SED-ML

Opis eksperymentu symulacyjnego Język znaczników

Rozszerzenie nazwy pliku	xml
Pierwsze wydanie	25 marca 2011 ( 25.03.2011 )
Najnowsze wydanie	Poziom 1 Wersja 2, wydanie 1 2 grudnia 2013 r ( 2013-12-02 )
Typ formatu	Język znaczników
Przedłużony od	XML
Otwarty format ?	Tak
Strona internetowa	sed-ml .org

Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) to oparty na XML format reprezentacji służący do kodowania i wymiany opisów symulacji na modelach obliczeniowych systemów biologicznych. Jest to darmowy i otwarty projekt rozwoju społeczności.

SED-ML Poziom 1 Wersja 1, pierwsza wersja SED-ML, umożliwia opisy eksperymentów symulacji przebiegu w czasie.

Struktura

Format SED-ML składa się z pięciu głównych bloków:

• Element Model służy do odwoływania się do modeli używanych w eksperymencie symulacyjnym oraz do definiowania procedur przetwarzania wstępnego na tych modelach przed symulacją. Modele muszą być w standardowych formatach reprezentacji (np. SBML , CellML , NeuroML ). Przykładami przetwarzania wstępnego są np. zmiana wartości elementu obserwowalnego, obliczenie zmiany wartości przy użyciu matematyki lub ogólne zmiany dowolnego elementu XML reprezentacji modelu.
• Jednostka Symulacja zawiera wszystkie informacje o ustawieniach symulacji i krokach podjętych podczas symulacji, np. konkretny typ symulacji i algorytm użyty do wykonania symulacji. Algorytm symulacji jest określony ontologii algorytmu symulacji kinetycznej .
• Encja Zadanie stosuje w danej chwili jedną ze zdefiniowanych symulacji z jednym z modeli, do których istnieją odniesienia.
• Jednostka DataGenerator koduje procedury post-processingu, które muszą być zastosowane do wyniku symulacji przed wyjściem, np. normalizacja danych.
• Element Output określa wynik symulacji, np. konkretne wykresy do pokazania.

Więcej informacji na temat struktury SED-ML można znaleźć na stronie głównej SED-ML oraz w publikacji referencyjnej.

Historia

Pomysł opracowania standardowego formatu kodowania eksperymentów symulacyjnych narodził się w Europejskim Instytucie Bioinformatyki (EMBL-EBI). W 2007 roku Dagmar Waltemath i Nicolas Le Novère rozpoczęli opracowywanie takiego formatu podczas finansowanego przez Dagmar stażu Marie-Curie w grupie Computational Neuroscience w EMBL-EBI.

Projekt SED-ML został po raz pierwszy omówiony publicznie na 12. Spotkaniu Forum SBML w 2007 r. w Long Beach (USA). Pierwsza wersja SED-ML została następnie zaprezentowana na „Super-hackathonie „standards and ontologies for Systems Biology”” na Okinawie w 2008 roku. Wtedy język nosił nazwę MIASE-ML (zgodnie z wytycznymi MIASE ) . Na Okinawie wielu badaczy wykazało duże zainteresowanie formatem, a dyskusje były bardzo ważne. MIASE stał się wytyczną dotyczącą minimalnych informacji dla eksperymentów symulacyjnych. Nazwa MIASE-ML została zmieniona na „Simulation Experiment Description Markup Language” (SED-ML).

Poziom 1 Wersja 1 SED-ML oficjalnie pojawiła się w marcu 2011 r., ale SED-ML został przedstawiony, omówiony i doprecyzowany podczas kilku spotkań społeczności w latach pomiędzy, w tym połączonych warsztatów „CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE” w 2009 roku lub „2010 SBML-BioModels.net Hackathon”.

Od tego czasu SED-ML jest rozwijany we współpracy ze społecznościami tworzącymi „sieć modelowania komputerowego w biologii” COMBINE . Oprócz dedykowanych sesji na różnych spotkaniach, rozwój SED-ML korzysta z interakcji społeczności na liście mailingowej SED-ML-discuss.

Społeczność SED-ML

SED-ML jest częścią sieci modelowania obliczeniowego w biologii (COMBINE) . Rozwój formatu jest koordynowany przez redakcję wybraną przez społeczność. Dyskusje odbywają się na SED-ML-discuss.