BacMap
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Baza danych genomów bakteryjnych z adnotacjami i ich map chromosomów/genomów |
| Przechwycone typy danych |
Dane dotyczące sekwencji genów, dane dotyczące sekwencji białek, ogólne adnotacje genów i białek, pozycje genów, ogólne statystyki genomu/proteomu, informacje taksonomiczne i fenotypowe, mapy chromosomów bakteryjnych (obrazy) |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | Davida S. Wisharta |
| Podstawowy | |
| dostęp do cytowań | |
| Strona internetowa | http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/ (wersja 1.0); http://bacmap.wishartlab.com/ (wersja 2.0) |
| Różnorodny | |
| Częstotliwość udostępniania danych |
Aktualizacja co 2-3 miesiące |
| Polityka kuracji | Ręcznie wyselekcjonowane |
BacMap to ogólnodostępna internetowa baza danych zawierająca w pełni opatrzone adnotacjami, w pełni powiększalne i w pełni przeszukiwalne mapy chromosomów z ponad 2500 gatunków prokariotycznych (archebakterii i eubakterii). BacMap został pierwotnie opracowany w 2005 roku w celu sprostania wyzwaniom związanym z przeglądaniem i poruszaniem się po rosnącej liczbie genomów bakteryjnych , które były generowane poprzez sekwencjonowanie na dużą skalę. Od pierwszego wprowadzenia BacMap liczba genomów bakteryjnych wzrosła ponad 15-krotnie. Zasadniczo BacMap działa jako internetowy atlas wizualny genomów drobnoustrojów . Wszystkie genomu w BacMap zostały wygenerowane za pomocą systemu adnotacji genomu BASys . BASys to szeroko stosowana infrastruktura adnotacji drobnoustrojów, która wykonuje kompleksowe analizy bioniformatyczne na surowych (lub znakowanych) danych sekwencji genomu bakteryjnego . Wszystkie mapy genomu (chromosomu) w BacMap zostały skonstruowane przy użyciu programu znanego jako CGView . CGView to popularny program do wizualizacji do generowania interaktywnych, kompatybilnych z Internetem okrągłych map chromosomów (ryc. 1). Każda mapa chromosomów w BacMap jest obszernie powiązana, a każdy obraz chromosomu może być interaktywnie nawigowany, rozwijany i obracany za pomocą przycisków nawigacyjnych lub hiperłączy. Wszystkie zidentyfikowane geny na mapie chromosomów BacMap są pokolorowane zgodnie z kierunkami kodowania, a po wystarczającym powiększeniu widoczne są etykiety genów. Każda etykieta genu na mapie genomu BacMap jest również połączona z „kartą genową” (ryc. 2). Karty genów dostarczają szczegółowych informacji o odpowiednich sekwencjach DNA i białek. Każdą mapę genomu w BacMap można przeszukiwać za pomocą BLAST i wyszukiwania nazw genów/synonimów.
Ze względu na rosnące zainteresowanie metagenomiką i analizą genomu bakteryjnego na dużą skalę, BacMap został gruntownie zaktualizowany w 2012 roku. Dzięki najnowszej aktualizacji wszystkie mapy genomu bakteryjnego BacMap mają teraz oddzielne mapy genomu profagów , a także oddzielne mapy tRNA i rRNA. Każdy wpis chromosomu bakteryjnego w BacMap zawiera teraz wykresy i tabele z różnymi statystykami dotyczącymi genów i białek. Wszystkie gatunki bakterii wymienione w BacMap mają teraz karty „biografii” bakterii, z odpowiednimi informacjami na temat taksonomii drobnoustroju, cechami fenotypowymi , innymi opisami i mikroskopią elektronową lub innymi obrazami samego drobnoustroju w wysokiej rozdzielczości . BacMap posiada również szereg zaktualizowanych narzędzi do przeglądania danych i wyszukiwania tekstu, które umożliwiają filtrowanie, sortowanie i łatwiejsze wyświetlanie map chromosomów i ich zawartości.
Zakres i dostęp
Wszystkie dane w BacMap są niezastrzeżone lub pochodzą z niezastrzeżonego źródła. Jest ogólnodostępny i dostępny dla każdego. Ponadto prawie każdy element danych jest w pełni identyfikowalny i ma wyraźne odniesienie do oryginalnego źródła. Dane BacMap są dostępne za pośrednictwem publicznego interfejsu internetowego i do pobrania.