PM3 (chemia)
PM3 , czyli metoda parametryczna 3 , to półempiryczna metoda obliczania kwantowej struktury elektronowej cząsteczki w chemii obliczeniowej . Opiera się na zaniedbania różniczkowego nakładania się dwuatomowego .
Metoda PM3 wykorzystuje ten sam formalizm i równania, co metoda AM1 . Jedyne różnice to: 1) PM3 używa dwóch funkcji Gaussa dla funkcji odpychania rdzenia, zamiast zmiennej numer używanej przez AM1 (która wykorzystuje od jednego do czterech Gaussów na element); 2) wartości liczbowe parametrów są różne. Pozostałe różnice tkwią w filozofii i metodologii zastosowanej podczas parametryzacji: podczas gdy AM1 pobiera część wartości parametrów z pomiarów spektroskopowych, PM3 traktuje je jako wartości optymalizowalne.
Metoda została opracowana przez JJP Stewarta i po raz pierwszy opublikowana w 1989 roku. Jest zaimplementowana w programie MOPAC (którego starsze wersje są własnością publiczną), wraz z powiązanymi metodami RM1 , AM1 , MNDO i MINDO oraz w kilku innych programach, takich jak jak Gaussian , CP2K , GAMESS (USA) , GAMESS (Wielka Brytania) , PC GAMESS , Chem3D , AMPAC , ArgusLab, BOSS i SPARTAN .
Oryginalna publikacja PM3 zawierała parametry dla następujących pierwiastków: H , C , N , O , F , Al , Si , P , S , Cl , Br i I .
Implementacja PM3 w programie SPARTAN obejmuje PM3tm z dodatkowymi rozszerzeniami dla metali przejściowych wspierającymi obliczenia na Ca , Ti , V , Cr , Mn , Fe , Co , Ni , Cu , Zn , Zr , Mo , Tc , Ru , Rh , Pd , Hf , Ta , W , Re , Os , Ir , Pt i Gd . W kolejnych pracach sparametryzowano wiele innych pierwiastków, głównie metali.
Wprowadzono również model do obliczania PM3 kompleksów lantanowców, nazwany Sparkle/PM3 .
- Stewart, James JP (1989). „Optymalizacja parametrów metod półempirycznych I. Metoda”. J. Komputer. chemia . 10 (2): 209–220. doi : 10.1002/jcc.540100208 . S2CID 36907984 .
- Stewart, James JP (1989). „Optymalizacja parametrów metod półempirycznych II. Zastosowania”. J. Komputer. chemia . 10 (2): 221–264. doi : 10.1002/jcc.540100209 . S2CID 98850840 .
- Stewart, James JP (1991). „Optymalizacja parametrów dla metod półempirycznych. III Rozszerzenie PM3 na Be, Mg, Zn, Ga, Ge, As, Se, Cd, In, Sn, Sb, Te, Hg, Tl, Pb i Bi” . Journal of Computational Chemistry . 12 (3): 320–341. doi : 10.1002/jcc.540120306 . S2CID 94913344 .
- Stewart, James JP (2004). „Optymalizacja parametrów metod półempirycznych IV: Rozszerzenie MNDO, AM1 i PM3 na więcej głównych elementów grupy”. Dziennik modelowania molekularnego . 10 (2): 155–64. doi : 10.1007/s00894-004-0183-z . PMID 14997367 . S2CID 11617476 .
- Ostatni przegląd, Stewart, JJP (1998). „PM3”. Encyklopedia chemii obliczeniowej . Wileya.
- Freire, Ricardo O.; Rocha, Gerd B.; Simas, Alfredo M. (2006). „Modelowanie kompleksów metali ziem rzadkich: parametry Sparkle / PM3 dla tulu (III)”. Listy z fizyki chemicznej . 425 (1–3): 138–141. Bibcode : 2006CPL...425..138F . doi : 10.1016/j.cplett.2006.04.103 .