48 drużyn (mistrzów krajowych pucharów oraz najlepiej wykwalifikowane drużyny z najważniejszych europejskich krajowych lig krajowych) weszło do wstępnej fazy grupowej, podzielonej na osiem grup po sześć drużyn w każdej i grając systemem każdy z każdym. Klasyfikacja końcowa została ustalona na podstawie indywidualnych zwycięstw i porażek. W przypadku remisu dwóch lub więcej drużyn, po fazie grupowej, o klasyfikacji końcowej decydowały następujące kryteria: 1) liczba zwycięstw w meczach jeden na jeden między zespołami; 2) średnia koszykowa pomiędzy zespołami; 3) ogólną średnią koszykową w grupie.
Cztery najlepsze drużyny z każdej grupy zakwalifikowały się do fazy play-off 1/16 finału (pary X, mecze u siebie i na wyjeździe), w których zwycięzcy awansowali do 1/8 finału, 1/4 finału i 1/2 finału.
Finał został rozegrany w wyznaczonym miejscu.
Ranking krajów
W latach 1999–2000 FIBA Saporta Cup krajom przydzielane są miejsca zgodnie z ich miejscem w rankingach krajów FIBA, które uwzględniają ich wyniki w europejskich rozgrywkach w latach 1996–97 do 1998–99.
Ranking krajów w latach 1999–2000 FIBA Saporta Cup