BASys
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Do zautomatyzowanego opisywania genomu bakteryjnego i generowania map chromosomów |
| Przechwycone typy danych |
Wprowadzanie danych : surowa sekwencja genomu (format FASTA), znakowana sekwencja genomu (format FAST) lub przewidywana/znakowana sekwencja proteomu (FASTA); Wyjście danych : w pełni opatrzony przypisami genom wraz z interaktywną mapą genomu opatrzoną adnotacjami |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | Davida S. Wisharta |
| Podstawowy | |
| dostęp do cytowań | |
| Strona internetowa | https://www.basys.ca/ |
| Pobierz URL | https://www.basys.ca/ |
| Różnorodny | |
| Częstotliwość udostępniania danych |
Ostatnia aktualizacja 2012 |
| Polityka kuracji | Ręcznie wyselekcjonowane |
BASys (Bacterial Annotation System) to ogólnodostępny serwer WWW, którego można używać do wykonywania zautomatyzowanych, kompleksowych adnotacji genomów bakterii . Wraz z pojawieniem się sekwencjonowania DNA nowej generacji możliwe jest teraz sekwencjonowanie całego genomu bakterii (zwykle ~ 4 miliony zasad) w ciągu jednego dnia. Doprowadziło to do eksplozji liczby w pełni zsekwencjonowanych drobnoustrojów . W rzeczywistości od 2013 r. w GenBank zdeponowano ponad 2700 w pełni zsekwencjonowanych genomów bakteryjnych . Jednak ciągłym wyzwaniem związanym z genomiką drobnoustrojów jest znalezienie zasobów lub narzędzi do opisywania dużej liczby nowo zsekwencjonowanych genomów . BASys został opracowany w 2005 roku w odpowiedzi na te potrzeby. W rzeczywistości BASys był pierwszym na świecie publicznie dostępnym genomu drobnoustrojów . Ze względu na dużą popularność serwer BASys został zaktualizowany w 2011 r. poprzez dodanie wielu węzłów serwerowych w celu obsługi dużej liczby otrzymywanych zapytań.
Serwer BASys został zaprojektowany tak, aby jako dane wejściowe akceptować zebrane dane genomu (surowe dane sekwencji DNA ) lub kompletne przypisania proteomu . Jeśli dostarczona jest surowa sekwencja DNA , BASys wykorzystuje Glimmer (wersja 2.1.3) do identyfikacji genów. Dane wyjściowe z BASys to obszerna adnotacja obejmująca cały genom (z ~ 60 podpolami adnotacji dla każdego genu) oraz mapa genomu zapytania z możliwością powiększania i hiperłączami. BASys wykorzystuje prawie 30 różnych programów do określania i opisywania nazw genów/białek, funkcji GO, funkcji COG, możliwych paralogów i ortologów, masy cząsteczkowej, punktu izoelektrycznego, struktury operonu, lokalizacji subkomórkowej, peptydów sygnałowych , regionów transbłonowych , struktury drugorzędowej , struktury 3D , reakcje i ścieżki. Pełna lista programów używanych przez BASys znajduje się poniżej:
| Nazwa | metoda |
|---|---|
| Blask 2.1.3 | Glimmer to popularny i bardzo dokładny program do wyszukiwania genów ab initio dla DNA drobnoustrojów. W badaniu 31 kompletnych genomów bakterii i archeonów Glimmer osiągnął średnią dokładność przewidywania genów na poziomie 99,36%. Glimmer wykorzystuje interpolowane modele Markowa do odróżnienia regionów kodujących od niekodującego DNA. Wydajność Glimmer spada wraz ze wzrostem zawartości GC . W przypadku genomów o wysokiej zawartości GC (>60%) Glimmer może generować dużą liczbę fałszywie dodatnich prognoz i dlatego należy go używać ostrożnie. |
| HMMER 2.3.2 | Używany do lokalnych wyszukiwań Pfam |
| Modelarz 2.0 | Lokalnie opracowany program do modelowania homologii . |
| SignalP 3.0 | Przewidywanie peptydów sygnałowych. |
| TMHMM 2.0 | Przewidywanie helis transbłonowych w białku . |
| PSIPRED 2.45 | Przewidywanie struktury drugorzędowej. PSIPRED osiąga średni wynik Q3 na poziomie 80,6% dla przewidywania struktury drugorzędowej . |
