RNA rodzeństwa
| Sib RNA | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji QUAD
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | KWADRAT |
| Alt. Symbolika | RNA rodzeństwa, QUAD RNA |
| Rfam | RF00113 |
| Inne dane | |
| typ RNA | gen ; sRNA |
| Domeny | Bakteria |
| WIĘC | SO: 0000655 |
| Struktury PDB | PDBe |
| Identyfikatory | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| układu toksyna-antytoksyna typu I | |||||||||
| Symbol | Ibs_toksyna | ||||||||
| Pfam | PF13957 | ||||||||
| Błona | 391 | ||||||||
| |||||||||
Sib RNA odnosi się do grupy spokrewnionych niekodujących RNA . Pierwotnie nazwano je QUAD RNA po odkryciu ich jako czterech powtarzających się elementów w Escherichia coli . Rodzina ta została później przemianowana na Sib (od krótkich sekwencji wewnętrznych i obfitych ) , kiedy odkryto, że liczba powtórzeń jest zmienna u innych gatunków i innych szczepów E. coli .
Identyfikacja
Te małe RNA zidentyfikowano obliczeniowo, przeszukując genom E. coli w poszukiwaniu regionów międzygenowych o wysokiej identyczności sekwencji (konserwacja sekwencji) z genomami blisko spokrewnionych bakterii (kilka gatunków salmonelli i Klebsiella pneumoniae ). Dane te połączono z mikromacierzy i zidentyfikowano potencjalne nowe ncRNA. Ekspresję nowego ncRNA będącego przedmiotem zainteresowania potwierdzono metodą Northern blotting .
Na tym dużym ekranie przesiewowym te ncRNA były po prostu określane jako kandydaci 43, 55 i 61. Te 3 ncRNA wydają się być wysoce homologiczne i pochodzą z powtarzalnego regionu genomu. Każdy z ncRNA zawiera krótki odcinek homologiczny do boxC, powtarzający się element o nieznanej funkcji obecny w 50 kopiach lub więcej w genomie E. coli .
Funkcjonować
Sib RNA reguluje ekspresję toksycznego białka w układzie toksyna-antytoksyna typu I , podobnym do genów hok/sok i ldr-rdl . Ekspresjonowany konstytutywnie transkrypt Sib reguluje otwartą ramkę odczytu ibs ( indukcja pierścieni b ) , która koduje małe białko hydrofobowe o długości 18–19 aminokwasów, które spowalnia wzrost przy umiarkowanych poziomach ekspresji i jest toksyczne w przypadku nadekspresji. The ibs znajduje się na nici przeciwnej do rodzeństwa i jest całkowicie komplementarny, więc antysensowne wiązanie RNA Sib z mRNA ibs powoduje degradację za pośrednictwem dsRNA .
Gdy sib usunięto w plazmidach z wieloma kopiami , komórki nie mogły być utrzymane z powodu toksyczności nierepresjonowanego białka ibs . Mechanizm toksyczności białka ibs nie jest w pełni poznany, ale zmiana potencjału błonowego po nadekspresji białka sugeruje, że interakcje z białkami błonowymi lub insercja błony powodują śmierć komórki .
Zobacz też
Dalsza lektura
- Fozo EM, Makarova KS, Shabalina SA, Yutin N, Koonin EV, Storz G (czerwiec 2010). „Obfitość układów toksyna-antytoksyna typu I w bakteriach: poszukiwanie nowych kandydatów i odkrycie nowych rodzin” . Kwasy nukleinowe Res . 38 (11): 3743–3759. doi : 10.1093/nar/gkq054 . PMC 2887945 . PMID 20156992 .
- Han K, Kim KS, Bak G, Park H, Lee Y (2010). „Rozpoznawanie i dyskryminacja docelowych mRNA przez RNA Sib, rodzina sRNA kodowanych cis” . Kwasy nukleinowe Res . 38 (17): 5851–5866. doi : 10.1093/nar/gkq292 . PMC 2943612 . PMID 20453032 .
- Hayashi K, Morooka N, Yamamoto Y i in. (2006). „Wysoce dokładne sekwencje genomu szczepów Escherichia coli K-12 MG1655 i W3110” . Mol. Syst. Biol . 2 (1): 2006.0007. doi : 10.1038/msb4100049 . PMC 1681481 . PMID 16738553 .
- Papenfort K, Vogel J (lipiec 2010). „Regulacyjny RNA w patogenach bakteryjnych” . Mikrob gospodarza komórki . 8 (1): 116–127. doi : 10.1016/j.chom.2010.06.008 . PMID 20638647 .
- Rudda KE (1999). „Nowe międzygenowe powtórzenia Escherichia coli K-12” . Rez. Mikrobiol . 150 (9–10): 653–664. doi : 10.1016/S0923-2508(99)00126-6 . PMID 10673004 .