Przełącznik rybny SAM-II
| Ryboprzełącznik SAM (alfa-proteobakteria) | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji SAM_alpha
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | SAM_alfa |
| Rfam | RF00521 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg ; przełącznik rybny |
| Domeny | Bakteria |
| IŚĆ | GO: 0045814 |
| WIĘC | SO: 0000035 |
| Struktury PDB | PDBe |
Ryboprzełącznik SAM-II , to element RNA występujący głównie w Alphaproteobacteria który wiąże S-adenozylometioninę (SAM). Jego struktura i sekwencja wydają się nie mieć związku z przełącznikiem rybnym SAM występującym w bakteriach Gram-dodatnich . Ten ryboswitch SAM znajduje się powyżej genów metA i metC w Agrobacterium tumefaciens i innych metioninie i geny biosyntezy SAM w innych alfa-proteobakteriach. Podobnie jak inne ryboprzełączniki SAM, prawdopodobnie działa on w celu wyłączenia ekspresji tych genów w odpowiedzi na podwyższone poziomy SAM. Znaczący wariant ryboprzełączników SAM-II został znaleziony w Pelagibacter ubique i pokrewnych bakteriach morskich i nazwany SAM-V . Ponadto, podobnie jak wiele strukturalnych RNA, przełączniki rybne SAM-II mogą tolerować długie pętle między ich łodygami.
Struktura
Ryboprzełącznik SAM-II jest krótki, ma mniej niż 70 nukleotydów i jest strukturalnie stosunkowo prosty, ponieważ składa się z pojedynczej szpilki do włosów i pseudowęzła .
Zobacz też
- Przełącznik rybny SAM-I
- Przełącznik rybny SAM-III
- Przełącznik rybny SAM-IV
- Przełącznik rybny SAM-V
- Przełącznik rybny SAM-VI