PlasMapper
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Serwer mapowania plazmidów |
| Przechwycone typy danych |
Wprowadzanie danych : sekwencja plazmidu (format FASTA); Dane wyjściowe : mapa tekstowa i obrazowa plazmidu (PNG, JPG i SVG) |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | Davida S. Wisharta |
| Cytowanie podstawowe | PlasMapper: serwer WWW do rysowania i automatycznego opisywania map plazmidów. |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Pobierz URL | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Różnorodny | |
| Polityka kuracji | Ręcznie wyselekcjonowane |
PlasMapper (Plasmid Mapper) to ogólnodostępny serwer sieciowy, który automatycznie generuje wysokiej jakości okrągłe mapy plazmidów i opatruje je adnotacjami . Jest to szczególnie przydatna usługa online dla biologów molekularnych, którzy chcą generować plazmidów bez konieczności zakupu lub utrzymywania drogiego, komercyjnego oprogramowania. PlasMapper akceptuje DNA plazmidu / wektora jako dane wejściowe ( format FASTA ) i wykorzystuje dopasowywanie wzorców sekwencji i dopasowanie sekwencji BLAST do automatycznej identyfikacji i znakowania wspólnych promotorów, terminatorów, miejsc klonowania, miejsc restrykcyjnych , genów reporterowych , znaczników powinowactwa , genów markerów selekcyjnych , miejsc inicjacji replikacji i otwartych ramek odczytu . PlasMapper następnie ponownie formatuje i przedstawia zidentyfikowane cechy zarówno w prostej formie tekstowej, jak i jako wielokolorowy obraz o wysokiej rozdzielczości.
Wygląd i zawartość danych wyjściowych można dostosować na wiele sposobów, korzystając z różnych opcji online. Obrazy PlasMapper mogą być renderowane zarówno w formacie rastrowym ( Portable Network Graphics (PNG) i JPG ), jak i skalowalną grafiką wektorową ( SVG ), aby dostosować się do różnych potrzeb lub preferencji użytkowników. Jakość zdjęć i tekstu jest wystarczająca, aby można je było wykorzystać bezpośrednio w publikacjach lub prezentacjach.