer B. Kolbecka 2006
GANGSTA+ Algorytm kombinatoryczny dla niesekwencyjnego i z przerwami wyrównania strukturalnego Mapa SSE/C Para NIE serwer A. Guerler & EW Knapp 2008
Wyrównaj mat Porównanie struktury białek za pomocą Mat rix Align ment Mapa C Para zero strona Z. Aung i KL Tan 2006
Worolign Szybkie wyrównanie struktury za pomocą kontaktów Voronoi Mapa C Wielo Tak serwer F. Birzele i in. 2006
EKSPRESOWO Szybkie wielokrotne wyrównanie strukturalne przy użyciu T-Coffee i Sap Cα Wielo zero strona C. Notredame i in. 2007
KALIBRUJ Wyrównaj Cα Cα Wielo zero strona TJ Oldfielda 2007
JAKUSA Współrzędne wewnętrzne i algorytm typu BLAST Cα Para zero strona M. Carpentier i in. 2005
BLOMAPY Wyrównania alfabetu oparte na konformacji Cα Wielo zero serwer WM. Zheng & S. Wang 2008
KLEPAPY Wyrównania alfabetu oparte na konformacji Cα Para zero serwer WM. Zheng & S. Wang 2008
TALI F Kąt skrętu ALI gnment Cα Para NIE NA X. Mioa 2006
MolCom NA Geometria Wielo zero NA SD O’Hearn 2003
MALEKON NA Geometria Wielo zero NA S. Wodak 2004
FlexProt Elastyczne wyrównanie struktur białkowych Cα Para Tak serwer M. Szacki i H. Wolfson 2002
MultiProt Wielokrotne wyrównanie struktur białkowych Geometria Wielo NIE serwer M. Szacki i H. Wolfson 2004
CTSS Wyrównanie struktury białek przy użyciu lokalnych cech geometrycznych Geometria Para zero strona T. Can 2004
KRZYWA NA Geometria Wielo NIE strona D. Zhi 2006
Mat Wiele tłumaczeń z tłumaczeniami i zwrotami _ _ Cα Wielo Tak pobieranie serwera M. Menke 2008
Najlepsze dopasowanie Wyrównanie struktury białek i wizualizacja podobieństw strukturalnych; dopasowanie kompleksów wielobiałkowych Cα Para NIE pobieranie serwera M. Sippl i M. Wiederstein 2012
SSGS Struktury drugorzędne Kierowane nakładanie się _ _ _ ok Para NIE strona G. Wainreb i in. 2006
Matchprot Porównanie struktur białkowych poprzez rosnące dopasowania sąsiedztwa Cα Para NIE serwer S. Bhattacharya i in. 2007
Chimera UCSF zobacz narzędzie MatchMaker i polecenie „matchmaker”. Seq & SSE Wielo NIE strona E. Meng i in. 2006
BŁYSK Algorytm szybkiego dopasowywania do znajdowania homologii strukturalnej białek _ _ SSE Para NIE NA ESC Shih i MJ Hwang 2003
RAPIDO Szybkie połączenie struktur białkowych w obecności ruchów domen _ _ _ _ Cα Para Tak serwer R. Mosca i TR Schneider 2008
ComSubstruct Wyrównanie strukturalne oparte na różnicowym kodowaniu geometrycznym Geometria Para Tak strona N. Morikawa 2008
ProCKSI Białko ( struktura) Porównanie , wiedza , podobieństwo i informacje Inny Para NIE strona D. Barthel i in. 2007
SARST Wyszukiwanie podobieństw strukturalnych wspomagane przez transformację sekwencyjną Ramachandrana _ _ Cα Para zero strona TOALETA. Lo i in. 2007
Wyrównaj Fr-TM Wyrównywanie struktury białka na podstawie wyniku Fragment - TM Cα Para NIE strona SB Pandit & J. Skolnick 2008
TOPY + PORÓWNANIE Porównanie topologicznych modeli struktur białkowych wzbogaconych o informacje o ligandach Topologia Para Tak serwer M. Veeramai i D. Gilbert 2008
TOPS++FATCAT Elastyczna struktura Lignmen T przez łączenie sparowanych par fragmentów Pozwalanie na skręty wyprowadzone z modelu TOPS + String Cα Para Tak serwer M. Veeramai i in. 2008
MolLoc Molekularne lokalne wyrównanie powierzchni Surfować Para NIE serwer ME Bock i in. 2007
