Proteomika oddolna
Proteomika oddolna jest powszechną metodą identyfikacji białek i charakteryzowania ich sekwencji aminokwasowych oraz modyfikacji potranslacyjnych poprzez trawienie proteolityczne białek przed analizą za pomocą spektrometrii masowej . Główny alternatywny przepływ pracy stosowany w proteomice nazywa się proteomiką odgórną , w której nienaruszone białka są oczyszczane przed trawieniem i / lub fragmentacją w spektrometrze mas lub za pomocą elektroforezy 2D. Zasadniczo proteomika oddolna jest stosunkowo prostym i niezawodnym sposobem określania składu białkowego danej próbki komórek, tkanek itp.
W proteomice oddolnej surowy ekstrakt białkowy jest trawiony enzymatycznie, po czym następuje jeden lub więcej wymiarów rozdzielania peptydów za pomocą chromatografii cieczowej połączonej ze spektrometrią mas, techniką znaną jako proteomika shotgun . Porównując masy peptydów proteolitycznych lub ich tandemowych widm masowych z przewidywanymi z bazy danych sekwencji lub widma peptydowego z adnotacjami w bibliotece widm peptydowych , można zidentyfikować peptydy i połączyć wiele identyfikacji peptydów w identyfikację białka.
Zalety
W przypadku metod oddolnych o dużej przepustowości istnieje lepsza separacja peptydów na początku w porównaniu z białkami i wyższa czułość niż metody odgórne (nieżelowe).
Niedogodności
Występuje ograniczone pokrycie sekwencji białek przez zidentyfikowane peptydy, utrata nietrwałych PTM i niejednoznaczność pochodzenia zbędnych sekwencji peptydów. Ostatnio wiele uwagi poświęca się połączeniu proteomiki bottom-up i top-down, tzw. proteomiki middle-down, ponieważ podejście to nie tylko można zastosować do analizy dużych fragmentów białek, ale także pozwala uniknąć zbędnych sekwencji peptydowych.
Zobacz też