ODNOŚNIK 1
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RESF1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , C12orf35, UTA2-1, GET, współczynnik wyciszenia elementu retroelementowego 1, KIAA1551 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Czynnik wyciszający retroelement 1 to białko kodowane u ludzi przez gen RESF1 . RESF1 ulega szerokiej ekspresji w węzłach chłonnych , jajnikach , wyrostku robaczkowym i śledzionie . RESF1 wykazuje cechy bycia mniejszym antygenem zgodności tkankowej , a także zdolnościami supresorowymi nowotworu. Wysoka ekspresja w węzłach chłonnych i śledzionie wskazuje na funkcjonowanie układu odpornościowego .
Gen
RESF1 to gen kodujący białko znajdujący się na chromosomie 12 i mapowany na 12p11.21. Alternatywne nazwy tego genu obejmują transkrypt wyrażany gonadami (GET), UTA2-1 i C12orf35. RESF1 ma 7 eksonów, z których 3 występują przed kodonem start .
Ekspresja tkanki
Normalna
Badanie profilowania ekspresji normalnej tkanki ludzkiej pokazuje, że RESF1 ulega silnej ekspresji w grasicy, śledzionie, szpiku kostnym i wątrobie. Jest to interesujące, ponieważ dotyczy wspólnych narządów związanych z układem odpornościowym .
Wzorce ekspresji genów w tkankach znalezione za pośrednictwem Krajowego Centrum Informacji Biotechnologii UniGene EST Profile wykazały, że występuje również wysoka ekspresja RESF1 w węzłach chłonnych , macicy , jamie ustnej , tarczycy , krtani i krwi .
Rak
Ocenę ekspresji RESF1 w stanach zdrowia przeprowadzono przy użyciu profilu EST NCBI Unigene. Chociaż RESF1 ulega silnej ekspresji w nowotworach macicy, ulega również silnej ekspresji w macicy, co sugeruje, że jest mało prawdopodobne, aby gen był ściśle powiązany z rakiem macicy. Jednakże RESF1 może być powiązany z guzami nadnerczy, ponieważ ekspresja tego genu była niższa w normalnej tkance nerkowej.
Transkrypcja
Miejsca wiązania czynnika transkrypcyjnego
Miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych w promotorze RESF1 obejmowały głównie czynniki transkrypcyjne związane z komórkami szpiku kostnego, komórkami wytwarzającymi przeciwciała i komórkami krwi. Wspiera to związek RESF1 z funkcjonującym układem odpornościowym.
Białko
RESF1 ma długość 1747 aminokwasów i jedną domenę o nieznanej funkcji, DUF4617. Masa cząsteczkowa RESF1 wynosi 194,9 kdal. Podstawowy punkt izoelektryczny wynosi 8,95. Przewidywania lokalizacji sugerują, że RESF1 jest prawdopodobnie białkiem jądrowym.
Struktura białka
Wtórna struktura RESF1 składa się głównie ze struktur kłębków losowych (około 59,2%), kilku helis alfa (24% reszt) i mniejszej liczby wydłużonych nici (15,8% reszt).
Przewidywaną strukturę 3D utworzono przy użyciu przestrzeni roboczej modelu szwajcarskiego, pokazanej powyżej.
Interakcje białek
RESF1 oddziałuje z NANOG, MDM2 , EXOC1 i CALML3 . Te interakcje sugerują ponadto, że RESF1 jest białkiem jądrowym i może być powiązany z białkami supresorowymi nowotworów i białkami układu odpornościowego.
Zespół EXOC1 brał udział w badaniu schizofrenii, powiązując gen ryzyka schizofrenii (DISC1) z siecią interakcji białko-białko. W badaniu tym wykorzystano test dwuhybrydowy jako dowód interakcji białek między RESF1 i EXOC1. EXOC1 działa w odpowiedzi na infekcje drobnoustrojami, co zmniejsza syntezę wirusowego RNA i translację białek.
Przewidywano, że NANOG będzie oddziaływać z RESF1 na podstawie metody wychwytu powinowactwa-MS, która łączy NANOG z białkami biorącymi udział w cyklu komórkowym. W badaniu tym wykorzystano oczyszczanie za pomocą powinowactwa w połączeniu z bardzo dokładną spektrometrią mas, aby znaleźć specyficzne interakcje białek. Stwierdzono także, że NANOG jest niezbędnym czynnikiem transkrypcyjnym w embrionalnych komórkach macierzystych, szczególnie zaangażowanym w ekspresję genów wpływającą na los komórek.
MDM2 to gen, który oddziałuje z innymi, wpływając na cykl komórkowy i apoptozę, i jest zlokalizowany w tkankach wspólnych dla RESF1, takich jak macica i węzeł chłonny. Stwierdzono, że MDM2 oddziałuje z RESF1 poprzez zastosowanie biblioteki prezentacji fagowej. Ta interakcja sugeruje ponadto, że RESF1 jest białkiem jądrowym, ponieważ MDM2 i jego warianty splicingowe zawierają sygnały lokalizacji jądrowej dla dystrybucji nukleoplazmatycznej.
CALML3 wchodzi w interakcję z RESF1 w oparciu o test wychwytywania powinowactwa-MS, podobnie jak stwierdzono, że NANOG oddziałuje z RESF1. Badanie ekspresji CALML3 w rozwoju naskórka wykazało, że CALML3 był użytecznym markerem rozwoju, a utrata ekspresji CALML3 korelowała z fenotypami złośliwymi.
Relacje ewolucyjne
Ortolodzy
Ortologami najbliższymi RESF1 są naczelne, jednak konserwatywne sekwencje można znaleźć u wielorybów, niedźwiedzi, węży, ptaków, żółwi i żab. Ortologie RESF1 rozeszły się już 353 miliony lat temu ( Xenopus laevis ), podczas gdy najbliższym ortologiem ewolucyjnym jest Papio anubis , który rozdzielił się około 28,1 miliona lat temu.
| Nazwa naukowa | Nazwa | Przystąpienie | Podobieństwo sekwencji% | Data rozbieżności (MYA) |
|---|---|---|---|---|
| Papio Anubis | Pawian Oliwny | XP_003906231.2 | 28.1 | 28.1 |
| Propitek coquereli | Koronowany Sifaka | XP_012496506 | 81 | 73 |
| Physeter Catadon | Kaszalot | XP_007116796.1 | 74 | 94 |
| Delphinapterus leucas | Wieloryb bieługi | XP_022433618.1 | 74 | 94 |
| Kalipte Anna | Koliber Anny | XP_008493940 | 55 | 312 |
| Chrysemys picta belli | Zachodni malowany żółw | XP_008175485.1 | 43 | 312 |
| Bivittatus Pythona | Pyton birmański | XP_007443900.1 | 43 | 312 |
| Xenopus laevis | Afrykańska żaba szponiasta | XP_018107375 | 43 | 353 |
Drzewo filogenetyczne
Utworzono nieukorzenione drzewo filogenetyczne RESF1 składające się z 20 ortologów i ludzkiego genu RESF1.
Filogeneza molekularna
Poniższy wykres ewolucji molekularnej RESF1 pokazuje, że ewoluował on stosunkowo szybko w porównaniu zarówno z cytochromem C , wolno ewoluującym białkiem, jak i fibrynogenem alfa , który ewoluował szybciej niż cytochrom C. Porównanie pokazuje, że RESF1 dość szybko się różni, co sugeruje, że może to być gen, który szybko się zmienia w reakcji na środowisko, na przykład na wprowadzenie patogenu .