FAZA Elastyczne dopasowanie drugorzędnych elementów konstrukcyjnych _ _ _ SSE Para Tak NA J.Vesterstrom i WR Taylor 2006
SZABLOZĄB Wyrównanie strukturalne białek w oparciu o wektorową reprezentację struktury Cα Para Tak serwer F. Teichert i in. 2007
STON NA Cα Para NIE strona C. Eslahchi i in. 2009
SALIGN Metoda hybrydowa sekwencja-struktura Sekw Wielo NIE strona MS Madhusudhan i in. 2007
MAKS. PAR NA Cα Para NIE strona A. Poleksić 2009
TEZEUSZ Superpozycja maksymalnego prawdopodobieństwa Cα Wielo NIE strona DL Theobald i DS Wuttke 2006
TABLEAUWyszukaj Wyszukiwanie i pobieranie strukturalne przy użyciu reprezentacji Tableau wzorców fałdowania białek SSE Para NIE serwer AS Konagurthu i in. 2008
Wyszukiwanie obrazów QP Wyszukiwanie podstruktur białkowych w oparciu o Tableau przy użyciu programowania kwadratowego SSE Para NIE serwer pobierania A. Stivala i in. 2009
ProSMoS Wyszukiwanie motywów struktury białka _ _ _ _ SSE Para NIE pobieranie serwera S. Shi i in. 2007
MISTRAL Oparte na energii wielokrotne wyrównanie strukturalne białek Cα Wielo NIE serwer C. Micheletti i H. Orland 2009
MSVNS dla MaxCMO Prosta i szybka heurystyka do porównywania struktury białek Mapa C Para NIE strona D. Pelta i in. 2008
Strukturalny Minimalizacja odchylenia od średniej kwadratowej metodą najmniejszych kwadratów poprzez programowanie dynamiczne Cα Para NIE pobieranie serwera Gersteina i Levitta 2005
ProBiS Wykrywanie strukturalnie podobnych miejsc wiążących białka za pomocą lokalnego wyrównania strukturalnego Surfować Para Tak pobieranie serwera J. Konc & D. Janezic 2010
ALADYN Wyrównanie oparte na dynamice : nakładanie białek poprzez dopasowywanie ich zbiorowych ruchów Cα Para NIE serwer Potestio i in. 2010
SWAPSC Analiza przesuwanego okna Procedura wykrywania selektywnych ograniczeń do analizy danych genetycznych ustrukturyzowanych dla rodziny lub drzewa filogenetycznego z wykorzystaniem ograniczeń w dopasowaniu sekwencji kodujących białka . Sekw Wielo Tak serwer Mario A. Fares 2004
SA Tableau Search Szybkie i dokładne wyszukiwanie podstruktur białkowych za pomocą symulowanego wyżarzania i procesorów graficznych SSE Para NIE serwer pobierania A. Stivala i in. 2010
Narzędzie do porównywania białek RCSB PDB Zapewnia zmiany CE, FATCAT, CE dla permutacji kołowych , wyrównania sekwencji Cα Para Tak pobieranie serwera A. Prlic i in. 2010
CSR Maksymalny wspólny motyw 3D; nieparametryczny; wyprowadza korespondencję parami; działa również na małe cząsteczki SSE lub Cα Para NIE pobieranie serwera Pan Petitjean 1998
Dopasowanie epitopu nieciągłe dopasowanie struktury; rozważenie wymuszonego dopasowania; elastyczne definiowanie specyficzności geometrycznej i fizykochemicznej; transplantacja podobnych układów przestrzennych reszt aminokwasowych Ca-AllA Wielo Tak pobierać S. Jakuszczew 2011
KLIKNIJ Porównanie struktur 3D niezależne od topologii SSE & Cα & SASA Para Tak serwer M. Nguyen 2011
Smolign Wiązadło strukturalne oparte na motywach przestrzennych Mapa SSE i C Wielo Tak pobierać H. Słońce 2010
Wybuch 3D Porównanie trójwymiarowej gęstości kształtu Gęstość Para NIE serwer L. Mavridis i in. 2011
DEDAL Skrypt DE Zdefiniowane ustawienie AL _ Mapa SSE & Cα & C Para Tak serwer P. Daniluk & B. Lesyng 2011
msTALI WIELOKROTNE WYRÓWNANIE KONSTRUKCJI _ _ _ Cα & Dihed & SSE & Surf Wielo Tak serwer P. Shealy & H. Valafar 2012
