Rommie Amaro
Rommie E. Amaro | |
|---|---|
| Urodzić się | |
| Alma Mater | Uniwersytet illinois w Urbana-Champaign |
| Nagrody |
Prezydencka nagroda za wczesną karierę dla naukowców i inżynierów , 2010 Kobieta roku 78. dystryktu San Diego, 2015 ACS Kavli Emerging Leader in Chemistry National Lecturer, 2016 Nagroda Corwina Hanscha, Hansch-Fujita Society, 2016 Nagroda specjalna ACM Gordon Bell za COVID19, 2020 |
| Kariera naukowa | |
| Pola | Biofizyka obliczeniowa |
| Instytucje | Uniwersytet Kalifornijski w San Diego |
| Praca dyplomowa | Badanie struktury i funkcji syntazy IGP |
| Doradca doktorski | Zaida Luthey-Schulten |
| Strona internetowa | |
Rommie E. Amaro jest profesorem i kierownikiem katedry chemii i biochemii oraz dyrektorem National Biomedical Computation Resource na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego . Jej badania koncentrują się na rozwoju metod obliczeniowych w biofizyce do zastosowań w odkrywaniu leków .
Wczesne życie i edukacja
Amaro dorastała w Chicago i uzyskała tytuł licencjata w dziedzinie inżynierii chemicznej na Uniwersytecie Illinois w Urbana-Champaign (UIUC) w 1999 roku. Spędziła dwa lata jako inżynier ds. badań w Kraft Foods, po czym wróciła do UIUC na studia podyplomowe; otrzymała stopień doktora. w chemii w 2005 roku za pracę z Zaidą Luthey-Schulten nad biofizyką obliczeniową . Podczas swojej pracy dyplomowej pomogła również w opracowaniu warsztatów National Institutes of Health (NIH) Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics . Po ukończeniu studiów została stypendystką podoktorancką wraz z Andrew McCammonem na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego w ramach stypendium podoktorskiego NIH Kirschstein-National Research Service Award (NRSA) .
Kariera akademicka
Amaro dołączył do wydziału Uniwersytetu Kalifornijskiego w Irvine w 2009 roku, obejmując częściowe stanowiska na wydziałach nauk farmaceutycznych, informatyki i chemii. W 2010 r . Otrzymała nagrodę dyrektora NIH dla nowego innowatora oraz nagrodę Presidential Early Career Award dla naukowców i inżynierów w 2010 r. Wróciła na UCSD w 2012 r. na Wydziale Chemii i Biochemii. W latach 2014-2020 była dyrektorem National Biomedical Computation Resource UCSD. Pełniła funkcję współdyrektora Drug Design Data Resource (D3R).
Praca Amaro podkreśliła użyteczność obliczeń GPU do opracowywania metod symulacji molekularnej . W 2013 roku otrzymała grant badawczy od firmy NVIDIA na dalsze prace nad platformą CUDA .
Amaro jest również aktywny w działaniach popularyzatorskich i komunikacji naukowej; uczennica szkoły średniej, której była współkuratorką, wygrała w 2013 r. Siemens Competition in Math, Science & Technology, Google Science Fair 2013 oraz Intel Science Talent Search 2014 .
Wybrane publikacje
- Bohl TE, Ieong P, Lee JK, Lee T, Kankanala J, Shi K, Demir Ö, Kurahashi K, Amaro RE, Wang Z, Aihara H „Czapka wiążąca substrat pirofosfatazy UDP-diacyloglukozaminy LpxH jest bardzo elastyczna, umożliwiając łatwe wiązanie substratu i uwalnianie produktu.”, J Biol Chem , 2018 , tom. 293, wydanie 21, 7969-798
- Gaieb Z, Liu S, Gathiaka S, Chiu M, Yang H, Shao C, Feher VA, Walters WP, Kuhn B, Rudolph MG, Burley SK, Gilson MK, Amaro RE „D3R Grand Challenge 2: ślepe przewidywanie białka-ligandu pozy, rankingi powinowactwa i względne wiążące wolne energie.”, J Comput Aided Mol Des , 2018 , tom. 32, wydanie 1, 1-20
- Jagger BR, Lee CT, Amaro RE „Ilościowy ranking kinetyki wiązania liganda z wieloskalowym podejściem do symulacji kamieni milowych”, J Phys Chem Lett , 2018 , tom. 9, wydanie 17, 4941-4948
- Mulero MC, Shahabi S, Ko MS, Schiffer JM, Huang DB, Wang VY, Amaro RE, Huxford T, Ghosh G „Kofaktory białek są niezbędne do wiązania DNA o wysokim powinowactwie przez czynnik jądrowy κB RelA Subunit.”, Biochemistry , 2018 , Tom. 57, wydanie 20, 2943–2957
- Salamango DJ, Becker JT, McCann JL, Cheng AZ, Demir Ö, Amaro RE, Brown WL, Shaban NM, Harris RS „APOBEC3H Determinanty lokalizacji subkomórkowej definiują kod pocztowy do kierowania na HIV-1 w celu ograniczenia.” Mol Cell Biol , 2018
- Salamango DJ, McCann JL, Demir Ö, Brown WL, Amaro RE, Harris RS „Lokalizacja jądrowa APOBEC3B wymaga dwóch odrębnych powierzchni domeny N-końcowej.”, J Mol Biol , 2018 , tom. 430, wydanie 17, 2695–2708
- Richards C, Albin JS, Demir Ö, Shaban NM, Luengas EM, Land AM, Anderson BD, Holten JR, Anderson JS, Harki DA, Amaro RE, Harris RS „Wiążący interfejs między ludzkim APOBEC3F a HIV-1 Vif wyjaśniony przez genetykę i podejścia obliczeniowe.”, Cell Rep , 2015 , tom. 13, wydanie 9, 1781-8
- Robert D. Malmstrom, Alexandr P. Kornev, Susan S. Taylor i Rommie E. Amaro „Allostery przez mikroskop obliczeniowy: aktywacja cAMP kanonicznej domeny sygnalizacyjnej”, Nature Communications , 2015 , tom. 6, 8588