CGView
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Do wizualizacji okrągłych genomów |
| Przechwycone typy danych |
Wprowadzanie danych : Sekwencje genomowe z adnotacjami w formacie XML, delaminowanym tabulatorem lub formacie NCBI ptt. Dane wyjściowe : statyczne lub interaktywne obrazy map genomowych. |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | Paula Stotharda i Davida S. Wisharta |
| Cytowanie podstawowe | |
| Data wydania | 2004 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | |
| Różnorodny | |
| Częstotliwość udostępniania danych |
Ostatnia aktualizacja w 2012 roku |
CGView (Circular Genome Viewer) to bezpłatnie dostępne do pobrania oprogramowanie Java, aplet i API ( interfejs programowania aplikacji ) do generowania kolorowych, powiększalnych, połączonych hiperłączami, bogato opatrzonych adnotacjami obrazów kolistych genomów , takich jak chromosomy bakteryjne , mitochondrialne DNA i plazmidy . Jest powszechnie używany w potokach adnotacji sekwencji bakteryjnych do generowania wizualnych danych wyjściowych odpowiednich dla sieci. Był również używany w wielu popularnych serwerach WWW (serwer WWW CGView, PlasMapper , BASys ) i bazach danych ( BacMap ).
Przegląd
Dzięki postępowi w technologii sekwencjonowania DNA zsekwencjonowano ponad 4000 genomów bakteryjnych i tysiące genomów plazmidowych. CGView został opracowany w celu zaspokojenia specjalistycznych potrzeb w zakresie wizualizacji i opisywania kolistych genomów, takich jak bakteryjne, plazmidowe, chloroplastowe i mitochondrialne sekwencje DNA. Po zainstalowaniu program CGView akceptuje wiele różnych formatów plików, w których dane obiektów i informacje o renderowaniu mogą być XML , plikami rozdzielanymi tabulatorami lub plikami NCBI ptt. CGView następnie konwertuje dane wejściowe na mapę graficzną w różnych formatach graficznych ( PNG , JPG lub SVG ), które mogą zawierać etykiety, tytuły, legendy i przypisy. Obrazy mogą być statyczne, interaktywne lub w rozmiarze plakatu do wydrukowania lub osadzenia na stronach internetowych.
Technologia i dostępność
CGView jest napisany w języku programowania Java . Jest dostępny jako pakiet aplikacji Java do pobrania, a także jako aplet i interfejs API . Pakiet apletów może być używany do osadzania interaktywnych map na stronach internetowych. Interfejsu API można użyć do włączenia CGView do innych aplikacji Java. Niedawno powstał serwer CGView.