mulPBA dopasowanie wielu sekwencji PB PB Wielo Tak NA AP Joseph i in. 2012
SAS-Pro Jednoczesne łączenie i nakładanie warstw PRO _ _ ??? Para Tak serwer Shah & Sahinidis 2012
Wyrównaj MIRAGE Metoda wyrównania strukturalnego oparta na M atch Index SSE i ŚOI Para NIE strona internetowa K. Hung i in. 2012
Wyrównaj Struktura P Wyrównanie w powietrzu _ Cα Para NIE pobieranie serwera Y. Yang i in. 2012
Kpak Szybkie dopasowywanie parami lub wielokrotne za pomocą nakładania się gaussowskiego Inny Para Tak strona internetowa DW Ritchie 2016
Głębokie wyrównanie Wyrównanie struktury białek poza bliskością przestrzenną (uwzględniono informacje ewolucyjne i wiązania wodorowe) Cα + sekw Para NIE serwer pobierania S. Wang i J. Xu 2013
3DCOMB rozszerzenie DeepAlign Cα Wielo NIE serwer pobierania S. Wang i J. Xu 2012
TS-AMIR Metoda dopasowania topologii łańcuchów do intensywnego szybkiego porównywania struktur białek SSE & Cα Para NIE NA J. Razmara i in. 2012
MICAN MICAN może obsłużyć wiele łańcuchów, wyrównania odwrotne, modele tylko Cα , wyrównania alternatywne i wyrównania niesekwencyjne Cα Para NIE pobierać S. Minami i in. 2013
SPalignNS Struktura Ustawienie w powietrzu w kierunku P Niesekwencyjne _ _ Cα Para NIE pobieranie serwera P. Brown i in. 2015
Fit3D bardzo dokładne badanie przesiewowe małych motywów strukturalnych obejmujące definiowanie wymian specyficznych dla pozycji, wykrywanie wystąpień wewnątrz- i międzycząsteczkowych, definiowanie dowolnych atomów używanych do dopasowania motywów AllA, Ca Wielo NIE pobieranie serwera F. Kaiser i in. 2015
MMLigner Bayesowskie wnioskowanie statystyczne o dopasowaniach w oparciu o teorię informacji i kompresję. Cα Para Tak pobieranie serwera J. Collier i in. 2017
Wyszukiwanie struktur motywów RCSB PDB Wyszukiwanie małych motywów strukturalnych, które zajmuje kilka sekund na 180 000 lub więcej struktur, z obsługą kwasu nukleinowego i biomontażu Wszystkie A Wielo NIE pobieranie serwera/dokumentacji S. Bittrich i in. 2020

Kluczowa mapa:

  • Klasa :
  • Cα — wyrównanie atomu szkieletu (Cα);
  • AllA — wyrównanie wszystkich atomów;
  • SSE — wyrównanie drugorzędnych elementów konstrukcji;
  • Seq — wyrównanie oparte na sekwencji
  • Pair - Wyrównanie parami (tylko 2 struktury *);
  • Multi — wyrównanie wielu struktur (MStA);
  • C-Map - Mapa Kontaktów
  • Surfowanie — wyrównanie powierzchni molekularnej Connolly'ego
  • SASA — powierzchnia dostępna dla rozpuszczalników
  • Dihed — dwuścienne kąty kręgosłupa
  • PB - Bloki Białkowe
  • Elastyczny :
  • Nie — między porównywanymi strukturami uwzględniane są tylko transformacje brył sztywnych.
  • Tak — metoda pozwala na pewną elastyczność porównywanych struktur, na przykład ruchy wokół regionów zawiasowych.
  1. Bibliografia   _ Kim S.; Tumescheit C.; Mirdita M.; Söding J.; Steinegger M. (2022). „Foldseek: szybkie i dokładne wyszukiwanie struktury białek” (PDF) . bioRxiv . doi : 10.1101/2022.02.07.479398 . S2CID 246737572 . {{ cite journal }} : CS1 maint: wiele nazwisk: lista autorów ( link )
  2. ^    Zemla A (2003). „LGA: metoda znajdowania podobieństw 3D w strukturach białek” . Badania kwasów nukleinowych . 31 (13): 3370–3374. doi : 10.1093/nar/gkg571 . PMC 168977 . PMID 12824330 .
