Rhodoplanes azumiensis
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Rhodoplanes azumiensis | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: | |
| Gatunek: |
R. azumiensis
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Rhodoplanes azumiensis Hiraishi 2017
|
|
Rhodoplanes azumiensis to termotolerancyjna bakteria wyizolowana z mułu osadowego i mat sinicowych znajdujących się w gorących źródłach Nakanoyu, położonych w dystrykcie Azumi , Matsumoto , prefektura Nagano , Japonia. R. azumiensis to fotoheterotrof potrafiący wykorzystywać wiele materiałów organicznych jako źródło węgla. Kolonie i kultury płynne wykazują brązowawo-czerwony kolor w przypadku hodowli fototroficznej i są bezbarwne w przypadku hodowli tlenowej w ciemności.
Izolacja
Próbki pobrano z mułu osadowego i mat sinicowych znajdujących się w gorących źródłach Nakanoyu w Japonii. Próbki następnie wprowadzono do 20 ml zakręcanych probówek testowych zawierających 10 ml pożywki Rhodoplanes (RPL) i inkubowano w temperaturze 42°C. Powstały różowe hodowle, które wysiano na płytki agarowe RPL i inkubowano w warunkach tlenowych w temperaturze 42°C. Izolację pasmową przeprowadzono wielokrotnie, aż do wyizolowania 2 nowych gatunków.
Sekwencjonowanie DNA i potwierdzenie nowości
Metodą opisaną powyżej wyizolowano 20 szczepów Rhodoplanes , spośród nich 18 miało 100% poziom podobieństwa 16S rRNA do wcześniej opisanych i opublikowanych gatunków 16S rRNA Rhodoplanes . Dwa wyizolowane nowe gatunki wykazały podobieństwo na poziomie 96,9–98,7% do wcześniej wyizolowanych gatunków Rhodoplanes . Następnie przeprowadzono hybrydyzację DNA-DNA w celu ustalenia, czy te dwa izolowane gatunki są nowe. Rhodoplanes azumiensis hybrydyzował w 48–52% z wcześniej izolowanymi Rhodoplanes gatunku, co pozwoliło naukowcom ustalić, że był to rzeczywiście nowy szczep.
Charakterystyka
R. azumiensis to pałeczki Gram-ujemne o szerokości 1 μm i długości 2-4 μm. Poruszają się dzięki pojedynczej wici polarnej . R. azumiensis wykorzystuje pączkowanie do namnażania i tworzenia skupisk przypominających rozety w starszych kulturach. Kolonie i płynne kultury są brązowawo-czerwone w przypadku hodowli fototroficznej i bezbarwne w przypadku hodowli tlenowej w ciemności. Ich głównymi karotenoidowymi są rodopina , spiryloksantyna, anhydrorodowibryna, rodowibryna i likopen , co umożliwia im wykorzystanie maksima absorpcji przy 376, 498, 529, 594, 800, 859 i 892 nm. Zawartość GC 16S rRNA R. azumiensis wynosi 70,4%. Optymalny wzrost wynosi 40° C, optymalne pH wynosi od 6,8 do 7,2, a jako źródła węgla można wykorzystać pirogronian , cytrynian , jabłczan , octan , mleczan , bursztynian , fumaran i malonian .