| PS_skan | Narzędzie do lokalnych skanów PROSITE. |
| WADAR 1.4 | Lokalnie opracowane narzędzie do analizy struktury białek. BASys wykorzystuje VADAR do analizy struktur białkowych w celu uzyskania drugorzędowych informacji strukturalnych |
| PSORT-B 2.0.4 | Służy do przewidywania lokalizacji subkomórkowej. PSORT-B osiąga precyzję na poziomie 96% dla bakterii Gram-dodatnich i Gram-ujemnych |
| ProteinNameExtractor 1.0 | Moduł przewidywania funkcji BASys. Moduł ten został zweryfikowany w odniesieniu do zestawu białek C. trachomatis z adnotacjami fachowymi . |
| Znajdź Paralogi 1.0 | Moduł BASys do identyfikacji paralogów. Baza danych paralogs jest tworzona na podstawie tłumaczeń pojęciowych dla zidentyfikowanych regionów kodowania dostarczonych do BASys przez Glimmer lub przez zgłaszającego. |
| Znajdź homologi 1.0 | Moduł BASys do identyfikacji homologów. Przeszukuje bazy danych organizmów modelowych w poszukiwaniu możliwych homologów . |
| GOSearch 1.0 | Moduł BASys do wydobywania informacji z ontologii genów z różnych źródeł. |
| OperonFinder 1.0 | Moduł BASys do identyfikacji operonów . |
| Menedżer Struktury 1.0 | Moduł BASys do manipulowania plikami struktury białek . |
| StructureClassifier 1.0 | Moduł BASys do określania klasy struktury na podstawie informacji o strukturze drugorzędnej . |
| Wyszukiwarka struktur 1.0 | Moduł BASys do generowania struktur białkowych z różnych źródeł. |
| COG_Finder 1.0 | Moduł BASys do identyfikacji kategorii funkcjonalnych COG i przystąpienia |
| Menedżer struktury drugorzędnej 1.0 | Moduł BASys do generowania informacji o strukturze drugorzędowej z różnych źródeł. |
| ECNumber_Finder | Moduł BASys do mapowania EC_number do iz różnych źródeł. |
| Menedżer adnotacji SwissProt 1.0 | Moduł BASys do porównywania i przechodniego stosowania adnotacji z rekordów SwissProt . |
| Menedżer adnotacji CCDB 1.0 | Moduł BASys do porównywania i przechodniego stosowania adnotacji z rekordów CCDB. |
| Identyfikator genu 1.0 | Moduł BASys do koordynowania informacji identyfikujących geny na podstawie przesłanych przez użytkowników glimmer lub użytkowników |
| Menedżer adnotacji BASys 1.0 | Menedżer potoków BASys. |
| Menedżer wyszukiwania KEGG | Moduł BASys do wyszukiwania i wydobywania informacji metabolicznych z KEGG . |
| SubCellLocalization Manager 1.0 | Moduł BASys do generowania adnotacji o lokalizacji subkomórkowej z różnych źródeł. |
Oprócz obszernej adnotacji dla każdego genu/białka w genomie zapytania, BASys generuje również kolorowe, klikalne iw pełni powiększalne okrągłe mapy każdego wejściowego chromosomu . Te mapy genomu bakterii są generowane przy użyciu programu o nazwie CGView (Circular Genome Viewer), który został opracowany w 2004 r. Mapy genomu są zaprojektowane tak, aby umożliwić szybką nawigację i szczegółową wizualizację wszystkich adnotacji genów generowanych przez BASys. Kompletny przebieg BASys zajmuje około 16 godzin dla przeciętnego chromosomu bakteryjnego (około 4 megazasad). Adnotacje BASys można przeglądać i pobierać anonimowo lub za pośrednictwem systemu dostępu chronionego hasłem. BASys będzie przechowywać adnotacje dotyczące genomu bakterii na serwerze przez maksymalnie 180 dni. BASys obsługuje około 1000 zgłoszeń rocznie. BASys jest dostępny pod adresem https://www.basys.ca/
Zakres i dostęp
Wszystkie dane w BacMap są niezastrzeżone lub pochodzą z niezastrzeżonego źródła. Jest ogólnodostępny i dostępny dla każdego. Ponadto prawie każdy element danych jest w pełni identyfikowalny i ma wyraźne odniesienie do oryginalnego źródła. Dane BacMap są dostępne za pośrednictwem publicznego interfejsu internetowego i do pobrania.