Porównanie implementacji pola siłowego
To jest tabela godnych uwagi programów komputerowych implementujących pola siłowe mechaniki molekularnej .
| Program | OPLS | BURSZTYN | Urok | GAFEL | MMFF | QVBMM | UFF | Uwagi |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Uchowiec | UA | 94, 96, 99SB, 03, GS, ii, automatyczny generator FF | NIE | NIE | NIE | NIE | UFF- Pole podobne do Dreidingu | Dla białek , DNA , ligandów |
| BURSZTYN | Tak | Tak | Poprzez narzędzie komorowe od wersji 11 | Tak | NIE | NIE | NIE | |
| Projektant Askalafa | UA | 94, 99SB, 03 | NIE | NIE | NIE | NIE | NIE | |
| Avogadro | NIE | NIE | NIE | Tak | 94, 94s | NIE | Tak | |
| Balon | NIE | NIE | NIE | NIE | 94 | NIE | NIE | Podobny do MMFF94 |
| SZEF | Tak | NIE | NIE | NIE | NIE | NIE | NIE | |
| Urok | Tak* | Tak* | Tak* | Przez CHARMM-GUI | Pełny MMFF94, ale podobno kod nie był obsługiwany | NIE | NIE | * w dystrybucji standardowej |
| Gabedit | NIE | Tak | NIE | Tak | Tak | NIE | NIE | |
| Narzędzie gaussowskie mm | NIE | Tak | NIE | NIE | NIE | NIE | Tak | Dostępne pole dreidingowe |
| GROMACS | Tak | Tak* | Tak* | Tak | NIE | NIE | NIE | * w standardowej dystrybucji od wersji 4.5.0 |
| MOE | AA | 89, 94, 99, także z rozszerzoną teorią Hückla | 22, 27 | NIE | 94(y) | NIE | NIE | |
| NAMD | Tak | Tak | Tak | Tak | NIE | NIE | NIE | |
| Q | Tak | Tak | Tak | NIE | NIE | NIE | NIE | Dla biopolimerów |
| Majstrować | UA, AA, AA/L | 94, 96, 98, 99 | 19, 27 | NIE | 94 | NIE | NIE | Dla białek , cząsteczek organicznych |
| Towhee | UA, AA | 86 | 19, 22, 27 | NIE | 94 | NIE | Tak | Monte Carlo |
| Yasara | NIE | 94, 96, 99, 03 | NIE | NIE | NIE | NIE | NIE | Plus niestandardowe pola do udoskonalenia najmu |