BOSS (mechanika molekularna)
| Oryginalni autorzy | Williama L. Jorgensena |
|---|---|
| Deweloperzy | Jorgensen Research Group, Yale University |
| Pierwsze wydanie | 1987 |
| Wersja stabilna | 4.9 / styczeń 2013
|
| Napisane w | Fortran |
| System operacyjny | Unix , Linux , Windows |
| Platforma | x86 , x86-64 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Modelowanie molekularne |
| Licencja | Prawnie zastrzeżony |
| Strona internetowa |
System symulacji biochemicznej i organicznej ( BOSS ) to program do modelowania molekularnego ogólnego przeznaczenia, który wykonuje obliczenia mechaniki molekularnej , symulacje mechaniki statystycznej Metropolis Monte Carlo oraz półempiryczne obliczenia mechaniki kwantowej Austin Model 1 (AM1), PM3 i PDDG/PM3 . Obliczenia mechaniki molekularnej obejmują minimalizację energii, analizę trybu normalnego i poszukiwanie konformacyjne za pomocą pól siłowych Optimized Potentials for Liquid Simulations ( OPLS ). BOSS został opracowany przez prof. Williama L. Jorgensena z Yale University i jest dystrybuowany komercyjnie przez Cemcomco, LLC i Schrödinger , Inc.
Kluczowe cechy
- Wynalazca pola siłowego OPLS
- Optymalizacja geometrii
- Półempiryczna chemia kwantowa
- Symulacje MC dla czystych cieczy, roztworów, klastrów lub układów w fazie gazowej
- Energie swobodne są obliczane na podstawie statystycznej teorii zaburzeń ( zaburzeń energii swobodnej (FEP)).
- Modele wodne TIP3P, TIP4P i TIP5P
Zobacz też
- Modelowanie molekularne
- Grafika molekularna
- Edytor cząsteczek
- Oprogramowanie do projektowania molekularnego
- Lista oprogramowania do modelowania molekularnego metodą Monte Carlo
- Lista systemów grafiki molekularnej
- Porównanie oprogramowania do modelowania mechaniki molekularnej
- Abalone (mechanika molekularna)
- BURSZTYN
- Projektant Askalafa
- Urok
- GROMACS
- MDynaMix
- NAMD
- Tinker (oprogramowanie)