Rzadki wariant (genetyka)

Rzadki wariant to wariant genetyczny , który występuje z małą częstotliwością w populacji. Rzadkie warianty odgrywają znaczącą rolę zarówno w chorobie złożonej, jak i mendlowskiej i są odpowiedzialne za część brakującej dziedziczności złożonych chorób. Teoretyczny argument przemawiający za znaczącą rolą rzadkich wariantów polega na tym, że allele , które silnie predysponują osobnika do choroby, będą utrzymywane na niskich częstotliwościach w populacjach dzięki selekcji oczyszczającej . Rzadkie warianty są coraz częściej badane w wyniku całego egzomu i całego genomu . Chociaż te warianty są indywidualnie rzadkie w populacjach, jest ich wiele w populacjach ludzkich i mogą być unikalne dla określonych populacji. Jest bardziej prawdopodobne, że będą szkodliwe niż pospolite warianty, w wyniku szybkiego wzrostu populacji i słabej selekcji oczyszczającej. Podejrzewa się, że działają niezależnie lub wraz z powszechnymi wariantami , powodując stany chorobowe.

Metody odkrywania

Niektóre metody, takie jak testy obciążenia genetycznego, zostały opracowane specjalnie do badania powiązań genetycznych rzadkich wariantów. Metody te agregują rzadkie warianty w regionach genetycznych, takich jak geny lub całe szlaki, i oceniają skumulowane skutki wielu wariantów genetycznych. Metody te mogą zwiększyć moc, gdy wiele wariantów w regionie jest powiązanych z chorobą lub cechą. Ponadto, w porównaniu z badaniem asocjacyjnym całego genomu , test oparty na regionie lub genie wykonuje znacznie mniej testów, co skutkuje mniej rygorystyczną korektą wielu hipotez niż badanie istotności całego genomu . Niektóre przykłady tych metod to SKAT, SKAT-O, test ARIEL, aSUM i STAAR. Adnotacje SNP pomagają nadać priorytet rzadkim wariantom funkcjonalnym, a włączenie tych adnotacji może skutecznie zwiększyć siłę genetycznego powiązania analizy rzadkich wariantów w badaniach sekwencjonowania całego egzomu i całego genomu .

Zobacz też

Dalsza lektura