Rodzina HAAAP

hydroksy /aminokwasów aromatycznych (HAAAP) ( TC# 2.A.42 ) jest członkiem dużej nadrodziny aminokwasów-poliamin-organokationów (APC) drugorzędowych białek nośnikowych . Wszyscy członkowie rodziny HAAAP biorą udział w wychwytywaniu aminokwasów. Homologi są obecne w wielu Gram-ujemnych i Gram-dodatnich , z co najmniej jednym przedstawicielem należącym do archeonów ( TC# 2.A.42.1.7 , Thermococcus barophilus ) .

Struktura

Białka z rodziny HAAAP posiadają 403-443 reszt aminoacylowych i wykazują jedenaście domniemanych lub ustalonych α -helikalnych S pannerów błony trans-membranowej ( TMS ) . Białka te wykazują cechy topologiczne wspólne dla rodziny eukariotycznych aminokwasów/permeaz auksynowych (AAAP) ( TC# 2.A.18 ). Białka te wykazują również ograniczone podobieństwo sekwencji z niektórymi członkami rodziny AAAP. Zaproponowano związek filogenetyczny między członkami rodziny HAAAP i rodziną APC, ponieważ wykazują one ograniczone podobieństwo sekwencji między sobą.

Od początku 2016 roku nie ma dostępnych danych strukturalnych kryształów dla członków rodziny HAAAP w RCSB .

Członkowie

Rodzina HAAAP obejmuje trzy dobrze scharakteryzowane permeazy aminokwasów aromatycznych/ symportu H ⁺ E. coli i dwie permeazy hydroksyaminokwasów. Permeazy aminokwasów aromatycznych / symportu H ⁺ to:

Mtr, permeaza specyficzna dla tryptofanu o wysokim powinowactwie ( TC# 2.A.42.1.2 ).
TnaB, permeaza tryptofanu o niskim powinowactwie ( TC# 2.A.42.1.3 ).
TyrP, permeaza specyficzna dla tyrozyny ( TC# 2.A.42.1.1 ).

Dwie permeazy hydroksyaminokwasów to:

SdaC, permeaza serynowa ( TC# 2.A.42.2.1 ), z E. coli . SdaC E. coli (TC# 2.A.42.2.1) jest również nazywany DcrA i razem z peryplazmatycznym białkiem DcrB (P37620) doniesiono, że odgrywa rolę w pobieraniu DNA faga w połączeniu z receptorami błony zewnętrznej z rodziny OMR ( TC# 1.B.14 ).
TdcC, permeaza treoninowa ( TC# 2.A.42.2.2 ), z E. coli .

Tak więc ^{[ wymagane wyjaśnienie ]} , FhuA ( TC# 1.B.14.1.4 ) transportuje DNA faga T5, podczas gdy BtuB ( TC# 1.B.14.3.1 ) transportuje DNA faga C1 (Samsonov et al., 2002). DcuB jest domniemaną lipoproteiną występującą tylko w bakteriach jelitowych.

Wszystkich członków rodziny HAAAP można znaleźć w Bazie Danych Klasyfikacji Transporterów .

Reakcja transportu

Uogólniona reakcja transportu katalizowana przez białka z rodziny HAAAP to:

Aminokwas (na zewnątrz) + nH ⁺ (na zewnątrz) → Aminokwas (na wejściu) + nH ⁺ (na wejściu).

Według stanu na 26 stycznia 2016 r. ten artykuł pochodzi w całości lub w części z Bazy Danych Klasyfikacji Transporterów . Właściciel praw autorskich udzielił licencji na treść w sposób, który pozwala na ponowne wykorzystanie zgodnie z CC BY-SA 3.0 i GFDL . Należy przestrzegać wszystkich odpowiednich warunków. Oryginalny tekst znajdował się w „2.A.42 The Hydroxy/Aromatic Amino Acid Permease (HAAAP) Family”