Przełącznik rybny SAM-V
| SAM-V | |
|---|---|
 Konserwatywna struktura drugorzędowa ryboprzełącznika SAM-V.
| |
| Identyfikatory | |
| Symbol | SAM-V |
| Rfam | RF01826 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg ; Przełącznik rybny ; |
| Domeny | Metagenom morski |
| Struktury PDB | PDBe |
Przełącznik rybny SAM-V jest piątym znanym przełącznikiem rybnym wiążącym S-adenozylometioninę (SAM). Po raz pierwszy została odkryta w morskiej bakterii Candidatus Pelagibacter ubique i można ją również znaleźć w metagenomach morskich . SAM-V ma podobną sekwencję konsensusową i strukturę drugorzędową jak miejsce wiązania ryboswitchu SAM-II , ale skany bioinformatyczne skupiają dwa aptamery niezależnie. Te podobne kieszenie wiążące sugerują, że dwa przełączniki ryboprzełącznikowe przeszły zbieżną ewolucję .
Wiązanie SAM potwierdzono stosując dializę równowagową . Ryboprzełącznik został scharakteryzowany jako „tandemowy przełącznik rybny” – jest w stanie regulować zarówno translację , jak i transkrypcję . Gdy SAM jest obecny w wysokim stężeniu, SAM-II zwiąże swój ligand i utworzy rdzeń terminatora , aby zatrzymać transkrypcję. Jeśli SAM występuje w niższych stężeniach, SAM-V zostanie transkrybowany, a jeśli stężenie SAM powinno następnie wzrosnąć, może związać SAM i zablokować sekwencję Shine-Dalgarno w dalszej części otwartej ramki odczytu . Regulacja ta kontroluje części metabolizmu siarki bakterii morskich .
Struktura krystaliczna ryboprzełącznika została rozwiązana (PDB 6FZ0). Zawiera pseudowęzeł .
Zobacz też
- Przełącznik rybny SAM-I
- Przełącznik rybny SAM-II
- Przełącznik rybny SAM-III
- Przełącznik rybny SAM-IV
- Przełącznik rybny SAM-VI
Dalsza lektura
- Kazanov MD, Vitreschak AG, Gelfand MS (2007). „Obfitość i różnorodność funkcjonalna ryboprzełączników w zbiorowiskach drobnoustrojów” . Genomika BMC . 8 : 347. doi : 10.1186/1471-2164-8-347 . PMC 2211319 . PMID 17908319 .
- Zhu Y, Pulukkunat DK, Li Y (2007). „Rozszyfrowanie różnorodności strukturalnej RNA i systematycznej filogenezy z metagenomów drobnoustrojów” . Kwasy nukleinowe Res . 35 (7): 2283–2294. doi : 10.1093/nar/gkm057 . PMC 1874661 . PMID 17389640 .
- Winkler WC, Breaker RR (2005). „Regulacja ekspresji genów bakteryjnych przez przełączniki rybne”. rok Wielebny Microbiol . 59 : 487–517. doi : 10.1146/annurev.micro.59.030804.121336 . PMID 16153177 .
- Mandal M, Lee M, Barrick JE i in. (październik 2004). „Ryboprzełącznik zależny od glicyny, który wykorzystuje kooperacyjne wiązanie do kontrolowania ekspresji genów”. nauka . 306 (5694): 275–279. doi : 10.1126/science.1100829 . PMID 15472076 . S2CID 14311773 .
- Yooseph S, Sutton G, Rusch DB i in. (marzec 2007). „Wyprawa Sorcerer II Global Ocean Sampling: poszerzanie wszechświata rodzin białek” . PLOS Biol . 5 (3): e16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . PMC 1821046 . PMID 17355171 .