Modelowanie molekularne na GPU
Modelowanie molekularne na GPU to technika wykorzystująca procesor graficzny (GPU) do symulacji molekularnych .
W 2007 roku NVIDIA wprowadziła na rynek karty graficzne, których można było używać nie tylko do wyświetlania grafiki, ale także do obliczeń naukowych. Karty te zawierają wiele jednostek arytmetycznych (od 2016 r. Do 3584 w Tesli P100) pracujących równolegle. Na długo przed tym wydarzeniem moc obliczeniowa kart graficznych była wykorzystywana wyłącznie do przyspieszania obliczeń graficznych. Nowością było to, że NVIDIA umożliwiła tworzenie programów równoległych w interfejsie programowania aplikacji wysokiego poziomu (API) o nazwie CUDA . Technologia ta znacznie uprościła programowanie, umożliwiając pisanie programów w języku C / C++ . Niedawno OpenCL umożliwia międzyplatformową akcelerację GPU.
chemii kwantowej i symulacje mechaniki molekularnej ( modelowanie molekularne w aspekcie mechaniki klasycznej ) należą do korzystnych zastosowań tej technologii. Karty graficzne potrafią przyspieszyć obliczenia dziesiątki razy, więc komputer PC z taką kartą ma moc zbliżoną do klastra stacji roboczych opartych na wspólnych procesorach.
Oprogramowanie do modelowania molekularnego z akceleracją GPU
programy
- Abalone – Dynamika Molekularna ( Benchmark )
- ACEMD na GPU od 2009 Benchmark
- AMBER w wersji GPU
- Wersja Ascalaph na GPU – Ascalaph Liquid GPU
- AutoDock – Dokowanie molekularne
- BigDFT Ab oparty na falce
- BrianQC Chemia kwantowa ( HF i DFT ) i mechanika molekularna
- Wirtualne przeszukiwanie oparte na ligandach Blaze'a
- CP2K Ab initio dynamika molekularna
- Desmond (oprogramowanie) na procesory graficzne, stacje robocze i klastry
- Firefly (wcześniej PC GAMESS)
- FastROCS
- GOMC – zoptymalizowany pod kątem GPU silnik symulacji Monte Carlo
- GPIUTMD – procesory graficzne dla dynamiki wielu cząstek
- GPUMD — lekki kod dynamiki molekularnej ogólnego przeznaczenia
- GROMACS na GPU
- HALMD - pakiet MD o dużej skali przyspieszenia
- HOOMD-blue zarchiwizowane 2011-11-11 w Wayback Machine - wysoce zoptymalizowana zorientowana obiektowo dynamika wielu cząstek - wersja niebieska
- Wersja LAMMPS na GPU – lampy do akceleratorów
- LIO DFT - [1]
- Octopus obsługuje OpenCL.
- oxDNA – gruboziarniste symulacje DNA i RNA na GPU
- PWmat – Symulacje teorii funkcjonału płaszczyzny i fali
- RUMD - Dynamika Molekularna Uniwersytetu Roskilde
- TeraChem – chemia kwantowa i dynamika molekularna ab initio
- TINKER na GPU.
- VMD i NAMD w wersjach GPU
- YASARA przeprowadza symulacje MD na wszystkich procesorach graficznych przy użyciu OpenCL .
API
- BrianQC – ma otwarty interfejs API na poziomie C do symulacji chemii kwantowej na GPU, zapewnia akcelerowaną przez GPU wersję Q-Chem i PSI
- OpenMM – API do przyspieszania dynamiki molekularnej na GPU, v1.0 zapewnia akcelerowaną przez GPU wersję GROMACS
- mdcore – niezależna od platformy biblioteka typu open source do symulacji dynamiki molekularnej w nowoczesnych architekturach równoległych z pamięcią współdzieloną .
Projekty obliczeń rozproszonych
- Rozproszona infrastruktura superkomputerowa GPUGRID
- Projekt rozproszonego przetwarzania danych Folding@home
Zobacz też
- GPU
- Klaster GPU
- GPGPU
- Oprogramowanie do projektowania molekularnego
- Lista oprogramowania do chemii kwantowej i fizyki ciała stałego
- Porównanie oprogramowania do modelowania mechaniki molekularnej
- Porównanie oprogramowania do symulacji kwasów nukleinowych
- Edytor cząsteczek
- Składanie@dom
- Symulowana rzeczywistość