  3. Bibliografia   _ Kian-Lee Tan (grudzień 2006). „MatAlign: Precyzyjne porównanie struktury białek przez wyrównanie macierzy” . Journal of Bioinformatics and Computational Biology . 4 (6): 1197–216. doi : 10.1142/s0219720006002417 . PMID 17245810 .
  4. Bibliografia    _ Wiederstein, M. (2012). „Wykrywanie korelacji przestrzennych w strukturach białek i kompleksach molekularnych” . Struktura . 20 (4): 718–728. doi : 10.1016/j.str.2012.01.024 . PMC 3320710 . PMID 22483118 .
  5. Bibliografia    _ Dušanka Janežič (2010). „Algorytm ProBiS do wykrywania strukturalnie podobnych miejsc wiązania białek przez lokalne dopasowanie strukturalne” . Bioinformatyka . 26 (9): 1160–1168. doi : 10.1093/bioinformatyka/btq100 . PMC 2859123 . PMID 20305268 .
  6. ^   Ritchie, David W. (wrzesień 2016). „Obliczanie i ocenianie wysokiej jakości dopasowań wielu elastycznych struktur białkowych” . Bioinformatyka . 32 (17): 2650–2658. doi : 10.1093/bioinformatyka/btw300 . PMID 27187202 .
  7. Bibliografia    _ Jianzhu Ma; Jian Penga; Jinbo Xu (marzec 2013). „Wyrównanie struktury białek poza bliskością przestrzenną” . Raporty naukowe . 3 : 1448. Bibcode : 2013NatSR...3E1448W . doi : 10.1038/srep01448 . PMC 3596798 . PMID 23486213 .
  8. Bibliografia    _ Jian Penga; Jinbo Xu (wrzesień 2011). „Dopasowanie odległych struktur białkowych: algorytm, wiązanie i implikacje dla modelowania homologii” . Bioinformatyka . 27 (18): 2537–45. doi : 10.1093/bioinformatyka/btr432 . PMC 3167051 . PMID 21791532 .
  9. ^    Razmara, Dżafar; Safaai Deris; Sepideh Parvizpour (luty 2012). „TS-AMIR: metoda dopasowania topologii łańcuchów do intensywnego szybkiego porównywania struktur białek” . Algorytmy dla biologii molekularnej . 7 (4): 4. doi : 10.1186/1748-7188-7-4 . PMC 3298807 . PMID 22336468 .
  10. Bibliografia    _ Sawada K.; Chikenji G. (styczeń 2013). „MICAN: algorytm dopasowywania struktury białek, który może obsługiwać wiele łańcuchów, odwrotne dopasowania, tylko modele Cα, alternatywne dopasowania i dopasowania niesekwencyjne” . BMC Bioinformatyka . 14 (24): 24. doi : 10.1186/1471-2105-14-24 . PMC 3637537 . PMID 23331634 .
  11. Bibliografia   _ Pullan W.; Yang Y.; Zhou Y. (październik 2015). „Szybkie i dokładne niesekwencyjne wyrównanie struktury białek przy użyciu nowej heurystyki asymetrycznego przypisania sumy liniowej” . Bioinformatyka . 32 (3): 370–7. doi : 10.1093/bioinformatyka/btv580 . PMID 26454279 .
  12. Bibliografia   _ Eisold A.; Bittrich S.; Labudde D. (październik 2015). „Fit3D: aplikacja internetowa do bardzo dokładnego badania przesiewowego wzorców przestrzennych reszt w danych dotyczących struktury białek” . Bioinformatyka . 32 (5): 792–4. doi : 10.1093/bioinformatyka/btv637 . PMID 26519504 .
  13. ^   Collier, J.; Allison L.; Lesk A.; Stuckey P.; Garcia de la Banda M.; Konagurthu A. (kwiecień 2017). „Wnioskowanie statystyczne o dopasowaniu strukturalnym białek przy użyciu informacji i kompresji” . Bioinformatyka . 33 (7): 1005–13. doi : 10.1093/bioinformatyka/btw757 . PMID 28065899 .
  14. ^    Bittrich S, Burley SK, Rose AS (2020). „Wyszukiwanie motywów strukturalnych w białkach w czasie rzeczywistym przy użyciu strategii odwróconego indeksu” . PLOS Comput Biol . 16 (12): e1008502. Bibcode : 2020PLSCB..16E8502B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1008502 . PMC 7746303 . PMID 33284792 . {{ cite journal }} : CS1 maint: wiele nazwisk: lista autorów ( link )
Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Structural_alignment_software&oldid=1138398934 ”