Q (oprogramowanie)
| Oryginalni autorzy | Johan Åqvist, John Marelius, Paul Bauer, Lynn Kamerlin |
|---|---|
| Deweloperzy |
Zespół programistów Q na Uniwersytecie w Uppsali , Szwecja Uppsala Molekylmekaniska HB |
| Pierwsze wydanie | 1999 |
| Wersja stabilna | 6.0 / 2017
|
| Napisane w | Fortran |
| System operacyjny | Linux , macOS , Windows firmy Cygwin , dowolna inna odmiana systemu Unix |
| Platforma | x86 , x86-64 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Symulacja dynamiki molekularnej |
| Licencja | open source GNU General Public License wersja 2 ( GPLv2 ) |
| Strona internetowa |
Q to pakiet oprogramowania komputerowego do symulacji dynamiki molekularnej (MD) (aktualne wydanie: Q6). W przeciwieństwie do innych kodów MD, od momentu powstania specjalizował się (Marelius et al. 1998) w trzech specyficznych typach obliczeń energii swobodnej. Obliczenia te opierają się na metodach: empirycznego wiązania walencyjnego (EVB), perturbacji energii swobodnej (FEP) i energii oddziaływań liniowych (LIE), a ostatnio również obliczeniach całki po trajektorii z wykorzystaniem klasycznej ścieżki kwantowej bisekcji (BQCP) zbliżać się.
Metody, w których specjalizuje się program, pozwalają na zwrócenie ilościowych obliczeń bilansu energetycznego zachodzącego w białkach i kwasach nukleinowych . Może zapewnić wgląd w kluczowe problemy biochemii, takie jak między innymi szczegóły energetyczne części mechanizmu translacji w rybosomach mitochondrialnych (Lind i in. 2013) lub szczegóły reakcji enzymatycznych (Mones i in. 2013).
Program jest podobny do GROMACS , ponieważ jest niezależny od pola siłowego, co oznacza, że nie zapewnia pola siłowego, ale może raczej używać wspólnych pól siłowych, takich jak CHARMM , AMBER , OPLS i GROMOS .
Oprogramowanie zapewnia jedno główne narzędzie do dynamiki molekularnej o nazwie qdyn oraz różne podprogramy, takie jak qprep (do przygotowywania plików wejściowych ze współrzędnych rentgenowskich), qfep (do przetwarzania obliczeń MD dla FEP) i inne.
Ogólne polecenie uruchomienia
Ogólne polecenie uruchomienia Q jest bardzo podobne do innych programów MD, a jego składnia dla przebiegu dynamicznego jest następująca:
qdyn plik wejściowy. wejście > plik wyjściowy. wyjście
qdyn – To nazwa głównego programu, który uruchamia dynamikę.
inputfile.inp – Jest to plik tekstowy, który określa wszystkie opcje programu, takie jak długość symulacji i kroki czasowe, jaka temperatura jest symulowana i wiele innych.
filename.out – Jest to plik wyjściowy, który zawiera szczegółowe informacje o wynikach energetycznych. Szczegółowość informacji w pliku wyjściowym jest kontrolowana w pliku wejściowym. Wyniki kładą nacisk na szczegółowe raportowanie interakcji niezwiązanych, takich jak siły van der Waalsa i oddziaływania elektrostatyczne , dotyczące rozpuszczalnika , roztworu i interakcji między nimi.
Zobacz też
- Marelius J., Kolmodin K., Feierberg I. i Åqvist J., (1998). „P: Program dynamiki molekularnej do obliczeń energii swobodnej i symulacji empirycznych wiązań walencyjnych w układach biomolekularnych”, Journal of Molecular Graphics and Modeling , 16 , 213-225.
- Lind C., Sund J. i Åqvist J., (2013). „Specyficzność odczytu kodonów mitochondrialnych czynników uwalniania i terminacja translacji w niestandardowych kodonach stop”, Nature Communications , 4,2940 .
- Mones L., Tang W. i Florian J., (2013). „Empiryczne symulacje wiązań walencyjnych mechanizmu chemicznego konwersji ATP do cAMP przez czynnik obrzęku wąglika”, Biochemistry', 52 , 2672-2682.